Laporan-pkm-fixxx-2016-pdf-version.pdf

TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM MENGGUNAKAN VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN

PRAKTEK KERJA MAGANG PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN

Oleh: FEBBY HADI SETYAWAN NIM. 135080501111020

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2016

i TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM MENGGUNAKAN VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN

PRAKTEK KERJA MAGANG PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERAIRAN Sebagai Salah Satu Syarat untuk Meraih Gelar Sarjana Perikanan di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya

Oleh: FEBBY HADI SETYAWAN NIM. 135080501111020

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA MALANG 2016

ii TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI PADA IKAN KONSUMSI AIR TAWAR DENGAN METODE AUTOMATIC IDENTIFICATION SYSTEM MENGGUNAKAN VITEK 2 COMPACT DI LOKA PEMERIKSAAN PENYAKIT IKAN DAN LINGKUNGAN (LP2IL) SERANG, BANTEN

Oleh: FEBBY HADI SETYAWAN NIM. 135080501111020

telah dipertahankan didepan penguji pada tanggal : 18 Oktober 2016 dan dinyatakan telah memenuhi syarat

Mengetahui, Ketua Jurusan MSP

Menyetujui, Dosen Pembimbing

Dr. Ir. Arning Wilujeng Ekawati, MS NIP. 19620805 198603 2 001 Tanggal:

Ir. Heny Suprastyani, MS NIP. 19620904 198701 2 001 Tanggal:

iii

iv PERNYATAAN ORISINALITAS

Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam Laporan Praktek Kerja Magang (PKM) yang saya tulis ini benar-benar merupakan hasil karya sendiri, dan sepanjang pengetahuan saya juga tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain kecuali yang tertulis dalam naskah ini dan disebutkan dalam daftar pustaka. Apabila kemudian hari terbukti atau dapat dibuktikan Laporan Praktek Kerja Magang (PKM) ini hasil penjiplakan (plagiasi), maka saya bersedia menerima sanksi atasperbuatan tersebut sesuai hukum yang berlaku di Indonesia.

Malang, 27 September 2016 Mahasiswa,

Febby Hadi Setyawan

v RINGKASAN

Febby Hadi Setyawan. Teknik Identifikasi Bakteri pada Ikan Konsumsi Air Tawar dengan Metode Automatic Identification System menggunakan Vitek 2 Compact di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten (dibawah bimbingan Ir. Heny Suprastyani, MS).

Pencapaian produksi sektor perikanan dan kelutan dari tahun ke tahun semakin meningkat salah satunya adalah perikanan budidaya. Akan tetapi, dalam pencapaiannya terdapat suatu permasalahan dimana para pembudidaya tidak melakukan kegiatan pemantauan secara ketat sehingga dapat menyebabkan timbulnya penyakit pada organisme budidaya. Salah satu penyebab penyakit tersebut dikarenakan adanya infeksi dari bakteri. Infeksi dari bakteri ini dapat menyerang internal tubuh organisme sehingga dapat menyebabkan kematian massal. Tujuan praktek kerja magang adalah untuk mendapatkan pengetahuan dan keterampilan dalam proses identifikasi bakteri serta mengetahui bakteri yang dapat menyebabkan penyakit pada ikan. Praktek kerja magang (PKM) dilaksanakan pada tanggal 11 Juli sampai 26 Agustus 2016 di LP2IL Serang, Banten. Metode yang digunakan dalam PKM ini adalah metode deskriptif dengan teknik pengambilan data meliputi data primer dan data sekunder. Pengumpulan data dilakukan dengan cara observasi lapang, wawancara, partisipasi langsung dan studi pustaka Teknik identifikasi bakteri ini masih sangat diperlukan untuk melakukan tindak pencegahan maupun pengobatan. Pada saat sekarang teknik identifikasi bakteri dilakukan dengan metode konvensial maupun secara automatic identification system. Pada automatic identification system ini memiliki kelebihan yaitu dapat menganalisis organisme dengan cepat tanpa membutuhkan banyak bahan (media). Identifikasi tiap sampel dilakukan sesuai dengan prosedur yang dimiliki LP2IL Serang, dimana untuk automatic identification system menggunakan alat yaitu Vitek 2 compact. Prinsip dari identifikasi secara automatis ini yaitu menggunakan card identification yang mana pada card tersebut terdapat well atau seperti media uji biokimiawi yang dimodifikasi sedemikian rupa sehingga dapat digunakan untuk idetifikasi bakteri secara cepat. Prosedur pengujian dengan alat Vitek 2 compact ini dimulai dari uji gram, pemilihan card, dan membuat suspensi bakteri sesuai standar McFarland serta pengidentifikasian dengan menggunakan alat sampai keluar lembar hasil identifikasi. Bakteri yang teridentifikasi pada sampel adalah Aeromonas hydropyla, Aeromonas caviae, Aeromonas sobria dan Aeromonas veronii.

vi KATA PENGANTAR

Dengan mengucapkan puji dan syukur kehadirat Allah SWT, atas limpahan rahmat dan hidayah-Nya, penulis dapat menyajikan Laporan Praktek Kerja Magang (PKM) yang berjudul “Teknik Identifikasi Bakteri Pada Ikan Konsumsi Air Tawar dengan Metode Automatic Identification System menggunakan Vitek 2 Compact di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten”. Laporan PKM ini disusun sebagai salah satu persyaratan untuk memperoleh gelar Sarjana Perikanan di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya. Penulis menyadari bahwa masih banyak kekurangan yang mendasar pada laporan ini. oleh karena itu penulis mengharapkan kritik serta saran yang dapat membangun untuk penyempurnaan laporan selanjutnya. Demikian penulis sampaikan terimakasih.

Malang, 27 September 2016

Penulis

vii UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis menyadari bahwa penulisan laporan ini banyak dukungan dari berbagai pihak. Melalui kesempatan ini, dengan kerendahan hati penulis mengucapkan terima kasih kepada: 1. Bapak Agus Hadi Mulyono dan Ibu Nanik Nirmalawati, SE selaku orang tua dan kakak Vita Ahnawati, ST yang telah memberikan do’a, dukungan dan motivasi. 2. Ibu Ir. Heny Suprastyani, MS selaku dosen pembimbing yang telah banyak memberikan saran, bimbingan, arahan dan nasehat bagi penulis. 3. Bapak Yayan Sofyan A.Pi, MP selaku kepala LP2IL Serang, Banten, yang telah memberikan izin dan bersedia menerima saya untuk melakukan kegiatan PKM. 4. Ibu Dinarti, S.Si selaku pembimbing & analis laboratorium, Ibu Swastika Dita Soraya, S.Pi dan Ibu Yasinthya inggariyanti, A.Md selaku analis laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten yang telah memberikan bimbingan dan arahan selama melakukan kegiatan PKM. 5. Teman-teman BP 2013 “Aqua GT” yang telah membantu dalam penyelesaian PKM ini. 6. Teman-Teman

“SM”

yang

selalu

mendukung

dan

membantu

dalam

penyelesaian PKM ini.

Malang, 27 September 2016

Penulis

viii DAFTAR ISI

Halaman RINGKASAN ....................................................................................................... v KATA PENGANTAR .......................................................................................... vi UCAPAN TERIMA KASIH ................................................................................. vii DAFTAR ISI ..................................................................................................... viii DAFTAR TABEL ................................................................................................. x DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ xi DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xii 1. PENDAHULUAN ............................................................................................ 1 1.1 Latar Belakang ........................................................................................... 1 1.2 Maksud dan Tujuan .................................................................................... 3 1.2.1 Maksud ............................................................................................... 3 1.2.2 Tujuan ................................................................................................. 3 1.3 Kegunaan ................................................................................................... 4 1.4 Tempat dan Waktu ..................................................................................... 4 2. TINJAUAN PUSTAKA .................................................................................... 5 2.1 Penyakit...................................................................................................... 5 2.2 Jenis Sumber Penyakit ............................................................................... 5 2.3 Bakteri ........................................................................................................ 6 2.4 Jenis-Jenis Bakteri...................................................................................... 7 2.4.1 Berdasarkan Cara Mendapatkan Makanan ........................................ 7 2.4.2 Berdasarkan Kebutuhan Oksigen....................................................... 8 2.4.3 Berdasarkan Lapisan Peptidoglikan Dinding Sel ................................ 8 2.5 Morfologi..................................................................................................... 8 2.6 Reproduksi ................................................................................................. 9 2.7 Identifikasi Bakteri .................................................................................... 10

3. METODE DAN TEKNIK PENGAMBILAN DATA .......................................... 12 3.1 Metode Pengambilan Data ....................................................................... 12 3.2 Teknik Pengambilan Data ......................................................................... 12 3.2.1 Data Primer ...................................................................................... 12 a. Observasi ......................................................................................... 13 b. Wawancara ...................................................................................... 13 c. Partisipasi Aktif ................................................................................. 14 3.2.2 Data Sekunder ................................................................................. 14

ix 4. HASIL PRAKTEK KERJA MAGANG ......................................................... 16 4.1 Keadaan Umum Lokasi PKM .................................................................. 16 4.1.1 Sejarah Berdirinya LP2IL Serang, Banten ...................................... 16 4.1.2 Lokasi dan Letak Geografis LP2IL Serang, Banten ........................ 17 4.1.3 Struktur, Organisasi dan Tenaga Kerja .......................................... 17 4.2 Kedudukan, Tugas dan Fungsi LP2IL Serang, Banten ........................... 19 4.3 Visi dan Misi LP2IL Serang, Banten........................................................ 20 4.4 Sarana dan Prasarana............................................................................ 21 4.4.1 Sarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten .............. 21 4.4.2 Prasarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten ......... 21 4.5 Kegiatan Identifikasi Bakteri.................................................................... 22 4.5.1 Mekanisme Pengelolaan Sampel ................................................... 22 4.5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan .............................................................. 24 4.5.3 Preparasi Alat dan Bahan .............................................................. 25 4.5.4 Pembuatan Media Kultur ................................................................ 26 4.5.5 Persiapan Sampel .......................................................................... 27 a. Penangan Sampel.......................................................................... 28 b. Isolasi Bakteri ................................................................................. 29 4.5.6 Pemurnian Isolat Bakteri ................................................................ 31 4.5.7 Pengawetan dan Subkultur Isolat Bakteri ....................................... 32 4.6 Pengujian Isolat Bakteri dengan Vitek 2 Compact ................................. 34 4.6.1 Alat dan Bahan .............................................................................. 34 4.6.2 Persiapan Isolat ............................................................................. 34 4.6.3 Pengamatan Morfologi Bakteri ....................................................... 34 a. Morfologi Koloni Bakteri................................................................... 35 b. Morfologi Sel Bakteri ....................................................................... 35 4.6.4 Pengujian Gram ............................................................................. 37 4.6.5 Pemilihan Card .............................................................................. 38 4.6.6 Mekanisme Pengujian dengan Vitek 2 Compact ............................ 40 4.6.7 Pembacaan Hasil ........................................................................... 41 4.6.8 Bakteri yang Teridentifikasi ............................................................ 43 5. KESIMPULAN DAN SARAN ....................................................................... 49 5.1 Kesimpulan ............................................................................................. 49 5.2 Saran ...................................................................................................... 49 DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 50

x DAFTAR TABEL

Tabel

Halaman

1. Perhitungan Media dengan Perbandingan Aquades ...................................... 27 2. Keterangan Hasil Identifikasi.......................................................................... 41

vi DAFTAR GAMBAR

Gambar

Halaman

1. LP2IL Serang Banten..................................................................................... 17 2. Struktur Organisasi LP2IL – Serang............................................................... 18 3. Contoh Pemberian Kode Sampel ................................................................... 23 4. Pemberian tanda pada tabung reaksi ........................................................... 26 5. Isolasi bakteri pada media darah ................................................................... 31 6. Pemurnian Bakteri pada media TSA .............................................................. 32 7. Subkultur bakteri pada TSA miring................................................................. 33 8. Pengawetan bakteri ....................................................................................... 33 9. Karakteristik Koloni Bakteri (Cappuccino dan Natalie 2005).......................... 35 10. Koloni Bakteri (Tanda Panah) secara Mikrokopis ......................................... 36 11. Uji Gram dengan KOH 3% ........................................................................... 37 12. GN card identification................................................................................... 39 13. Lembar hasil identifikasi ............................................................................... 42 14. Hasil Uji- VP................................................................................................. 43 15. Hasil identifikasi bakteri A.hydropila ............................................................. 44 16. Bakteri A.hydrophila ..................................................................................... 45 17. Hasil identifikasi bakteri A.caviae ................................................................. 45 18. Bakteri A. caviae .......................................................................................... 46 19. Hasil identifikasi bakteri A.veronii ................................................................. 47 20. Bakteri A. Veronii ......................................................................................... 47 21. Hasil identifikasi bakteri A.sobria.................................................................. 48 22. Bakteri A. sobria .......................................................................................... 48

vii DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran

Halaman

1. Peta Lokasi LP2IL Serang, Banten ................................................................ 53 2. Data Pegawai LP2IL Serang, Banten............................................................. 54 3. Skema Mekanisme Pengelolaan Sampel ....................................................... 56 4. Formulir Permintaan Pengujian Sampel (FPPS) ............................................ 57 5. Surat Tugas Pengujian (STP) ........................................................................ 58 6. Work sheet .................................................................................................... 59 7. Lembar Hasil Uji Sementara (LHUS) ............................................................. 60 8. Lembar Hasil Uji (LHU) .................................................................................. 61 9. Alat yang digunakan dalam identifikasi bakteri ............................................... 62 10. Bahan yang digunakan dalam identifikasi bakteri......................................... 65 11. Instruksi Pengoprasian Kerja Alat ................................................................ 66 12. Standar kekeruhan Card Identification ......................................................... 73 13. Media Tumbuh dalam Identifikasi Bakteri dengan Vitek 2 compact .............. 74 14. GN well Card Identification........................................................................... 75 15. Hasil Identifikasi dengan Vitek 2 Compact ................................................... 77

