Alkaloid biasanya diisolasi dari tumbuhannya dengan menggunakan metode ekstraksi. Pelarut yang digunakan ketika mengekstraksi campuran senyawanya yaitu molekul air yang diasamkan. Pelarut ini akan mampu melarutkan alkaloid sebagai garamnya. Selain itu juga dapat membasakan bahan tumbuhan yang mengandung alkaloid dengan menambahkan natrium karbonat. Basa yang terbentuk kemudian dapat diekstraksi dengan pelarut organic seperti seperti kloroform atau eter. Untuk alkaloid yang bersifat tidak tahan panas, isolasi dapat dilakukan menggunakan teknik pemekatan dengan membasakan larutannya terlebih dahulu. Dengan menggunakan teknik ini maka alkaloid akan menguap dan selanjutnya dapat dimurnikan dengan metode penyulingan uap. Metode ini biasanya dilakukan untuk pemurnian senyawa nikotin. Sedangkan untuk larutan alkaloid dalam air yang bersifat asam maka larutannya harus dibasakan terlebih dahulu. Selanjutnya alkaloid dapat diekstraksi dengan menggunakan pelarut organic. Cara lain untuk mendapatkan alkaloid dari larutan yang bersifat basa adalah dengan metode penjerapan menggunakan pereaksi Lloyd. Alkaloid yang diperoleh kemudian dielusi dan diendapkan menggunakan Pereaksi Meyer. Setelah itu , endapan yang terbentuk dipisahkan menggunakan metode kromatografi pertukaran ion. Terdapat beberapa kendala yang dihadapi ketika mengisolasi alkaloid. Salah satunya adalah alkaloid yang berada dalam bentuk terikat tidak mudah dilepaskan dengan metode hanya ekstraksi biasa sehingga harus mengasamkan senyawa yang mengikatnya terlebih dahulu.
Ffarmasi.unand.ac.id/RPKPS/Metoda_ekstraksi.pdf.Diakses tanggal 13 Maret 2014, pukul 19:53. Graviti. 2010. Ekstraksi Lemak Kasar Menggunakan Soxhlet Extractor.http://eskariachandra.wordpress.com/2010/03/04/soklet/. Diakses tanggal 11 Maret 2014, pukul 21:00. Hamdani, S. 2012. Metode Ekstraksi.http://catatankimia.com/catatan/metoda-ekstraksi.html. Diakses tanggal 10 Maret 2014, pukul 11:00. Meronda, Rahma. 2009. Isolasi dan IdentifikasiAlkaloid.http://rgmaisyah.files.wordpress.com/2009/10/tgs-fito_alkaloid.pdf. Diakses tanggal 10 Maret 2014, pukul 11:20. Mj, Hudspith dan Evans RM. 2009. Pharmacopoeilal and Related Drugs Of Biological Origin.http.academia.idu/5971646/evans_978-0-7022933-2. Diakses tanggal 12 Maret 2014, pukul 11:12. Murtadlo, Yazid. 2013. ISOLASI, IDENTIFIKASI SENYAWA ALKALOID TOTAL DAUN TEMPUYUNG (Sonchus arvensis Linn) DAN UJI SITOTOKSIK DENGAN METODE BSLT (Brine Shrimp Lethality Test). Semarang : Universits Diponegoro. ejournals1.undip.ac.id/index.php/kimia/article/view/1956. Diakses tanggal 25 Maret 2014, pukul 22 : 30.
Pranata, F. Sinung. 2012. Isolasi Alkaloid dari Bahan Alam (Alkaloid Insulation of Natural Materials).Yogyakarta : Fakultas Biologi Universitas Atma Jaya.http://yustikaforict.files.wordpress.com/2012/12/jurnal-5.pdf. Diakses tanggal 11 Maret 2014, pukul 10.10. Wijaksono, Aris. 1989. Isolasi Alkaloid dari Akar Tuba Biji (Anamirta cocculus L). Surabaya : IntitutTeknologi Nopember.http://digilib.its.ace.id/public/ITS-undergraduate-21984-1841 400034- cover.pdf. Diakses tanggal 8 maret 2014, pukul 20:51.