PERATURAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR 28 Tahun 2014 Manfaat yang tidak dijamin dalam program meliputi:
Pelayanan kesehatan yang dilakukan tanpa melalui prosedur sebagaimana diatur dalam peraturan yang berlaku; Pelayanan kesehatan yang dilakukan di Fasilitas Kesehatan yang tidak bekerja sama dengan BPJS Kesehatan, kecuali dalam keadaan darurat; Pelayanan kesehatan yang telah dijamin oleh program jaminan kecelakaan kerja terhadap penyakit atau cedera akibat kecelakaan kerja atau hubungan kerja; Pelayanan kesehatan yang telah dijamin oleh program jaminan kecelakaan lalu lintas yang bersifat wajib sampai nilai yang ditanggung oleh program jaminan kecelakaan lalu lintas; Contoh : Kecelakaaan Ganda, Operasi yang terjadi akibat kecelakaan kerja juga tidak dijamin oleh BPJS kesehatan karena hal itu sudah ditanggung BPJS ketenagakerjaan.
Pelayanan kesehatan yang dilakukan di luar negeri;
Pelayanan kesehatan untuk tujuan estetik; Contoh : operasi bekas luka dan operasi yang diakibatkan karena sengaja menyakiti diri sendiri juga tidak ditanggung BPJS.
Pelayanan untuk mengatasi infertilitas; Pelayanan meratakan gigi (ortodonsi); Gangguan kesehatan akibat sengaja menyakiti diri sendiri, atau akibat melakukan hobi yang membahayakan diri sendiri; HIV/AIDS. Penyakit ini tidak ditanggung jika dianggap merupakan penyakit yang datang karena keteledoran diri sendiri. Namun pada kasus tertentu karena akibat tertular atau kejadian lain diluar keteledoran maka HIV/AIDS ditanggung oleh BPJS. Segala penyakit yang berkaitan dengan narkoba juga tidak ditanggung oleh asuransi BPJS kesehatan karena dianggap kesalahan sendiri.
Pengobatan komplementer, alternatif dan tradisional, termasuk akupunktur non medis, shin she, chiropractic, yang belum dinyatakan efektif berdasarkan penilaian teknologi kesehatan (health technology assessment);
Pengobatan dan tindakan medis yang dikategorikan sebagai percobaan (eksperimen); Alat kontrasepsi, kosmetik, makanan bayi, dan susu; Perbekalan kesehatan rumah tangga; Pelayanan kesehatan akibat bencana pada masa tanggap darurat,kejadian luar biasa/wabah; Biaya pelayanan kesehatan pada kejadian tak diharapkan yang dapat dicegah (preventable adverse events);Yang dimaksudkan preventable adverse events adalah cedera yang berhubungan dengan kesalahan/kelalaian penatalaksanaan medis termasuk kesalahan terapi dan diagnosis, ketidaklayakan alat dan lain – lain sebagaimana kecuali komplikasi penyakit terkait. Biaya pelayanan lainnya yang tidak ada hubungan dengan Manfaat Jaminan Kesehatan yang diberikan.