1) 65% Program Studi telah terakreditasi A BAN-PT. 2) 6 Program Studi telah tersertifikasi internasional ASEAN University Network Quality Assurance (AUN-QA). 3) Laboratorium terpadu yang terakreditasi KAN (SNI ISO/IEC 17025:2008) No LP-635-IDN sejak tahun 2012. 4) Sistem manajemen yang tersertifikasi ISO 9001:2015 dari Lembaga Sertifikasi Internasional PT. TUV Rheinland Jerman. 5) 54 mahasiswa adalah mahasiswa asing (luar negeri). 6) Dosen dengan ID-Scopus sebanyak 46 7) Sebanyak 75 artikel terindeks Scopus dengan total sitasi sebanyak 322 kali (2018). 8) Memiliki 6 orang guru besar asing yang sedang bertugas sebagai visiting professors. 9) Terdapat 44 dosen yang terlibat dalam international collaborative research. 10) Menyelenggarakan sedikitnya 5 international conference secara rutin setiap tahun. 11) Memiliki 1 jurnal internasional yang terindeks scopus dan 14 jurnal nasional terakreditasi Sinta-DIKTI. 12) Prestasi internasional mahasiswa 3 tahun terakhir sebanyak 19 prestasi. 13) Akses website yang tinggi terlibat dari urutan webometrics pada posisi 11 nasional (Juni 2018). 14) Jumlah kerjasama tahun 2015-2017 untuk dalam negeri sebanyak 529 dan untuk luar negeri sebanyak 147. Dengan total kerjasama 676. 15) UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta meraih peringkat III Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Terbaik Indonesia Tahun 2017 dalam Implementasi Manajemen Perubahan dari Kementerian Agama RI. 16) UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta meraih penghargaan Apresiasi Pendidikan Islam (API) Tahun 2017 dari Kementerian Agama sebagai Universitas yang mampu mewujudkan tata kelola yang baik berdasarkan pemetaan Sistem Manajemen Strategis pada Direktorat Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam Kementerian Agama RI. 17) UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta meraih penghargaan dari auditor eksternal seperti Kantor Akuntan Publik (KAP) Indarto Waluyo, M.Acc, Ak, CPA, CA untuk aspek keuangan.
Commented [S1]: Akreditasi dicabut oleh KAN (Januari 2017) https://drive.google.com/file/d/1CD0553XYvGoF4RkPO fgEzhLSr9JbIQBK/view (update 18 September 2018)