1 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Dua pertiga wilayah Indonesia adalah perairan laut yang terdiri dari laut pesisir, laut lepas, teluk dan selat. Luas wilayah laut termasuk didalamnya Zona Ekonomi Eksklusif mencapai 5,8 km2 atau sekitar ¾ dari luas keseluruhan wilayah Indonesia (Pakpahan et al., 2006). Sektor perikanan dan kelautan adalah salah satu sektor andalan yang dijadikan

pemerintah

sebagai

salah

satu

potensi

untuk

meningkatkan

pertumbuhan ekonomi baik dalam skala lokal, regional maupun negara. Sektor ini merupakan sektor yang selama ini belum dieksploitasi secara maksimal dan seringkali dianggap bagian dari sektor pertanian, padahal sebagai suatu negara maritim Indonesia memiliki gugusan ribuan pulau yang lebih dari 70% wilayahnya terdiri dari lautan, belum lagi potensi akan perairan tawar (sungai) yang sangat banyak (Nadeak, 2009). Produksi budidaya perikanan dunia dari tahun ke tahun mengalami peningkatan yang tajam. Dalam kurun waktu 10 tahun terakhir, produksi budidaya perikanan dunia meningkat dari 24.5 juta ton pada tahun 1994 menjadi 51,4 juta ton pada tahun 2002 (meningkat 12% per tahun). Kondisi yang sama juga terjadi pada budidaya perikanan Indonesia. Produksi budidaya perikanan indonesia sebesar 278.864 ton pada tahun 1993 dan mencapai 1.468.610 ton atau mengalami peningkatan 80,77% (rata-rata 8.08% per tahun) pada tahun 2004 (Amri dan Khairuman, 2008). Akan tetapi produksi perikanan ini akan menurun, disebabkan berbagai kendala yaitu penyakit. Menurut Ratnawati et al.(2013), penyakit merupakan kendala utama dalam budidaya ikan, baik ikan hias maupun ikan konsumsi.

2 Serangan hama dan penyakit dapat dihindari dengan penanganan dan penjagaan kesehatan yang memadai melalui sanitasi dan kualitas air. Di Indonesia sedikitnya telah tercatat empat kali wabah penyakit ikan, baik yang disebabkan oleh parasit maupun bakteri. Wabah penyakit menyebabkan terjadinya kematian pada ikan secara akut maupun kronis sehingga secara ekonomis ikan menjadi tidak laku dipasarkan karena penampilannya yang buruk. Kebanyakan dari Ikan konsumsi air tawar ini di infeksi oleh penyakit yang disebabkan oleh patogen yaitu bakteri. Menurut Afrianto et al. (2015), penyakit yang disebabkan oleh bakteri (bacterial diseases) umumnya merupakan infeksi internal sehingga membutuhkan pengobatan menggunakan pakan yang telah diberi antibiotik. Ciri ikan yang terserang penyakit bakteri antara lain mengalami hemorrhagic atau borok atau benjolan dengan bagian tepinya memerah (ulcers) sepanjang dinding tubuh dan sekitar mata atau mulut. Ikan juga dapat mengalami pembesaran perut (berisi cairan) atau penonjolan mata (protuding eyes). Penyakit pada bakteri ini jika tidak ditangani dengan baik dan benar dapat menyebabkan resiko yaitu kematian yang dapat merugikan kegiatan budidaya. Menurut Susanto (2014), menjelaskan bakteri yang sering menyerang ikan-ikan di kolam biasanya jenis Aeromonas sp. dan Pseudomonas sp. Penyakit bakteri ini termasuk sangat ganas. Penanggulangannya tidak cukup dengan mengobati ikan-ikan yang sakit, tetapi juga mencegah penyebaran ke tempat lain. Bakteri adalah organisme satu sel yang menyerang lebih luas pada ikan. Biasanya, bakteri timbul karena inangnya mengalami stres. Tanda-tanda penyakit bakteri pada ikan, yaitu permukaan tubuh ikan berwarna merah darah pada bagian dada, perut, dan pangkal sirip; selaput lendir berkurang sehingga tubuh ikan tidak licin; terjadi kerusakan pada sisik, sirip, dan kulit; insang

3 berwarna keputih-putihan hingga kebiru-biruan; kurang aktif bergerak, lemah dan kehilangan keseimbangannya (Said, 2007). Untuk keperluan lapang saat ini dibutuhkan hasil yang cepat, oleh karena itu digunakan suatu teknik identifikasi secara automatis (Automatic Identification System) menggunakan alat Vitek 2 compact untuk proses identifikasi bakteri. Menurut Thomas et al. (2001), salah satu identifikasi secara automatis ini dapat menggunakan Vitek 2 (bioMe’rieux). Tetapi hanya beberapa yang tersedia dipasar. Vitek 2 (bioMe’rieux) merupakan tekonologi berbasis fluoresensi. Dengan adanya Automatic Identification System dapat mempercepat perolehan hasil sehingga dapat diketahui organisme patogen yang menyerang pada ikan yang di uji dan dapat dilakukan tindakan baik pencegahan maupun pengobatan pada usaha budidaya. Sehubungan dengan permasalahan tersebut, kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) ini penting dilakukan untuk mengetahui teknik identifikasi bakteri secara automatis serta mendapatkan pengalaman dan keterampilan langsung di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan Dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten. 1.2 Maksud dan Tujuan 1.2.1

Maksud Maksud dari Praktek Kerja Magang ini adalah untuk mengetahui secara

menyeluruh dalam bidang pemeriksaan penyakit ikan khususnya pada rangkaian identifikasi bakteri secara automatis pada ikan konsumsi air tawar di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan Dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten. 1.2.2

Tujuan Tujuan dari kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) ini adalah untuk

mendapatkan pengetahuan dan keterampilan dalam proses identifikasi bakteri

4 serta mengetahui bakteri yang dapat menyebabkan penyakit pada ikan di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten. 1.3

Kegunaan Kegunaan dari Praktek Kerja Magang (PKM) ini adalah untuk menambah

pengetahuan, pengalaman dan keterampilan terhadap masalah-masalah yang dihadapi tentang teknik pengidentifikasian bakteri secara automatis di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten sehingga dapat dipergunakan saat dilapang. 1.4

Tempat dan Waktu Praktek Kerja Magang (PKM) ini dilaksanakan di Loka Pemeriksaan

Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten pada tanggal 11 Juli – 26 Agustus 2016.

5 2. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Penyakit Menurut

Afrianto

et al.

(2015),

penyakit adalah segala bentuk

penyimpangan yang dapat menyebabkan ikan merasa terganggu kehidupannya. Atau penyakit sebagai suatu keadaan fisik, kimia, biologis, morfologi dan atau fungsi yang mengalami perubahan dari kondisi normal karena penyebab dari dalam (internal) dan luar (eksternal). Adapun pengertian lain, yaitu kondisi tidak normal karena terjadi penurunan kemampuan ikan secara bertahap untuk mempertahankan fungsi fisiologinya. Ikan menjadi tidak normal disebabkan oleh dirinya sendiri atau pengaruh lingkungan disekitarnya. Menurut Supriyadi (2004), ikan sakit menunjukkan suatu keadaan pada ikan yang sedang mengalami gangguan atau kelainan, baik fisik maupun perilakunya. Gangguan fisik bisa berupa luka akibat gesekan antar ikan, insang membusuk, sisik tampak kusam, bisa juga gerakannya lambat. Sementara itu, ciri kelainan perilaku, antara lain ikan lebih sering menyendiri, cenderung berada dipermukaan air, gerakannya lemah dan nafsu makan menurun. Penyakit ikan dapat didefinisikan sebagai suatu hal yang dapat menimbulkan gangguan fisik dan fungsi fisiologis (abnormalitas perilaku). 2.2 Jenis Sumber Penyakit Dalam usaha budidaya terdapat berbagai sumber penyakit yang perlu diketahui oleh petani sehingga tidak menimbulkan kerugian yang besar. Menurut Afrianto et al. (2015), untuk mencegah atau mengendalikan timbulnya penyakit pada ikan budidaya, perlu dipahami dari mana sumber penyakit tersebut. Ketidaktahuan sumber penyakit sering mengakibatkan kerugian besar, terutama bila penyakit tersebut dapat menyebabkan kematian masal ikan yang

6 dibudidayakan. Sumber penyakit yang dialami oleh ikan budidaya dapat berasal dari ikan itu sendiri, media budidaya dan patogen. Menurut Sitanggang (2008), ada dua jenis sumber penyakit yang perlu diwaspadai oleh para petani dan hobiis ikan hias antara lain : a. Parasit : Organisme patogen (penyakit) yang menyerang ikan dapat digolongkan sebagai parasit. Contoh organisme tersebut adalah jamur, bakteri,

protozoa,

cacing

dan

udang

renik.

Berdasarkan

sifat

serangannya, organisme patogen dapat dibedakan menjadi dua jenis, yakni patogen asli dan organisme patogen potensial. b. Nonparasit : Penyakit nonparasit adalah segala jenis penyakit yang bukan disebabkan oleh parasit, melainkan oleh berbagai jenis hama, lingkungan, pakan dan keturunan (genetis). 2.3 Bakteri Menurut Mahyuddin (2010), bakteri merupakan mikroorganisme dengan struktur intraseluler yang sederhana yang mempunyai daerah penyebaran relatif luas. Ukuran bakteri relatif lebih besar dari pada virus yaitu 0,3-0,5 µ. Ciri-ciri bakteri adalah berbentuk rantai atau benang, tumbuh dan bertambah banyak dalam kelompok, koloninya berwarna dan berkilau/tidak, halus atau kasar, metabolisme aerob atau

anaerob,

membutuhkan media tertentu

untuk

mengulturnya, serta menghasilkan asam atau gas. Menurut Said (2007), bakteri adalah organisme satu sel yang menyerang lebih luas pada ikan. Biasanya, bakteri timbul karena inangnya mengalami stres. Faktor-faktor yang menyebabkan ikan menjadi stres sangat banyak, baik karena faktor kimia, fisika maupun biologi. Tanda-tanda penyakit bakteri pada ikan, yaitu permukaan tubuh ikan berwarna merah darah pada bagian dada, perut, dan pangkal sirip; selaput lendir berkurang sehingga tubuh ikan tidak licin; terjadi

7 kerusakan pada sisik, sirip, dan kulit; insang berwarna keputih-putihan hingga kebiru-biruan; kurang aktif bergerak, lemah dan kehilangan keseimbangannya. Menurut Puspitasari et al. (2012),

Nama bakteri berasal dari kata

“bakterion” (bahasa Yunani) yang berarti tongkat atau batang. Sejalan dengan pertambahnya pengetahuan, sekarang bakteri digunakan untuk mikroorganisme bersel satu, berkembang biak dengan pembelahan diri, serta memiliki ukuran mikron sehingga hanya tampak dengan mikroskop. 2.4 Jenis-Jenis Bakteri 2.4.1 Berdasarkan Cara Mendapatkan Makanan Menurut Saraswati dan Setiawardhana (2011), jenis bakteri berdasarkan cara mendapatkan makanan tergolong sebagai berikut : 

Bakteri Heterotrof, Memperoleh makanan berupa zat organik dari lingkungannya (sisa organisme, sampah atau zat dalam tubuh organisme lain).



Bakteri saprofit (mendapat zat organik dari sampah, kotoran, bangkai) Contoh: Escherichia coli, Lactobacillus bulgaricus .



Bakteri parasit ( kebutuhan zat organik diperoleh dari tubuh inang) Contoh (semua bakteri patogen): Mycobacterium tuberculosis, Clostridium tetani.



Bakteri Autotrof, dapat menyusun sendiri zat-zat organik dari zat anorganik.



Bakteri Fotoautotrof (mengubah zat anorganik dengan bantuan cahaya melalui fotosintesis) Contoh: Bakteriopurpurin (bakteri ungu) 

Bakterioklorofil (bakteri hijau)



Bakteri Kemoautotrof (mengubah zat anorganik dengan energi kimia), Contoh: Nitrosomonas sp. (memecah amoniak menjadi nitrit, air dan energi) , Nitrobacter sp.

