Lecture 5 2006 Part 2

В кластере рибосомных генов китайского хомячка участок прикрепления ДНК к ядерному матриксу локализуется перед промотором и является достаточно протяженным (3,5 т.п.н.)

В домене гена c-myc человека область прикрепления к ядерному матриксу имеет протяженность более 4 т.п.н. и включает первый экзон гена с-myc

Участки прикрепления ДНК к ядерному матриксу оказались достаточно протяженными. В этой связи правильнее будет говорить о районах прикрепления к матриксу «Loop Anchorage Regions»

B AT-богатых областях генома районы прикрепления к матриксу могут быть соизмеримы с длиной петель ДНК (50 и более т.п.н.)

Транскрипционные комплексы по-видимому могут проходить через протяженные участки прикреплкеия ДНК к ядерному матриксу, не вызывая открепления петель RNA DNA

DNA

RNA Pol II

Pol II Matrix attachment region

Matrix attachment region

DNA

DNA

Pol II RNA

RNA Matrix attachment region

Pol II

Matrix attachment region

human dystrophin gene the longest gene known (> 2000 kb) rearrangements cause severe diseases breakpoints of rearrangements are clustered in two hot-spots there are several promoters active in different tissues

A B

SfiI restriction sites

0

C 500

D E'E 1000

G

F 1500

H I'I

J

2000

2500

TEL

CEN

deletion hot-spots promoters

Dp427c

Dp427m

Dp260 Dp140

Dp116 D p71

exons c1 m1 2

10

44

52

60

64 79

Dystrophin gene is located at X-chromosome It is not clear if the mode of DNA organization in loops is the same in the active and repressed copy of X-chromosome To facilitate interpretation of results a male cell line (Hel) with one (active) copy of X-chromosome was selected Dapi

X-chromosome-specific probe

superimposition

A B 0

C 500

D E'E 1000

F 1500

G

H I'I

2000

J 2500

TEL

CEN

D

Probe 1

VM-26

50 kb

100 kb

E’

Probe 2

VM-26

A B 0

C 500

D E'E 1000

F 1500

G

H I'I

2000

J 2500

TEL

CEN

E

200 kb

400 kb

F

A

B

0

C 500

D E'E

F

1000

G

1500

H I'I 2000

CEN

2500 TEL

1

2 3

4

5

67

8

Visualization of individual DNA loops

2M NaCl extraction

Hybridization with biothinilated probe

Visualization by immunostaining

DNA fragment flanked by two attachment areas is organized into a single loop A 0

CEN

B

C 50 0

no Cot1 human DNA 10 µm

D E'E 1000

F 1500

G

H I'I 2000

2500

TEL

DNA fragment flanked by two attachment areas is organized into a single loop A 0

CEN

B

C 50 0

no Cot1 human DNA 10 µm

D E'E 1000

F

G

1500

H I'I 2000

2500

TEL

1000X excess of Cot1 human DNA 10 µm

A 0

CEN

B

C 50 0

D E'E 1000

F 1500

G

H I'I 2000

2500

TEL

a short DNA fragment located within an attachment area resides at the nuclear matrix

a short DNA fragment located far from attachment areas resides at the periphery of the nuclear halo

Probe from LAR

Probe from loop