În Republica Moldova, ecosistemele acvatice şi palustre (acvatoriile râurilor, lacurilor, iazurilor) ocupă 94,6 mii ha (2,8% din suprafaţa totală a republicii) sunt repartizate neuniform şi se caracterizează printr-o varietate vastă a particularităţilor ecologice, fizico-geografice, hidrochimice şi hidrobiologice. Biodiversitatea este vastă şi include: specii floristice - 160; specii faunistice (vertebrate) - 125. Hidrofauna râurilor şi a lacurilor înregistrează cca 2135 specii şi subspecii de animale din cca 55 taxoni din diferite categorii sistematice: protozoare - 633 specii; rotifere - 485; insecte - 336; crustacee - 318 specii. În ultimul timp datorită agravării situaţie sistemului biologic, Republica Moldova duce o politică de ocrotire a acestor spaţii verzi. Vegetaţia bazinelor de apă se instalează în funcţie de calitatea apei solului etc. Ea este destul de variată (angiosperme, ferigi, ecvisetacee). Sunt răspîndite algele, care pe alocuri (pe lângă maluri, înapele mici) formează desişuri subacvatice considerabile. Vegetaţia acestor locuri este prezentată de comunităţi caracteristice zonei temperate. Încă în prima jumătate a secolului nostru în văile Prutului, Nistru-lui, Răutului, Bîcului, Botnei, Ichelului şi ale altor râuri mici, erau multe lacuri cu vegetaţie acvatică şi palustră. Supra¬faţa totală a locurilor de baltă si mlăştinoase în 1960 constituia circa 26 mii ha. Această suprafaţă evident s-a redus în perioada anilor 1960— 1985, o dată cu efectuarea lucrărilor de desecare şi ca rezultat al îndrep¬tării albiilor râurilor mici. Până în prezent s-au păstrat puţine sectoare cu vegetaţie acvatică naturală la gura r. Nistru, Ialpug, Cahul, la izvoarele unor râuri mici, precum şi în preajma lacurilor Beleu, Manta, Cuciurgan ş. a. În zonele umede există concentrări importante de specii de nevertebrate. Unele specii de mamifere, cum ar fi vidra europeană (Lutralutra) și chițcanul de apă eurasiatic (Neomys fodiens) sau nurca europeană (Mustela letreola), pot fi găsite încă în zonele umede.