8 2.4.2 Berdasarkan Kebutuhan Oksigen Menurut

Saraswati

dan

Setiawardhana

(2011),

bakteri

berdasar

Kebutuhan oksigen digolongkan sebagai berikut : 1. Bakteri Aerob adalah bakteri yang memerlukan oksigen bebas untuk reaksi

pernafasannya

Contoh:

Nitrosomonas

sp.,

Mycobacterium

tuberculosis, Nitrosococcus sp., Nitrobacter sp. 2. Bakteri Anaerob adalah bakteri yang tidak memerlukan oksigen bebas untuk reaksi pernafasannya Contoh: Lactobacillus bulgaricus (bakteri asam susu), Clostridium tetani, Mycrococcus denitrificans. 2.4.3 Berdasarkan Lapisan Peptidoglikan Dinding Sel Menurut

Saraswati

dan

Setiawardhana

(2011),

berdasar

lapisan

peptidoglikan dinding sel digolongkan sebagai berikut : 1. Bakteri Gram Positif memiiki warna ungu, lapisan peptidoglikan dinding sel tebal Contoh: Neisseria gonorhoe, Treponema pallidum, Vibrio cholera, Bacillus sp. 2. Bakteri Gram Negatif memeliki warna merah muda, lapisan peptidoglikan dinding sel tipis Contoh: Propioni bacterium, Streptococcus metans, Staphylococcus aureus, Escherichia coli. 2.5

Morfologi Menurut Adam (1992), bentuk morfologi bakteri dapat dibagi dalam 3

bagian :  Bentuk Basil (Basillus) Basil berbentuk seperti tongkat pendek, agak silindris. Bentuk basil meliputi sebagian besar bakteri.

9  Bentuk Coccus (Bulat) Bentuk coccus adalah bentuk bakteri seperti bola-bola kecil. Gologan ini tidak sebanyak basil.  Bentuk Spiral (Spiral) Bentuk spiral adalah bakteri yang berbentuk seperti spiral, atau panjang berbengkok-bengkok. Golongan ini tidak banyak bila dibandingkan dengan basil dan coccus. Menurut Tranggono dan Latifah (2007), bakteri adalah mikroorganisme bersel tunggal yang hanya dapat dilihat dengan mikroskop. Walaupun bentuknya sederhana sekali, namun bakteri terdiri dari ribuan spesies yang berbeda. Mereka dibagi atas 3 kelompok besar bersdasarkan bentuknya, yaitu :Coccus yang bulat, Bacillus yang seperti batang, langsing atau setengah bulat, Spirillae yang berbentuk spiral. 2.6

Reproduksi Bakteri pada umumnya berkembang biak dengn jalan membelah diri.

Menurut Adam (1992), telah dikemukakan bahwa bakteri pada umumnya memperbanyak diri (berkembang dengan jalan membagi diri. Di dalam suasana yang cukup baik, misalnya dalam media pembenihan, bakteri memperbanyak diri dengan cepat. Telah dapat diperhitungkan bahwa dalam waktu 10 jam, dari 1 bakteri bisa menjadi berjuta-juta. Bakteri berkembang biak dengan pembelahan baik seacara transfersal maupun biner. Menurut Saparinto (2009), bakteri mempunyai jenis dan penyebaran paling banyak, berukuran antara 0,3-0,5 mikron dengan keragaman morfologi, ekologi dan fisiologis yang tinggi, secara umum, bakteri berkembang biak dengan pembelahan tranfersal atau biner dan mempunyai lingkungan hidup dengan rentang yang luas.

10 2.7 Identifikasi Bakteri Pada masa sekarang teknik identifikasi yang populer yaitu secara konvensional (Biokimiawi) dan dengan AIS (Automatic Identification System) yaitu menggunakan Vitek 2 compact. a. Metode Konvensional Menurut Yusuf (2009), Identifikasi bakteri meliputi pemeriksaan morfologi, pewarnaan gram, dan uji biokimia antara lain : uji O/F (Oksidatif/Fermentatif), uji oksidase, uji katalase, uji motilitas, produksi indol, uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar), dan

uji gula. Pengamatan morfologi koloni bakteri dilakukan setelah

mendapatkan biakan murni. Pengamatan ini meliputi warna, bentuk, tepian koloni, elevasi atau permukaan koloni dan struktur dalam koloni. Pewarnaan gram bertujuan untuk menentukan apakah bakteri tersebut termasuk di dalam kelompok bakteri gram positif atau kelompok bakteri gram negatif. Uji katalase adalah untuk mengetahui sifat bakteri dalam menghasilkan enzim katalase. Tujuan uji oksidase adalah untuk mengetahui ada tidaknya enzim oksidase pada bakteri. Uji O/F medium (Oksidatif/Fermentatif) bertujuan untuk mengetahui sifat oksidasi atau fermentasi bakteri terhadap glukosa. Uji motilitas bertujuan untuk mengetahui apakah bakteri tersebut motil atau tidak dan untuk mengetahui produksi indol dari Tryptophane. Uji TSIA (Triple Sugar Iron Agar) bertujuan untuk membedakan jenis bakteri berdasarkan kemampuan memecahkan dextrose, laktosa, sukrosa dan pembebasan sulfida, selain itu uji TSIA berfungsi untuk mengetahui apakah bakteri tersebut menghasilkan gas, H2S atau tidak. Uji gula bertujuan untuk mendeterminasi kemampuan bakteri dalam mendegradasi gula dan menghasilkan asam organik yang berasal dari tiap-tiap jenis gula, yaitu glukosa, sukrosa, maltosa, arabinosa, manitol dan inositol.

11 b. Metode Automatis Teknik identifikasi bakteri mengalami suatu perkembangan yaitu dengan menggunakana identifikasi secara automatis.Menurut Thomas et al. (2001), Identifikasi bakteri secara automatis dan uji kerentanan telah dikembangan dan dikomersialkan dalam dua dekade. Salah satu identifikasi secara automatis ini dapat menggunakan Vitek 2 (bioMe’rieux). Tetapi hanya beberapa yang tersedia dipasar. Vitek 2 (bioMe’rieux) merupakan tekonologi berbasis fluoresensi, dimana dapat digunakan untuk identifikasi dan uji kerentanan pada isolat gram negatif. Dalam identifikasi bakteri secara automatis biasanya menggunakan alat yaitu Vitek 2 system. Menurut Wallet et al. (2005), vitek 2 system merupakan alat identifikasi yang menggunakan card identfication. Misalnya GP (Gram Positive) card dan GN (Gram Negative) card. Dimana pada alat ini terdapat database yang dipergunakan untuk analisis dalam identifikasi bakteri secara automatis. Hasil dari identifikasi menggunakan vitek ini berupa prosentase kebenaran dari pengujian yang telah dicocokan pada database. Prosedur identifikasi bakteri dengan vitek ini yaitu dengan membuat suspensi menggunakan 0.45% sodium chloride dan menyesuaikan kekeruhan (density) dengan standar Mc Farland yang diukur dengan densycheck system (bioMerieux). Kemudian dipergunakan card identification untuk identifikasi bakteri secara automatis.

12 3. METODE DAN TEKNIK PENGAMBILAN DATA

3.1 Metode Pengambilan Data Metode kerja yang digunakan dalam Praktek Kerja Magang (PKM) ini adalah metode deskriptif.

Menurut Danim (2003), penelitian deskriptif

(descriptive research) ini dimaksudkan untuk mendeskripsikan secara sistematis dan akurat suatu situasi atau area populasi tertentu yang bersifat faktual. Penelitian deskriptif juga berarti penelitian yang dimaksudkan untuk menjelaskan fenomena atau karakteristik individual, situasi, atau kelompok tertentu secara akurat. Dengan kata lain, tujuan dari penelitian deskriptif adalah mendiskripsikan seperangkat peristiwa atau kondisi saat ini. 3.2 Teknik Pengambilan Data Pengambilan data adalah prosedur yang sistematis untuk memperoleh data yang diperlukan. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) ini dilakukan dengan dua macam data, yaitu pengambilan data primer dan data sekunder. Data primer didapatkan dengan cara mencatat hasil observasi, wawancara serta partisipasi aktif, sedangkan data sekunder yaitu data atau informasi yang dikumpulkan dan dilaporkan oleh seseorang untuk suatu tujuan tertentu maupun sebagai pengetahuan ilmiah. 3.2.1 Data Primer Data primer merupakan data yang diperoleh dari sumber secara langsung, baik dengan melakukan observasi, wawancara maupun partisipasi aktif. Menurut Istijanto (2005), data primer adalah data asli yang dikumpulkan oleh periset untuk menjawab masalah risetnya secara khusus. Data ini tidak tersedia karena memang belum ada riset sejenis yang pernah dilakukan atau hasil riset yang sejenis sudah terlalu kedaluwarsa. Jadi, periset perlu melakukan

13 pengumpulan atau pengadaan data sendiri karena tidak bisa mengandalkan data dari sumber lain. a.

Observasi Observasi merupakan salah satu teknik pengumpulan data yang cukup

efektif untuk mempelajari suatu sistem. Observasi adalah pengamatan langsung terhadap suatu kegiatan yang sedang dilakukan. Pada waktu melakukan observasi, analisis sistem dapat ikut juga berpartisipasi atau hanya mengamati saja orang-orang yang sedang melakukan suatu kegiatan tertentu yang diobservasi (Susilowati dan Purnama, 2011). Dalam Praktek Kerja Magang (PKM) ini kegiatan observasi yang dilakukan adalah dengan cara mengamati dan mencatat kegiatan apa yang dilakukan

dalam

identifikasi

ikan

yang

terinfeksi

bakteri

serta

mendokumentasikan hal-hal yang berkaitan dalam kegiatan penanganan di Laboratorium Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten b.

Wawancara Informasi dapat diperoleh dari pihak-pihak terkait, tidaklah cukup dengan

melakukan observasi. Karena untuk memperoleh informasi juga dapat dilakukan dengan wawancara langsung kepada pihak-pihak terkait. Menurut Santosa dan Hamdani (2007), salah satu cara pengumpulan data yang diterapkan dan dipandang penting peranannya adalah wawancara. Wawancara merupakan proses tanya jawab atau interaksi antara pihak pencari data atau peneliti selaku pewawancara (interviewer) dengan responden atau nara sumber yang berposisi sebagai pihak yang diwawancari (Interviewee). Dengan demikian, proses ini hanya dapat terjadi apabila kedua pihak bersedia melaksanakan komunikasi atau

14 terutama pihak yang akan diwawancari bersedia meluangkan waktu untuk melakukannya. Praktek Kerja magang (PKM) ini, wawancara dilakukan dengan pimpinan lokasi pada Laboratorium Penyakit Ikan, karyawan, analis dan perorangan yang terkait dengan identifikasi bakteri pada ikan meliputi sejarah berdirinya, struktur organisasi, prosedur teknis pemeriksaan penyakit ikan ikan, permasalah dan kendala yang sering dihadapi serta rencana pengembangan pemeriksaan penyakit ikan dan lingkungan. c. Partisipasi Aktif Partisipasi aktif diperoleh melalui kegiatan yang dilakukan sehari-hari untuk mendapatkan data. Menurut Djaelani (2013), Observasi partisipasi merupakan metode pengumpulan data yang digunakan untuk mendapatkan data penelitian melalui pengamatan dan pengindraan dimana observer atau peneliti benar-benar berada dalam keseharian pelaku yang diteliti atau informan, keberadaan peneliti dapat terlibat secara aktif maupun tidak aktif. Kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) ini, partisipasi aktif dilakukan dengan turut serta dan berperan dalam kegiatan identifikasi bakteri pada ikan, dimana dapat digunakan untuk mendapatkan data dan informasi mengenai teknik identifikasi bakteri secara automatis pada ikan konsumsi air tawar yang diterapkan pada Laboratorium Mikrobiologi di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten 3.2.2 Data Sekunder Data sekunder dikumpulkan dari beberapa sumber atau pustaka. Menurut Wibisono (2003), data sekunder dikumpulkan dari sumber-sumber tercetak, dimana data tersebut telat dikumpulkan oleh pihak lain. Sumber data sekunder ini misalnya dari buku, laporan, perusahaan, jurnal, internet dan sebagainya.

15 Praktek Kerja Magang (PKM) ini, pengambilan data sekunder didapat dari telaah pustaka serta data yang diperoleh dari pihak lembaga pemerintah maupun karyawan dan individu yang terkait dengan teknik identifikasi bakteri secara automatis pada Laboratorium Mikrobiologi di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten.

16 4. HASIL PRAKTEK KERJA MAGANG

4.1 Keadaan Umum Lokasi PKM 4.1.1 Sejarah Berdirinya LP2IL Serang, Banten Loka pemeriksaan penyakit ikan dan lingkungan (LP2IL) Serang, Banten mulai didirikan pada tahun 2009, dengan didirikannya bangunan laboratorium di Jl. Raya Carita, Desa Pasauran, Kecamatan Cinangka, Anyer Lor, Kabupaten Serang, Propinsi Banten. Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang merupakan unit pelaksana teknis dibidang pemeriksaan hama, penyakit ikan dan lingkungan yang bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perikanan Budidaya, Kementerian Kelautan dan Perikanan. LP2IL tersebut didirikan pada lahan seluas ±5,9 hektar. Pada tahun 2010, LP2IL dilengkapi fasilitas pendukung dan peralatan serta sumber daya manusia. Kegiatan operasional dan aktivitas laboratorium menginduk pada kegiatan satker Direktorat Kesehatan Ikan dan Lingkungan. Sejak tanggal 30 Desember 2010, berdasarkan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor: PER.28/MEN/2010, LP2IL mempunyai tugas melaksanakan pada pemeriksaan hama, penyakit ikan dan lingkunganya. Namun demikian, LP2IL Serang dapat mandiri dalam menjalakan anggarannya sejak tahun 2012. Peran serta LP2IL Serang dalam pengembangan sistem kesehatan ikan dan lingkungan di Indonesia telah dilakukan sejak awal pendiriannya. Visi dan Misi telah dicanangkan, rencana strategis pun telah ditetapkan dengan melakukan kegiatan-kegiatan dan membangun sarana - prasarana serta melakukan kegiatan perekayasaan.

LP2IL menerapkan pengujian sesuai dengan ISO 17025 dan

melakukan monitoring penyakit dan lingkungan.

17 4.1.2 Lokasi dan Letak Geografis LP2IL Serang, Banten Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten (Gambar 1) berlokasi di Jalan Raya Carita, Desa Umbul Tanjung, Kecamatan Cinangka, PO BOX 123 Anyer Lor Serang, Banten. Lokasi LP2IL terletak pada 6.23o Lintang Selatan dan 105.83o Bujur Timur, dapat dilihat pada Lampiran 1. Luas lahan total Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten mencapai ±5.9 hektar yang berdekatan dengan pantai, lahannya digunakan untuk bercocok tanam yaitu tanaman anggur, buah naga, pohon pisang dan cabai, dengan bangunannya yang terdiri dari laboratorium, perpustakaan, rumah dinas, guest house, asrama, dan kolam (bak uji lapang). Adapun batas–batas wilayahnya adalah sebagai berikut: 

Sebelah Utara : Desa Labuan



Sebelah Barat : Selat Sunda



Sebelah Selatan : Anyer



Sebelah Timur : Gunung Karang

Gambar 1. LP2IL Serang Banten 4.1.3 Struktur, Organisasi dan Tenaga Kerja Sesuai dengan struktur organisasi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) - Serang yang terdiri dari Kepala Loka, Kepala Urusan Tata Usaha, kepala Subseksi Metode Pemeriksaan, Subseksi Pelayanan Operasional,

18 serta Kelompok Jabatan Fungsional dalam penjabaran tugas sehari-hari dibantu oleh pelaksana-pelaksana yang mengelola kegiatan. Struktur organisasi LP2IL Serang (Gambar 2).

KEPALA

KASUBSIE. PELAYANAN OPERASIONAL

KASUBSIE. METODE PEMERIKSAAN

KELOMPOK JABATAN FUNGSIONAL

KAUR. TATA USAHA

Gambar 2. Struktur Organisasi LP2IL – Serang Dalam

rangka

memudahkan

pelaksaan

kegiatan-kegiatan

Loka

Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan Serang, maka dilakukanpembagian tugas sesuai struktur organisasi yang ada, yaitu sebagai berikut: 

Urusan Tata Usaha mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana, program dan anggaran, urusan tata usaha dan rumah tangga, serta evaluasi dan penyusunan laporan.



Subseksi Metode Pemeriksaan mempunyai tugas melakukan penyusunan dan penerapan metode, pengujian dan analisis data di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan lingkungannya, serta monitoring dan pengawasan (surveillance).



Subseksi Pelayanan Operasional mempunyai tugas melakukan pelayanan teknis di bidang kesehatan ikan, dan lingkungannya serta pengolahan data, pengelolaan system informasi, dan diseminasi informasi mengenai hama, penyakit ikan, dan lingkungannya;

19 

Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas melaksanakan kegiatan yang

berkaitan

dengan

pemeriksaan

hama,

penyakit

ikan,

dan

lingkungannya, serta kegiatan lain yang sesuai dengan tugas masing-masing jabatan fungsional berdasarkan peraturan perundang-undangan. Sampai dengan tahun 2016 jumlah pegawai LP2IL - Serang adalah 41 orang (PNS) dengan Rincian data kepegawaian LP2IL Serang, Banten dapat dilihat pada Lampiran 2. 4.2 Kedudukan, Tugas dan Fungsi LP2IL Serang, Banten Sesuai dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor: PER.28/MEN/2010, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan dan lingkungan. LP2IL Serang, Banten berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perikanan Budidaya (DJPB). Untuk melaksanakan tugas pokok tersebut, LP2IL - Serang menyelenggarakan fungsi : (1) Penyusunan

rencana,

program

dan

anggaran,

serta

evaluasi

dan

penyusunan laporan di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan lingkungannya; (2) Penyusunan dan penerapan metode di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan lingkungannya; (3) Pengujian dan analisis data di bidang pemeriksaan hama, penyakit ikan, dan lingkungannya; (4) Pelaksanaan pelayanan teknis di bidang kesehatan ikan, dan lingkungannya; (5) Pelaksanaan

monitoring

dan

pengawasan

(surveillance)

mengenai

penyebaran penyakit ikan, zonasi dan eradikasi hama dan penyakit ikan; (6) Pengolahan data, pengelolaan system informasi, dan diseminasi informasi mengenai hama, penyakit ikan, dan lingkungannya;

20 (7) Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga LP2IL-Serang. 4.3 Visi dan Misi LP2IL Serang, Banten Dalam rangka mendukung terwujudnya pembangunan perikanan dan kelautan yang lebih terarah, terukur, konsisten dan akuntabel di bidang penyakit ikan dan lingkungannya, diperlukan visi dan misi yang dapat menggambarkan harapan dan kenyataan yang akan diperoleh melalui kebijakan dan program, serta kegiatan yang dilakukan. Dalam RPJMN III LP2IL Serang menetapkan visinya sebagai berikut: “Terdepan dalam Pengelolaan Kesehatan Ikan dan Lingkungan”. Perwujudan visi yang telah ditetapkan diformulasikan dalam bentuk penetapan misi. Misi LP2IL pada periode tahun 2015-2019 adalah sebagai berikut: a. Meningkatkan kualitas tata kelola organisasi menuju tata kelola pemerintah yang bersih, transparan dan akuntabel; b. Melakukan pelayanan yang professional dan berorientasi pada kepuasan pelangganan; c. Mewujudkan LP2IL Serang sebagai rujukan nasional di bidang pengelolaan kesehatan ikan dan lingkungan; d. Meningkatkan peran LP2IL Serang dalam pengendalian mutu, khasiat dan keamanan obat ikan. Selanjutnya sebagai tata nilai bagi setiap pegawai LP2IL Serang, telah ditetapkan sebuah motto dalam aktivitas sehari-hari, yaitu: “Profesional, Cepat, Tepat dan Akurat” (Pro CETA).

21 4.4 Sarana dan Prasarana 4.4.1 Sarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang memiliki layanan diagnosa yang meliputi pemeriksaan dan pengujian ALT bakteri, identifikasi bakteri dan jamur dengan metode konvensional, serologis dan automatic identification system. Sarana yang dimiliki laboratorium Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten terdiri dari ruang sterilisasi, ruang pembuatan media, ruang inkubasi dan ruang pengujian. Fungsi dari ruangan tersebut antara lain: a. Ruang Sterilisasi: fungsi dari ruang sterilisasi adalah untuk melakukan serangkaian proses sterilisasi baik bagi alat maupun bahan yang akan digunakan dalam pengujian sampel. b. Ruang Pembuatan Media: fungsi dari ruang pembuatan media adalah untuk melakukan kegiatan dalam pembuatan media, mulai dari preparasi alat dan bahan hingga penyimpanan media di lemari penyimpanan. c. Ruang Inkubasi: fungsi dari ruang inkubasi adalah ruang yang berisi inkubator yang digunakan untuk menyimpan isolat pada suhu ruang. d. Ruang pengujian : fungsi dari ruang identifikasi adalah ruang yang digunakan dalam serangkaian kegiatan identifikasi mulai dari subkultur dan pemurniaan hingga pembacaan hasil identifikasi. 4.4.2 Prasarana Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, Banten Laboratorium

Mikrobiologi

Loka

Pemeriksaan

Penyakit

Ikan

dan

Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten memiliki prasarana yang mendukung tugas pelaksanaan kegiatan identifikasi bakteri yang mempengaruhi hasil diagnosa sampel bakteri yang diujikan. Prasarana yang ada di laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten

22 meliputi alat komunikasi, komputer, vitek 2 compact, printer, penyejuk ruangan, dan lampu UV dengan fungsinya sebagai berikut: a. Alat komunikasi: merupakan prasarana penunjang yang penting karena akan menghubungkan satu sama lain dengan lebih cepat. Alat komunikasi yang ada di laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten berupa telephone sebanyak satu buah. b. Komputer: fungsi sebagai peyimpan data dan pengelola data serta penyarian informasi yang berkaitan dengan identikfikasi bakteri. c. Vitek 2 Compact : sebagai alat untuk pendugaan/identifikasi bakteri secera automatis (Automatic Identification System) d. Printer: berfungsi sebagai alat pencetak dokumen-dokumen yang dibutuhkan dalam proses identifikasi. e. Penyejuk ruangan (AC): fungsi dari peyejuk ruagan adalah untuk meyesuaikan suhu optimal sesuai kebutuhan laboratorium, jumlah alat penyejuk ruangan sebanyak 4 buah. f.

Lampu UV: berfungsi dalam kegiatan mensterilisasikan seluruh ruangan yang ada di laboratorium Mikrobiologi, kegiatan sterilisasi ruangan dilakukan setiap hari selama kurang lebih 15-20 menit dimulai dari pukul 07.30 WIB.

4.5 Kegiatan Identifikasi Bakteri 4.5.1 Mekanisme Pengelolaan Sampel Prosedur mekanisme pengelolaan sampel di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan

dan

Lingkungan

(LP2IL)

Serang,

Banten,

dimulai

dari

customer

menyerahkan sampel dan wajib mengisi formulir permohonan pemeriksaan sampel (FPPS) yang diberikan oleh penata usaha lab (PUL), Kemudian penata usaha lab (PUL) menerima sampel dan melakukan verifikasi permintaan

23 customer. Dilakukan penggantian identitas sampel dengan No/Kode Lab (Gambar 3) pada sampel sesuai dengan urutan buku induk. Keterangan :

I / 91/ VIII / 16

: Jenis sampel yang masuk (I : Ikan, U : Udang, A : air, L : Lain-lain) : Kode Sampel v: Bulan sampel masuk

: Tahun sampel masuk Gambar 3. Contoh Pemberian Kode Sampel Selanjutnya manajer teknik (MT) akan membuat formulir STP (Surat Tugas Pengujian) dan memarafnya. Surat tugas pengujian (STP) beserta sampel diserahkan kepada penyelia lab dan penyelia akan melekukan verifikasi kesusaian sampel dengan STP. Kemudian sampel yang telah disetujui diserahkan pada analisis laboratorium beserta STP. Analis akan melakukan pengujian dan mengisi work sheet analis dan mengisi laporan hasil uji sementara (LHUS) dan ditandatangani/diparaf. Kemudian LHUS diserahkan kepada penyelia untuk diverifikasi dan ditandatangani. LHUS yang telah disahkan diberikan kepada penata usaha lab (PUL) untuk diubah menjadi laporan hasil uji (LHU). LHU beserta LHUS diserahkan ke manajer teknik (MT) untuk diverifikasi dan diberikan ke penata usaha lab (PUL) untuk diserahkan ke customer serta mengarsipkan LHU dan LHUS. Prosedur makanisme dapat disimpulkan dalam Lampiran 3. Contoh Formulir Permohonan Pemeriksaan Sampel (FPPS), Surat Tugas Pengujian (STP), work sheet, Laporan Hasil Uji Sementara (LHUS) dan Laporan Hasil Uji (LHU) dapat dilihat pada Lampiran 4 sampai Lampiran 8.

24 4.5.2 Sterilisasi Alat dan Bahan Alat dan bahan yang digunakan untuk pengujian dalam Laboratorium Mikrobiologi harus dalam keadaan yang steril, dimana steril merupakan suatu keadaan alat dan bahan yang terbebas dari pencemar dan agen pencemar, sehingga diperlukan tahap sterilisasi sebagai tahap awal. Menurut Achmad et al. (2011), sterilisasi adalah suatu cara untuk membebaskan suatu benda dari jasad hidup, baik terkait dengan wadah atau alat yaang digunakan, media bagi jasad mikro, spesimen (benda yang menjadi sumber diperolehnya jasad mikro yang dikehendaki), maupun lingkungan/ruang kerja. Pada kegiatan Praktek Kerja Magang (PKM) yang dilakukan pada Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, tahapan awal yang dilakukan dalam mengawali semua proses di Lab. Mikrobiologi adalah sterilisasi. Kegiatan sterilisasi alat dan bahan yang dilakukan dibagi menjadi dua tahap yaitu: sterilisasi pra kegiatan dan sterilisasi pasca kegiatan. a.

Sterilisasi pra kegiatan yaitu mensterilkan alat maupun bahan dengan beberapa proses, meliputi : - Perebusan menggunakan uap bertekanan tinggi (autoklaf) dengan suhu 121oC selama 15 menit. - Pengeringan menggunakan oven dengan suhu 60 oC selama 24 jam. - Setelah 24 jam alat di ambil dan disimpan pada rak-rak alat steril dan alat siap untuk digunakan.

b. Sterilisasi pasca kegiatan yaitu sterilisasi yang dilakukan pada pada peralatan yang telah digunakan, meliputi beberapa proses sebagai berikut : -

Pemisahan alat-alat dari bahan yang telah digunakan, misalnya cawan petri yang berisi agar (media) maupun bakteri dibersihkan dengan semacam pinset dan dimasukkan kedalam plastik tahan panas.

25 -

Alat yang telah dipisahkan dari media maupun bakteri dimasukkan dalam panci, serta untuk sisa media maupun bakteri dimasukkan dalam plastik tahan panas rangkap tiga dan dimasukkan dalam panci beserta pinset dan sarung tangan yang digunakan kemudian diberi desinfektan.

-

Pemberian desinfektan secukupnya yang memiliki sifat anti bakteri.

-

Penambahan air diberikan hingga mencapai sekitar 3cm dari batas atas panci.

-

Ditutup dan dimasukkan kedalam alat destruksi, selama 2 jam.

-

Kemudian setelah selesai, alat dimasukkan dalam dish driyer selama 1 jam.

-

Setelah kering, proses selanjutnya adalah pembungkusan dengan kertas (untuk gelas tabung dan cawan petri), khusus untuk gelas tabung dilakukan penutupan dengan menggunakan kapas. Setelah semua terbungkus rapih, lalu dimasukan kedalam plastik anti panas dan berlanjut ke tahap sterilisasi pra kegiatan begitu pula selanjutanya.

4.5.3 Preparasi Alat dan Bahan Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, preparasi alat dan bahan bertujuan untuk mempermudah dalam melakukan identfikasi bakteri. Kegiatan preparasi alat pada Laboratorium Mikrobiologi, LP2IL Serang ini berupa pemberian nomor atau label pada alat yang akan digunakan (Gambar 4). Tujuan dari pemberian nomor atau label ini agar tidak terjadi kesalahan atau kekeliruan pada kegiatan identifikasi bakteri. Menurut Hardi et al. (2011) pemberian tanda pada setiap tabung reaksi dilakukan untuk memudahkan pekerjaan.

26

Gambar 4. Pemberian tanda pada tabung reaksi Rincian dari alat dan bahan yang digunakan dalam proses identifikasi bakteri secara automatis menggunakan Vitek 2 Compact di LP2IL Serang, Banten dapat dilihat pada Lampiran 9 dan 10. sedangkan intruksi pengoprasian alat dalam identifikasi bakteri secara automatis dengan vitek 2 compact dapat dilihat pada Lampiran 11. 4.5.4 Pembuatan Media Kultur Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, pembuatan media kultur berguna untuk menumbuhkan bakteri pada suatu media tertentu. Pembuatan media ini dilakukan dalam kondisi yang steril sehingga menimalisir kontaminasi pada media.

Menurut

Sutarma

(2000),

media

adalah

suatu

subtansi

yang

komposisinya terdiri dari nutrisi tertentu yang diperlukan untuk menumbuhkan dan mempelajari sifat-sifat bakteri. Tahapan dalam pembuatan media kultur yaitu : 1. Mempersiapkan botol scoot (wadah untuk media) 2. Media ditimbang sesuai dengan kebutuhan 3. Dihomogenkan menggunakan aquades sesuai dengan ukuran 4. Media disterilisasi dengan autoklaf 121oc selama 15 menit.

27 5. Setelah selesai, media di dinginkan dengan dimasukkan kedalam water bath agar tidak memadat. Jika memadat dapat dicairkan menggunakan microwave selama 15 menit. 6. Media dituangkan pada tabung reaksi atau cawan petri. 7. Ditunggu 24 jam untuk mengetahui kontaminasi pada media 8. Diberi label dan dibungkus 9. Di inkubasi dalam showcase dengan suhu -100C. Pada identifikasi bakteri dengan vitek 2 compact, media yang dibutuhkan yaitu TSA (Tryptic Soy Agar) sebagai media tumbuh dan media untuk pemurnian dan subkultur, media darah (Blood Agar) sebagai media pengkaya dan media yang digunakan saat isolasi bakteri dan NB+Glyserol untuk media awetan bakteri serta MR-VP (Methyl Red–Voges Prokaeur) yang dibutuhkan dalam suplemental test (Tes untuk pemisahan). Untuk komposisi media dapat dilihat pada Lampiran 13 dan perhitungan perbandingan media dan aquades dapat dilihat pada Tabel 1. Tabel 1. Perhitungan Media dengan Perbandingan Aquades JUMLAH MEDIA NO MEDIA (Gram) AQUADES 1

Triptic Soy Agar (TSA)

16

384 ml

2

Blood Agar

8

92 ml

3

NB+ gly

20,8

79,2 ml

4

MR-VP

1,7

48,3 ml

4.5.5 Persiapan Sampel Pada Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, sampel dapat berupa isolat maupun organisme. Persiapan sampel dikakukan ketika terdapat sampel masuk dan parameter yang di ujikan sesuai dengan

28 keinginan customer. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratorium Mikrobiologi, LP2IL Serang, didapatkan sampel berupa organisme (ikan), udang, isolat dan air. Akan tetapi yang dipergunakan dalam Praktek Kerja Magang (PKM) untuk identifikasi bakteri berupa ikan. Pada sampel yang masuk berupa organisme dapat dilakukan tahap-tahap persiapan sampel dimulai dari penanganan sampel hingga subkultur bakteri. a. Penangan Sampel Dalam penangan sampel akurasi hasil pengujian sangat ditentukan oleh cara pengambilan dan penanganan sampel yang benar. Sehingga harus dikerjakan dengan teliti dan sesuai prosedur yang digunakan. Sampel yang digunakan berasal dari ikan yang sakit, ikan yang masih hidup, ikan yang sekarat atau ikan yang mati segar (sekurang-kurangnya dalam waktu 2 jam). Tahap penanganan sampel dilakukan dengan cara: 1

Sampel yang datang, di lihat gejala klinisnya. Gejala klinis merupakan tandatanda yang terdapat pada morfologis seperti terdapat perubahan fisik seperti adanya lesi. Bila terdapat lesi dilakukan pembedahan/penyayatan disekitar lesi untuk di isolasi dan didapatkan koloni murni.

2

Bila sampel yang datang tidak menunjukan gejala klinis, dilakukan pembedahan / bedah bangkai pada ikan dan dilakukan pengamatan abnormalitas pada organ, selanjutnya dilakukan isolasi pada organ target yaitu pada ginjal, hati dan limfa yang dikerjakan secara aseptis. Gejala klinis pada ikan yang sakit biasanya ditandai dengan adanya

pendarahan, luka pada tubuh, sirip yang gripis dan berenang abnormal. Menurut Hardi et al. (2014), gejala klinis ikan nila yang terinfeksi sama dengan gejala pada ikan lele yang diinjeksi dengan A. hydrophila yaitu adanya pendarahan

29 pada organ yang terinfeksi, sisik lepas, sirip gripis dan Luka/borok di tempat infeksi. b. Isolasi Bakteri Isolasi bakteri dapat dilakukan terhadap organ target. Organ target yang dimaksud adalah lesi tubuh, darah, cairan abnormal atau organ dalam (hati, limfa dan ginjal) dimana dilakukan dalam kondisi aseptis. Isolasi bakteri berujuan untuk menumbuhkan bakteri patogen dengan di isolasi pada umum TSA (Tryptic Soy Agar) atau media lain yang sejenis. Menurut Kismiyati, et al. (2009), isolasi bakteri bertujuan untuk mendapatkan bakteri yang menyerang pada sampel yang diduga terinfeksi bakteri. Sumber isolasi pada ikan adalah semua bagian tubuh yang mengalami kelainan patologi yang diduga disebabkan oleh penyakit bakterial dari bagian tubuh eksternal maupun internal. Isolasi bakteri ini dilakukan dengan menggunakan media agar yang bersifat umum, yaitu media Triptic Soy Agar (TSA) atau Nutrient Agar (NA). Tingkat keberhasilan isolasi akan lebih baik apabila menggunakan media yang diperkaya, antara lain media agar darah, media serum atau media agar coklat. Kelebihan penggunaan isolasi menggunakan media agar darah selain sebagai media diperkaya, sekaligus dapat digunakan sebagai media untuk diferensiasi berdasar sifat hemolisanya. Dimana pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratorium Mikrobiologi LP2IL Serang, isolasi bakteri dilakukan dengan media diperkaya yaitu media darah untuk menumbuhkan bakteri dapat dilihat pada Gambar 5. Tahap isolasi bakteri antara lain sebagai berikut. 1.

Isolasi bakteri pada permukaan luar tubuh

 Dilakukan pemeriksaan terhadap lesi pada permukaan tubuh  Seluruh permukaan tubuh didesinfeksi dengan iodine 2%

30  Apabila

ditemukan

lesi,

pada

bagian

tersebut

disterilkan

dengan

menempelkan spatula panas pada bagian permukaan lesi.  Dilakukan penyayatan tepat pada bagian bawah lesi, kemudian penampang sayatan bagian dalam di usapkan pada media.  Bagian media agar yang telah diusap dengan organ tubuh dilakukan penggoresan kuadran sedemikian rupa sehingga mendapatkan koloni tunggal. 2.

Isolasi terhadap organ dalam tubuh Isolasi pada bagian organ dalam tubuh dilakukan apabila ikan

menunjukan gejala infeksi yang sistemik atau apabila terdapat lesi (luka) pada organ tersebut.  Dilakukan nekropsi dan dilanjutkan pengamatan terhadap organ target  Apabila terdapat lesi pada organ dalam, organ diambil dengan pinset. Sedangkan apabila tidak ditemukan lesi, isolasi dilakukan terhadap ginjal. Selanjutnya pada permukaan organ didesinfeksi dengan iodine 2% dilanjutkan dengan sterilisasi bagian permukaan organ dengan cara menempelkan spatula panas. Tepat dibawah permukaan organ yang disterilisasi, organ di sayat dan kemudian pada bagian penampang sayatnya diusapkan pada media umum. Isolasi dilakukan dengan ose steril dengan menjaga prinsip-prinsip kerja steril.  Pada bagian media yang telah diusap dengan jaringan dilakukan penggoresan secara kuadran pada media dengan tujuan mendapatkan biakan bakteri dengan koloni tunggal.  Media diinkubasi selama 24 jam pada suhu 250C sampai dengan 300C. Setelah itu dilakukan pengamatan karakteristik koloni bakteri secara makrokopis diantaranya: bentuk, elevasi, dan tepian.

31

. Gambar 5. Isolasi bakteri pada media darah 4.5.6

Pemurnian Isolat Bakteri Pemurnian bakteri bertujuan untuk memperoleh dominasi bakteri yang

telah tumbuh dan untuk mendapatkan koloni tunggal. Menurut Huda et al. (2012), pemurnian isolat bakteri bertujuan untuk memisahkan hasil inokulasi yang terdiri dari banyak koloni yang berlainan jenis sehingga didapat koloni murni pada setiap cawan petri. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, tahapan yang dilakukan untuk pemurnian bakteri yaitu menyiapkan isolat yang telah tumbuh. Koloni bakteri yang diambil untuk dimurnikan adalah koloni yang dominan. kemudian disiapkan media berupa TSA (Tryptic Soy Agar) dan Jarum ose. Proses pengerjaan dilakukan pada BSC (Biosafety Cabinet) dengan prinsip aseptis. Kemudian dilakukan pemurnian dengan memanaskan jarum ose bulat diatas bunsen dan dipilih koloni tunggal yang akan diinokulasi pada media baru lalu dilakukan strike 4 kuadran untuk mendapatkan koloni tunggal dan dominasi bakteri (Gambar 6). Setelah dilakukan strike pada semua isolat disimpan pada inkubasi dengan suhu 30oC. Apabila ditemukan beberapa koloni bakteri yang berbeda bentuk dilakukan

32 proses pemurnian, Pemurnian dilakukan dengan mengulang kembali metode gores kuadran sampai didapatkan koloni tunggal dan murni.

Gambar 6. Pemurnian Bakteri pada media TSA 4.5.7 Pengawetan dan Subkultur Isolat Bakteri Pengawetan bakteri dilakukan untuk memperpanjang daya simpan isolat dengan dimasukkan pada freeze dan subkultur / peremajaan

bakteri adalah

proses untuk memperoleh koloni bakteri baru yang telah dimurnikan sebelumnya, selain itu juga dapat digunakan untuk mendapatkan isolat berumur 24-48 jam agar meminimalisir error pada saat karakterisasi. Subkultur juga berguna untuk membuat kultur stock dan kultur kerja. Menurut Wijayati et al. (2014) berpendapat bahwa subkultur bertujuan agar bakteri memulai metabolisme kembali setelah penyiapan. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, subkultur dilakukan dengan menginokulasi kembali menggunakan jarum ose bulat yang telah dipanaskan diatas bunsen dan dilakukan strike pada media baru baik TSA miring maupun TSA plate kemudian di inkubasi dapat dilihat pada Gambar 7. Menurut Anggraini et al. (2013), Peremajaan bakteri dilakukan dengan memindahkan satu sampai empat ose mikroba dari masing masing stok murni kedalam medium nutrien agar baru

33 didalam tabung reaksi dalam bentuk miring. Digoreskan pada medium nutrien agar, kemudian diinkubasi pada suhu 35–37oC selama 24 jam.

Gambar 7. Subkultur bakteri pada TSA miring Sedangkan, untuk pengawetan bakteri dilakukan dengan menginokulasi pada media NB + Glyserol dan disimpan dalam deep freeze (Gambar 8). Menurut Sugiawan (2000), pengawetan mikroba salah satunya dengan cara pengering-bekuan (freeze drying). Teknik ini merupakan salah satu cara pengawetan mikroba melalui proses sublimasi. Suspensi mikroba (bakteri, khamir, atau kapang) dalam medium cair yang berfungsi pula sebagai medium pelindung (cryoprotective medium) diisikan sebanyak 0,2 ml ke dalam ampulampul stern yang sudah diberi kertas label di dalamnya, lalu dibekukan hingga mencapai suhu -45 °C,

Gambar 8. Pengawetan bakteri

34 4.6 Pengujian Isolat Bakteri dengan Vitek 2 Compact 4.6.1

Alat dan Bahan Pada proses identifikasi bakteri secara AIS (Automatic Identification

System) menggunakan Vitek 2 Compact diperlukan alat dan bahan untuk menunjang proses identifikasi. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, adapun alat yang digunakan, antara lain : dispensette, mikropipet, densichek, vitek 2 cassete, vitek 2 compact, obyek glass. Sedangkan bahan yang digunakan meliputi : tabung disposable, vitek card identification, larutan fisiologis, blue tip, tisue, media kultur, isolat bakteri, KOH 3%. 4.6.2 Persiapan Isolat Persiapan isolat digunakan untuk memilih isolat yang akan di uji dengan Vitek 2 compact. isolat yang digunakan dalam identifikasi secara automatis memiliki umur kultur yang berbeda-beda sesuai dengan card idetification (Lampiran 12) dan yang telah murni. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan Serang, umur kultur isolat yang dipergunakan adalah 18-24 jam dikarenakan bakteri tergolong jenis bakteri gram negatif sehingga menggunakan GN card. 4.6.3 Pengamatan Morfologi Bakteri Pengamatan morfologi bakteri yang dilakukan di laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten meliputi pengamatan karakteristik koloni bakteri secara makrokopis dan mikrokopis. Pengamatan secara makrokopis meliputi pengamatan warna, bentuk, elevasi, opacity dan pinggiran. Sedangkan dalam pengamatan secara mikrokopis dilakukan pewarnaan sederhana untuk mengetahui morfologi sel.

35 a. Morfologi Koloni Bakteri Pengamatan koloni bakteri dilakukan di laboratorium Mikrobiologi Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten memiliki tujuan untuk mengetahui karakteristik koloni bakteri secara makrokopis meliputi warna, bentuk, margin, elevasi, opacity dan ukuran. Menurut Kismiyati et al. (2009), pengamatan morfologi koloni bakteri dilakukan setelah mendapatkan biakan murni. Pengamatan ini meliputi warna, bentuk, tepian koloni, elevasi atau permukaan koloni dan struktur dalam koloni. Keterangan karakteristik ( dapat dilihat pada Gambar 9). setiap koloni bakteri yang ada pada isolat murni memiliki karakteristik yang berbeda-beda.

Gambar 9. Karakteristik Koloni Bakteri (Cappuccino dan Natalie 2005) b. Morfologi Sel Bakteri Pengamatan koloni bakteri secara mikrokopis untuk mengetahui bentuk sel dari koloni bakteri. Dilakukan dengan cara pewarnaan sederhana dengan mengunakan safranin, giemsa, metilen blue atau pewarna lainnya. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di laboratorium Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, kegiataan

36 pewarnaan yang dilakukan untuk mengidentifikasi morfologi sel bakteri, menggunakan pewarna sederhana safranin. Dengan cara sebagai berikut: a. Teteskan larutan fisiologis steril / aquades ke obyek glass sebanyak satu tetes dengan menjaga prinsip-prinsip kerja aseptis. b. Kemudian koloni bakteri diambil dengan menggunakan ose steril dan diusapkan pada kaca benda yang berisi larutan fisologis. c. Dihomogenkan dan diratakan dengan mengunakan ose steril. d. Fiksasi di atas Bunsen hingga mengering. e. Dilakukan pemberian warna sederhana, dengan menggunakan pewarna safranin. Diteteskan pada seluruh permukaan dan diratakan. f.

Ditunggu selama 45 detik, dibilas dengan air mengalir dan dikering anginkan.

g. Setelah kering, diidentifikasi di bawah mikroskop dengan perbesaran 400x dengan pemberian minyak imersi. h. Didapatkan hasil (Gambar 10).

Gambar 10. Koloni Bakteri (Tanda Panah) secara Mikrokopis Prinsip dari pewarnaan sederhana yaitu dengan memberi zat pewara baik safranin, methylen blue, giemsa dll. Menurut Purwani et al. (2013), Obyek glass disterilkan dan difiksasi. Diambil 1 tetes aquades steril dan diteteskan pada obyek glass. Diambil 1-2 ose isolate mikrobia dan dicampurkan pada aquades di

37 obyek glass. Preparat dikeringkan dengan fiksasi, dengan melalukan pada lidah api Bunsen. Preparat yang sudah kering diberi metylen blue dan dibiarkan 3 menit, setelah itu dicuci dengan air mengalir dan dikeringkan. Preparat diamati dengan mikroskop dengan perbesaran 100 x 10. 4.6.4

Pengujian Gram Proses pengujian Uji Gram berfungsi untuk mengetahui bakteri tersebut

adalah bakteri gram positif atau bakteri gram negatif. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan Serang (LP2IL) Serang, pengujian gram dilakukan dengan uji KOH 3% pada biakan murni. Mekanisme pengujian gram yaitu dengan mencampurkan setetes 3% KOH dengan biakan padat bakteri umur 24 – 48 jam di atas objek glass dan diulang 2 kali untuk memastikan kebenarannya. Pengujian gram dilakukan dengan menggunakan mikropipet dan dilakukan didalam BSC (Biosafety Cabinet) dapat dilihat pada Gambar 11. Menurut Huda et al. (2012), apabila suspensi berubah menjadi berlendir, lengket dan terangkat seperti benang bersama jarum ose, berarti bakteri gram negatif (-). Apabila suspensi tetap encer, tidak terangkat dengan jarum ose, berarti bakteri Gram positif (+). Hasil uji gram dapat dilihat pada gambar

Gambar 11. Uji Gram dengan KOH 3%

38 4.6.5

Pemilihan Card Pada pengujian identifikasi bakteri secara automatis dengan vitek 2

compact terdapat berbagai jenis card yang digunakan. Card yang digunakan memiliki berbagai fungsi yang berbeda dan standar kekeruhan yang berbeda untuk mengidentifikasi organisme sesuai spesifikasi dari jenis card, standar kekeruhan menggunakan satuan McFarland yang dapat dilihat pada Lampiran 12 Oleh

karena

itu

diperlukan

pemilihan

card

agar

tidak

salah

dalam

penggunaannya. Prinsip dari card identification ini memiliki media uji biokimiawi yang telah di modifikasi sedemikian rupa sehingga dapat digunakan untuk identifikasi secara automatis. Adapun jenis card untuk pengujian sampel adalah sebagai berikut :  ANC (Anaerobic and Corynebacteria Identification Card) ANC merupakan card yang digunakan untuk mengidentifikasi automatis pada organisme anaerobic dan spesies Corynebacterium. Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan menginkubasi secara anaerob (dengan ditumbuhkan ke media umum dan ditambah parafin).  BCL (Bacillus identification Card) BCL merupakan card yang digunakan untuk identifikasi organisme yang bersifat aerobic endospore yaitu famili Bacillaceae. Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan dilakukan uji gram, bentuk sel, morfologi koloni pada media umum (TSA) serta pewarnaan spora.  CBC (Corynebacteria Identification Card) CBC merupakan card yang digunakan untuk identifikasi bakteri coryneform (genus Corynebacterium). Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan menginkubasi secara anaerob (dengan ditumbuhkan ke media umum dan ditambah parafin).

39  GN (Gram-Negative Identificatin Card) GN digunakan untuk identifikasi bakteri yang memiliki sifat gram negatif (memiliki dinding sel tipis). Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan uji gram.  GP (Gram-Possitve Identification Card) GP card digunakan untuk identifikasi bakteri secara automatis yang memiliki sifat gram positif. Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan uji gram.  NH (Neisseria-Haemophilus Identification Card) NH merupakan card yang digunakan untuk identifikasi bakteri dengan sistem automatis fastidious organisms (Bakteri yang susah tumbuh). Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan menumbuhkan ke dalam media spesifik.  YST (Yeast Identification Card) YST merupakan card yang digunakan untuk identifikasi jamur. Pengujian sebelum digunakan card ini yaitu dengan menumbuhkan ke media PDA (Potatoes Dextrose Agar) untuk identifikasi Jamur. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratoirum Mikrobiologi, Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten. Card identification yang digunakan dalam proses identifikasi adalah GN (GramNegative Identification Card) (Gambar 12), karena bakteri yang diuji tergolong dalam gram negatif.

Gambar 12. GN card identification

40 4.6.6

Mekanisme Pengujian dengan Vitek 2 Compact Pada pengujian dengan Vitek 2 Compact di Laboratorium Mikrobiologi,

Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, tahapan yang dilakukan sebagi berikut : 1. Gunakan isolate bakteri yang muda dan koloni murni. 2. Siapkan masing-masing 3 tabung untuk setiap isolate. 3. Tabung 1 dan 2 diisi dengan 3 ml larutan fisiologis dan tabung ke 3 dibiarkan kosong kemudian disusun pada cassete. Keterangan : Tabung 1 digunakan untuk pengujian, tabung 2 digunakan untuk menambahkan sahline, tabung 3 digunakan untuk pembuangan. 4. Ambil koloni bakteri, buat suspensi pada sahline dan dihomogenisasi. 5. Untuk kekeruhan inokulum dapat dilakukan menggunakan alat Densicheck dengan cara: -

Tabung inokulum yang akan diukur dibersihkan terlebih dahulu pada bagian luarnya dengan tisu.

-

Masukkan tabung ke lubang pengukuran pada densicheck, putar 360º selama 2 detik.

-

Angka hasil pengukuran akan muncul dalam satuan McFarland dapat dilihat pada Lampiran 12.

6. Jika kekeruhan kurang maka tambahkan koloni bakteri. 7. Jika kekeruhan berlebih, maka ambil sejumlah volume inokulum dan diencerkan dengan menambahkan sahline pada tabung 2 dan bila volume pada tabung berlebih dapat dibuang ke tabung 3. 8. Letakkan card Vitek 2, sesuai dengan urutan untuk identifikasi. 9. Masukkan card Vitek kedalam alat dan ditunggu sampai hasil keluar. Untuk instruksi penggunaan alat dapat dilihat pada Lampiran 10.

41 4.6.7

Pembacaan Hasil Pada pengujian sampel dengan vitek 2 compact, setelah sampel

dimasukkan dalam alat, sampel akan dianalisis secara automatis dengan well seperti uji biokimiawi yang telah dimodifikasi dan dimasukkan dalam card identification. Well pada GN Card dapat dilihat pada Lampiran 14. Hasil yang telah dianalisis berupa lembar print hasil identifikasi (dapat dilihat pada Lampiran 15, dimana memiliki keterangan sebagai berikut : -

Tipe card, number cassete, status, tanggal pengujian.

-

Organisme yang berhasil di identfikasi.

-

Prosentase kebenaran (Probability).

-

Analysis organism

dan Test to separate (Tes pemisahan untuk

menentukan spesies dengan uji tambahan Suplementas test). -

Biochemical details. Hasil yang diperoleh dalam identifikasi dengan Vitek 2 compact

dinyatakan dalam prosentase untuk kebenaran organisme yang berhasil di identifikasi. Untuk prosentase dalam hasil analisis dengan vitek 2 compact dapat dilihat pada Tabel 2. Tabel 2. Keterangan Hasil Identifikasi Confidence level

Choice

% Probability

Excellent

1

96 to 99

Very Good

1

93 to 95

Good

1

89 to 92

Acceptable

1

85 to 88

Low discrimination

2 to 3

Inconclusive

>3

n/a

Unidentified Organism

0

n/a

42 Pada vitek 2 compact, hasil yang diperoleh berasal dari kemiripan bakteri yang diuji dengan database pada alat. Dimana terdapat limit keberterimaan yaitu jika %probaility > 85% maka hasil tersebut masih dapat diterima. Jika , < 85% maka bakteri yang teridentifikasi masih meragukan dan harus diulang kembali dalam pemurnian. Seringkali dalam lembar hasil identifikasi muncul dua organisme yang teridentifikasi (Gambar 13). Dengan demikian harus dilakukan pemisahan (Test to Separate) yaitu dengan melakukan suplemental test untuk memisahkan bakteri yang teridentifikasi sehingga dapat diketahui spesies dari bakteri tersebut.

Gambar 13. Lembar hasil identifikasi Praktek Kerja Magang (PKM) di Laboratorium Mikrobiologi, Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten, didapatkan hasil seperti Gambar 13. Untuk itu perlu dilakukan pemisahan yaitu dengan suplemental test melalui uji VP (Voges Prokaeur). Uji VP (Voges Prokaeur) bertujuan untuk mendeteksi kemampuan bakteri dalam menghasilkan asetoin dan/atau diasetil pada media. Prosedur pengujian uji VP yaitu dilakukan inokulasi bakteri dan dihomogenkan pada media MR-VP dan dinkubasi selama 24 jam dengan suhu 30oC. Setelah 24jam, ditambahkan

43 reagen VP-1 dengan volume ½ dari volume suspensi bakteri yang digunakan, dan kemudian ditambahkan reagen VP-2 dengan volume ½ dari volume reagen VP-1 yang ditambahkan, kemudian dihomogenkan dan ditunggu hingga beberapa menit sampai terjadi reaksi. Untuk hasil uji VP (Voges Prokaeur), jika terjadi perubahan warna pada media menjadi warna merah dinyatakan positif (+) dan jika tidak terjadi perubahan warna pada media dinyatakan negatif (-) (Gambar 14).

Gambar 14. Hasil Uji- VP Ketika uji-VP selesai dilakukan untuk tes pemisahan maka dilihat kembali lembar hasil analisa (Gambar 13), jika mendapatkan hasil positif (+) maka bakteri tersebut termasuk dalam A.hydrophilla dan jika uji-VPnya mendapatkan hasil negatif (-) maka bakteri tersebut termasuk dalam A.caviae. Ketika VP (+) dapat dinyatakan bahwa bakteri tersebut dapat memproduksi asetoin dari fermentasi glukosa sehingga dapat merubah warna media menjadi merah dan ketika VP (-) berarti sebaliknya. 4.6.8

Bakteri yang Teridentifikasi Pada

identifikasi

bakteri

didapatkan

hasil

bahwa

bakteri

dapat

digolongkan menurut gramnya (lapisan peptidoglikan) yaitu gram negatif dan gram positif. Menurut Benson (2001), bakteri yang tergolong dalam gram positif berasal dari kelompok Bacillus, Clostridium, Sporolactobacillus, Mycobacterium,

44 Lactobacillus, Listeria,

Kurthia,

Corynebacterium,

Propionibacterium,

Arthrobacter, Sporosarcina, Micrococcus, Planococcus, Staphylococcus dan Streptococcus.

Sedangkan

Pseudomonas,

Aeromonas,

untuk

gram

Alcaligenes,

negatif

berasal

Halobacterium,

dari

kelompok

Flavobacterium,

Shigella, Klbesiella, Neisseria, Veillonella, Escherichia, Enterobacter, Citrobacter, Erwinia, Proteus, Providencia, Morganella, Salmonella. Pada Praktek Kerja Magang (PKM) di Loka Pemeriksaan Penyakit Ikan dan Lingkungan (LP2IL) Serang, Banten didapatkan hasil berdasar analisis dari Vitek 2 Compact, antara lain : a) Aeromonas hydrophila Bakteri A. hydrophila ditemukan pada organ target yaitu hati. Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 98% terdapat bakteri A. hydrophila dapat dilihat pada Gambar 15.

Gambar 15. Hasil identifikasi bakteri A.hydropila Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa bakteri A. hydrophila memiliki bentuk batang (Gambar 16). Bakteri A. hydrophila merupakan bakteri patogen dimana dapat menyerang ikan dan dapat menyebabkan kematian masal. Menurut Haryani et al. (2012), bakteri Aeromonas hydrophila adalah jenis bakteri yang bersifat pathogen dan dapat menyebabkan

45 penyakit sistemik serta mengakibatkan kematian secara masal. Penularan bakteri Aeromonas hydrophila sangat cepat melalui perantara air, kontak bagian tubuh ikan, atau peralatan budidaya yang tercemar/terkontaminasi bakteri. Bakteri ini bersifat patogen, menyebar secara cepat pada padat penebaran yang tinggi dan dapat mengakibatkan kematian benih sampai 100%.

Gambar 16. Bakteri A.hydrophila b) Aeromonas caviae Bakteri A. caviae ditemukan pada organ target yaitu terletak pada ginjal. . Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 98% terdapat bakteri A. caviae. Hasil dari vitek 2 compact dapat dilihat pada Gambar 17.

Gambar 17. Hasil identifikasi bakteri A.caviae

46 Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa bakteri A. caviae memiliki bentuk batang (Gambar 18). Bakteri A. caviae biasanya menyerang pada ikan air tawar yaitu pada lele, dimana bakteri tersebut dapat menimbulkan luka dan pendarahan bagian tubuh luar maupun oragn dalam. Menurut Kurniawan et al. (2014), gejala klinis ikan lele yang diinfeksi bakteri A. caviae menunjukkan adanya luka kemerahan pada tubuh, sungut, sirip dan ekor, serta geripis pada sirip punggung, sirip dada, dan sirip perut. Sedangkan menurut Kabata (1985) dalam Kurniawan et al. (2014), warna tubuh menjadi gelap, timbul pendarahan yang selanjutnya akan menjadi borok (hemorrhagic) diikuti oleh luka-luka borok dan borok pada kulit yang dapat meluas ke jaringan otot, hemoragi insang, rongga mulut, sirip, dan sisik. Kemampuan berenang menurun dan sering di atas permukaan air karena insangnya rusak sehingga sulit bernafas, terjadi pendarahan pada organ bagian dalam seperti hati, ginjal maupun limpa.

Gambar 18. Bakteri A. caviae c) Aeromonas veronii Bakteri A. veronii ditemukan pada organ target yaitu terletak pada darah koloni bening. Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi

47 dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 96% terdapat bakteri A. caviae. Hasil dari vitek 2 compact dapat dilihat pada Gambar 19.

Gambar 19. Hasil identifikasi bakteri A.veronii Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa bakteri A. veronii memiliki bentuk batang (Gambar 20). Menurut Roberts et al. (2006), Bakteri A. veronii merupakan salah satu spesies dari aeromonas yang tergolong dalam bakteri gram-negatif, heterofermentatif. A.veronii menginfeksi pada luka yang berakibat pendarahan, organ pencernaan, saluran empedu, septic arthritis atau septicemia. A.veronii merupakan bakteri yang langka.

Gambar 20. Bakteri A. Veronii

48

d. Aeromonas sobria Bakteri A. sobria ditemukan pada organ target yaitu terletak pada darah koloni putih kuning. Setelah dilakukan inokulasi pada media TSA dan di identfikasi dengan vitek 2 compact, menunjukan bahwa 96% terdapat bakteri A. sobria. Hasil dari vitek 2 compact dapat dilihat pada Gambar 21.

Gambar 21. Hasil identifikasi bakteri A.sobria Hasil dari pengamatan morfologi dengan pewarnaan menunjukkan bahwa bakteri A. veronii memiliki bentuk batang (Gambar 22). Menurut Austin (2012), A.sobria merupakan bakteri yang menyebabkan penyakit internal dan eksternal. Infeksi A.sobria ditandai dengan berenang tidak normal, terdapat haemorrhages (pendarahan) dan terdapat luka pada kulit. A.sobria merupakan spesies dari Aeromonas spp. yang menyerang ikan air tawar dan infeksinya juga terdapat pada hati, ginjal dan limfa.

Gambar 22. Bakteri A. sobria

49 5. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1

Kesimpulan Berdasarkan hasil Praktek Kerja Magang (PKM) mengenai identifikasi

bakteri Vibrio sp. pada sampel didapatkan kesimpulan sebagai berikut: •

Teknik yang digunakan untuk identifikasi bakteri yaitu menggunakan Automatic Identification System yaitu dengan alat Vitek 2 compact

•

Automatic Identification System (Vitek 2 compact) memiliki kelebihan yaitu identifikasi secara cepat dibandingkan dengan metode konvensional (uji biokimiawi).

•

Bakteri yang diperoleh dari serangkaian teknik identifikasi dengan metode Automatic Identification System pada sampel adalah A. hydrophila, A.sobria, A. caviae dan A. veronii

5.2

Saran Sebaiknya perlu dikembangkan lagi dengan menambah database dalam

pengujian dengan metode identifikasi secara automatis menggunakan vitek 2 compact sehingga banyak organisme yang dapat identifikasi.

50 DAFTAR PUSTAKA

Adam, S. 1992. Dasar-Dasar Mikrobiologi dan Parasitologi untuk Perawat. EGC. Jakarta. 115 hlm. Ahmad, Mugiono, T. Arlianti dan C.Azmi. 2011. Panduan Lengkap Jamur. Penebar Swadaya. Jakarta. 252 hlm. Afrianto, E., E. Liviawaty, Z. Jamaris, dan Hendi. 2015. Penyakit Ikan. Penebar Swadaya. Jakarta. 220 hlm. Amri, K dan Khairuman. 2008. Buku Pintar Budi Daya 15 Ikan Konsumsi. AgroMedia Pustaka. Jakarta. 358 hlm. Anggraini, D., N. Rahmawati dan S. Hafsah. 2013. Formulasi gel antijerawat dari ekstrak etil asetat gambir. Jurnal Penelitian Farmasi Indonesia. 1(2), : 6266. Austin, B. 2012. Bacterial Fish Pathogen. Springer science. New York. 143 p. Benson. 2001. Microbiological Applications Lab Manual, Eighth Edition. The McGraw−Hill Companies. 478 p. Cappucino, James G dan Natalie Sherman. 2005. Microbiology : A Laboratory Manual International Edition 7th ed. San Francisco : Pearson Education Inc., publishing as Benjamin Cummings. 528 p. Danim, S. 2003. Riset keperawatan: Sejarah dan Metodologi. EGC. Jakarta. 297 hlm. Djaelani, A.R. 2013. Teknik pengumpulan data dalam penelitian kualitatif. Majalah Ilmiah Pawiyatan. 20 (1) : 82-92. Hardi, E.H., Sukenda, E.Haris dan A.M.Lusiastuti. 2011. Toksisitas produk ekstrasellular (ECP) Streptococcus agalactiae pada Ikan Nila (Oreochromis niloticus). Jurnal Natur Indonesia. 13 (3): 187-199 ., C. A. Pebrianto, T. Hidayanti dan R.T. Handayani. 2014. Infeksi Aeromonas hydrophila melalui jalur yang berbeda pada ikan Nila (Oreochromis niloticus) di Loa Kulu Kutai Kartanegara Kalimantan Timur. Jurnal kedokteran hewan. 8 (2) : 130-133. Haryani, A., R. Grandiosa, I.D. Buwono dan A. Santika. 2012. Uji efektivitas daun pepaya (Carica papaya) untuk pengobatan infeksi bakteri Aeromonas hydrophila pada ikan Mas koki (Carassius auratus). Jurnal Perikanan dan Kelautan. 3 (3) : 213-220. Huda, C., Salni dan Melki. 2012. Penapisan aktivitas antibakteri dari bakteri yang berasosiasi dengan karang lunak Sarcophyton sp. Maspari journal. 4 (1) : 69-76.

51 Istijanto. 2005. Riset Sumber Daya Manusia. PT Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. 283 hlm. Kismiyati, S.Subekti, R. W. N. Yusuf dan R. Kusdarwati. 2009. Isolasi dan identifikasi bakteri gram negatif pada luka ikan Maskoki (Carassius auratus) akibat infestasi ektoparasit Argulus sp. Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan 1 (2) : 129-134. Kurniawan, A., Sarjito dan S.B. Prayitno. 2014. Pengaruh pemberian ekstrak daun binahong (Anredera cordifolia) pada pakan terhadap kelulushidupan dan profil darah Lele Dumbo (Clarias gariepinus) yang diinfeksi Aeromonas caviae. Journal of Aquaculture Management and Technology. 3 (3) : 76-85. Mahyuddin, K. 2010. Panduan Lengkap Agribisnis Patin. Penebar Swadaya. Jakarta. 212 hlm. Nadeak, A. 2009. Kawasan basis sektor perikanan dan kelautan. Jurnal Perencanaan & Pengembangan Wilayah. 4 (3) : 102-110. Pakpahan, H.T, R. W. E. Lumintang, dan D. Susanto. 2006. Hubungan Motivasi Kerja Dengan Perilaku Nelayan Pada Usaha Perikanan Tangkap. Jurnal Penyuluhan. 2 (1) : 26-34. Purwani, E., E. Retnaningtyas dan D. Widowati.2013. Pengembangan model pengawet alami dari ekstrak lengkuas (Languas galanga), kunyit (Curcuma domestica) dan jahe (Zingiber officinale) sebagai pengganti formalin pada daging segar. Seminar Nasional IX Pendidikan Biologi FKIP UNS : 629 – 634. Puspitasari, F.D., M. Shovitri dan N. D. Kuswytasari. 2012. Isolasi dan karakterisasi bakteri aerob proteolitik dari tangki septik. Jurnal Sains dan Seni ITS. 1 (1) : 1-4. Ratnawati, A., U. Purwaningsih dan Kurniasih. 2013. Histopatologis dugaan Edwardsiella tarda sebagai penyebab kematian ikan Maskoki (Crassius auratus): postulat koch. Jurnal Sain Veteriner. 31 (1) : 55-65. Roberts, M. T. M., D.A. Enoch, K. A. Harris dan J. A. Karas. 2006. Aeromonas veronii biovar sobria bacteraemia with septic arthritis confirmed by 16S rDNA PCR in an immunocompetent adult. Journal of Medical Microbiology. 55 :241–243. Said, A. 2007. Budidaya Ikan Kakap. JP Books. Jakarta. 60 hlm. Santosa, P.B dan M. Hamdani. 2007. Statistika Deskriptif dalam Bidang Ekonomi dan Niaga. Erlangga. Jakarta. 300 hlm. Saparinto, C. 2009. Budi Daya Ikan di Kolam Terpal. Penebar Swadaya. Jakarta. 100 hlm.

52 Saraswati, D.A dan Setiawardhana. 2011. Sistem pendeteksian bakteri dengan histogram citra biner. Jurnal matematika dan ilmu pengathuan alam. 14 (2) : 12-18. Sitanggang, M. 2008. Mengatasi Penyakit & Hama pada Ikan Hias. AgroMedia Pustaka. Jakarta. 53 hlm. Sugiawan, W. 2000. Teknik pengawetan bakteri, khamir dan kapang dengan metode pengering-bekuan (freeze drying). Temu teknis fungsional non peneliti : 29-39. Supriyadi, H. 2004. Membuat Ikan Hias Tampil Sehat & Prima. PT AgroMedia Pustaka. Jakarta. 70 hlm. Susanto, H. 2014. Budidaya 25 Ikan di Pekarangan. Penebar Swadaya. Jakarta. Susilowati, B.E dan B.E.Purnama. 2011. Analisis dan perancangan sistem informasi pasien Rumah Sakit Umum Nirmala Suri Sukoharjo. Journal Speed – Sentra Penelitian Enginering dan Edukasi. 3 (4) : 10-17. Sutarma. 2000. Kultur media bakteri temu teknis fungsional non peneliti. 52-57. Thomas, K. W. L., P.C.Tam, Z. K. Liu and A.F.B.Cheng. 2001. Evaluation of VITEK 2 Rapid identification and susceptibility testing system against gramnegative clinical isolates. Journal of clinical microbiology. 39 (8) : 29642966. Tranggono, I.R dan F. Latifah. 2007. Buku Pegangan Ilmu Pengetahauan Kosmetik. PT Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. 223 hlm. Wallet, F., C. Louiz, E. Renaux, N. Lemaitre and R.J. Courcol. 2005. Performances of VITEK 2 colorimetric cards for Identification of grampositive and gram-negative bacteria. Journal of clinical microbiology. 43 (9) : 4402-4406. Wibisono, D. 2003. Riset Bisnis Panduan bagi Praktisi dan Akademisi. PT. Gramedia Pustaka. Jakarta. 310 hlm. Wijayati, N., C. Astutiningsih dan S. Mulyati. 2014. Transformasi α-Pinena dengan bakteri Pseudomonas aeruginosa ATCC 25923. Journal of Biology & Biology Education. 6 (1) : 24-28. Yusuf, R. W. N. 2009. Isolasi dan Identifikasi bakteri gram negatif pada luka ikan Maskoki (Carassius Auratus) akibat infestasi ektoparasit Argulus Sp. (Skripsi). Universitas Airlangga: Surabaya. (tidak dipublikasikan). 81 hlm.

53 LAMPIRAN

Lampiran 1. Peta Lokasi LP2IL Serang, Banten

54 Lampiran 2. Data Pegawai LP2IL Serang, Banten

No.

Nama

Jabatan

1

Yayan Sofyan, A.Pi, M.P

Kepala Loka

2

drh. Muhammad Aziz Hakim

Ka. Ur. Tata Usaha

3

Cahyadi, A.Pi

Kepala SubSeksi Pelayanan Operasional

4

Suherman, S.Si

Kepala SubSeksi Metode Pemeriksaan

5

Bambang Widyo Prastowo, S.Pi, M.Si

Perekayasa Muda

6

Manja Meyky Bond, S.Pi, M.Si

Perekayasa Muda

7

Wiwin Wiyani, A.Pi

PHPI Pertama

8

Betutu Senggagau, S.Pi, M.Si

Perekayasa Muda

9

drh. Joko Suwiryono

Pranata Laboratorium

10

Nefa Yulia, S.T

PHPI Pertama

11

Indriasih, S.Si

PHPI Pertama

12

Swastika Dita Soraya, S.Pi

Pranata Laboratorium

13

Tanjung Penataseputro, S.KH

Perekayasa Pertama

14

Ellis Mursitorini, S.Pi

PHPI Pertama

15

Dwi Rahwanto, S.Pi

PHPI Pertama

16

Niezha Eka Putri, S.Si

PHPI Pertama

17

Suzana Meidwi Ratriningrum, S.T

Pranata Laboratorium

18

Yan Evan, S.Pi

PHPI Pertama

19

Didik Santoso, S.Pi

PHPI Pertama

20

Dinarti, S.Si

PHPI Pertama

55 Lampiran 2 (lanjutan)

No.

Nama

Jabatan

21

Rd. Kusyadi, S.St.Pi

Pranata Laboratorium

22

Ronny Irawan Wibisana, S.T

Pranata Komputer

23

Isnawati, A.Md.Pi

Pengadm. Keuangan

24

Nur Alim A

Analis Kepegawaian

25

Reynaldo

Pengelola Laboratorium

26

Iman Suseno, A.Md

Bendahara Pengeluaran

27

Sukmawati, A.Md

Arsiparis Pelaksana

28

Nana Heryana

Pengelola Laboratorium

29

Subhan

Teknisi Litkayasa Pertama

30

Robani

Pengelola Laboratorium

31

Taufik

Penata Usaha RTP

32

Muktari

Pengelola Laboratorium

33

Jamingun

Pengelola Laboratorium

34

Sodirin

Teknisi Jaringan instalasi

35

Faturrohman

Pengelola Laboratorium

36

drh. Ratna Amalia Kurniasih

PHPI Ahli Pratama

37

Ezra Yuni Tyastutiningsih, S. Farm

Pengelola Laboratorium

38

Agus Firmansyah, S.E

Penyiap Bahan

39

Silvian Rusminar, A.md

Pengelola Laboratorium

40

Sofian Ansori, S.Si

PHPI Ahli Pratama

41

Indra Pratama, A.Md

Teknisi Peralatan dan Instalasi

56 Lampiran 3. Skema Mekanisme Pengelolaan Sampel

57 Lampiran 4. Formulir Permintaan Pengujian Sampel (FPPS)

58 Lampiran 5. Surat Tugas Pengujian (STP)

59 Lampiran 6. Work sheet

60 Lampiran 7. Lembar Hasil Uji Sementara (LHUS)

61 Lampiran 8. Lembar Hasil Uji (LHU)

62 Lampiran 9. Alat yang digunakan dalam identifikasi bakteri

Bunsen

Obyek glass

Nampan

Sectio set

Sprayer

Cawan Petri

Timbangan digital

Autoklaf

BSC

Beaker glass

Mikropipet

Waterbath

63 Lampiran 9 (Lanjutan)

Laminary Air Flow

Gelas Ukur

Hot Plate

Show case

Tabung reaksi

Jarum Ose

Inkubator

Mikroskop

Desikator

64 Lampiran 9 (Lanjutan)

Pipet tetes

Oven

Vitek 2 compact

Cassete

Densycheck

Dispensette

Card identification

Botol scoot

Kulkas

65 Lampiran 10. Bahan yang digunakan dalam identifikasi bakteri

Ikan sampel

Spuit

Iodine

Blood agar

TSA

Aquadest

Tisu

KOH 3%

Larutan Pewarna

Tisu lensa

Reagen VP

Minyak emersi

66 Lampiran 11. Instruksi Pengoprasian Kerja Alat a. Prosedur Pengoprasian Analitical Balance 

Hubungkan kabel POWER ke stop contact.



Untuk mengaktifkan, tekan tombol POWER pada posisi ON.



Diamkan sebentar sampai display angka pada monitor menunjukan angka nol.



Timbang wadah / alas yang akan digunakan (catat beratnya).



Masukan bahan yang akan ditimbang sesuai dengan kebutuhan dengan cara menambahkan berat wadah dengan berat bahan.



Atau tekan tombol ZERO setelah menimbang wadah / alas yang akan digunakan (untuk mengembalikan pada angka nol), kemudian masukkan bahan yang akan ditimbang sesuai dengan yang diinginkan.



Setelah selesai penggunaan, tekan kembali tombol pada posisi OFF dan lepaskan kabel.

b. Prosedur Pengoprasian Waterbath 

Hubungkan kabel power ke sumber listrik.



Cek / isi akuades sampai pada batas yang tertera di dalam mesin.



Tekan tombol ON/OFF



Atur suhu, dengan cara menekan tombol kecil / select dan memutar tombol besar hingga angka yang diinginkan.



Tunggu hingga beberapa menit sampai suhu yang diinginkan.



Masukkan botol yang berisi sampel dalam posisi separuh mengapung.



Tutup kembali mesin.



Setelah selesai ambil sampel.

67 Lampiran 11 (lanjutan) 

Matikan dengan menekan tombol OFF.



Cabut kabel power dengan hati-hati.

c. Prosedur Pengoprasian Hot plate 

Hubungkan kabel power supply ke sumber listrik.



Tekan tombol ON pada sisi kiri untuk menyalakan alat.



Masukan magnetic stirrer bar ke dalam Erlenmeyer/botol berisi yang akan dipanaskan dan letakkan tepat ditengah plate.



Atur suhu dengan memutar knop suhu kecepatan (RPM).



Setelah selesai, putar kembali knop kecepatan dan suhu ke posisi minimal.



Tekan tombol OFF pada sisi kiri untuk mematikan alat



Cabut kabel power dengan hati-hati.

d. Prosedur Pengoprasian Autoklaf 

Hubungkan kabel power supply sumber listrik.



Tekan tombol ON pada bagian sisi kanan untuk meyalakan alat.



Buka bagian depan autoklaf, isi botol exhaust dengan air sampai batas Iow Level Water.



Buka penutup autoklaf dengan cara memutar tuas pada bagian atas berlawanan arah jarum jam.



Angkat keranjang bagian dalam, kemudian isi autoklaf dengan aquades sampai sensor terendam.



Masukkan peralatan dan bahan yang akan distrilisasi ke dalam keranjang dan letakkan keranjang di dalam autoklaf. Tutup kembali penutup autoklaf, dan kunci penutup dengan cara memutar tuas searah jarum jam.

68 Lampiran 11 (lanjutan) 

Tekan tombol MODE pada panel untuk memilih mode autoklaf (mode sterilisasi, sterilisasi-penghangat atau pemanas).



Atur suhu autoklaf dengan menekan tombol tanda panah atas atau panah bawah pada sisi kiri panel.



Tekan tombol START untuk memulai sterilisasi.



Setelah selesai, ambil peralatan dan bahan dengan cara yang sama seperti saat memasukan peralatan dan bahan.



Keringkan peralatan yang telah steril dalam oven 600C.



Tekan tombol OFF pada bagian sisi kanan alat untuk memetikan inkubator.



Cabut kabel power dengan hati-hati.

e. Prosedur Pengoprasian Horizontal Laminar Flow Cabinets-Streamline 

Hubungkan kabel power dengan horizontal laminar flow cabinetsstreamline.



Buka penutup kaca bagian depan alat, kemudian kipas dihidupkan dan dibiarkan selama 3 menit sebelum bekerja. Lampu dihidupkan pada strip 1 (lampu putih).



Bersihkan alas dengan alkohol 70%. Hindari penggunaan desinfektan yang mengandung chlorine.



Siapkan bahan yang akan digunakan dan letakkan didalam alat.



Minimalisir aktifitas dalam ruangan.



Setelah selesai rapikan semua alat dan bahan, kemudian bersihkan alas laminar dengan alkohol 70%.



Matikan lampu, kipas dan tutup kembali alat dengan penutup kaca secara hati-hati, kemudian nyalakan lampu UV dengan hati-hati.

69 Lampiran 11 (lanjutan)

f.



Matikan lampu UV dengan hati-hati.



Kabel penghubung dapat dilepaskan dari power.

Prosedur Pengoprasian BioSafety Cabinet (BSC) 

Hubungkan kabel power untuk meyalakan cabinet.



Tekan tombol ON/OFF untuk menyalakan cabinet.



Tekan tombol FAN untuk mengaktifkan kipas, untuk menonaktifkan kipas, tekan kembali tombol FAN.



Tekan tombol FL LAMP jika membutuhkan lampu penerangan, untuk menonaktifkan, tekan kembali tombol FL LAMP.



Tekan tombol UV LAMP untuk melakukan sterilisasi, sebelum mengaktifkan UV LAMP, setting terlebih dahulu lamanya UV lamp bekerja dengan cara: a. Tekan tombol MODE b. Atur waktu yang diinginkan dengan menggunakan tombol >> dan ^.

 Lampu UV akan nonaktif secara otomatis ketika timernya telah habis.  Setelah selesai penggunaan, tekan kembali tombol ON/OFF dan lepaskan kabel power. g. Prosedur Pengoprasian Vitek 2 Compact 1. Cara Memulai Sistem -

Hidupkan PC (Power Conditioner) dan Hidupkan UPS

-

Tekan power switch ON yang terletak dibagian samping alat

-

Hidupkan CPU dan Monitor

-

Alat akan melakukan inisialisasi ± 15 menit

70 Lampiran 11 (lanjutan) -

Pada komputer untuk masuk ke windows masukkan user name dan pasword

-

Setelah terbuka, untuk masuk ke menu aplikasi Vitek 2 Compact , klik dua kali pada gambar/icon Vitek 2 Systems dan masukkan user name dan password.

-

Kemudian cek status , (OK, Warning atau Error).

2. Cara Mengakhiri Sistem -

Tutup seluruh aplikasi pada tampilan monitor komputer.

-

Shut down computer dari menu start pada tampilan komputer.

-

Matikan instrument dengan menekan tombol “status/menu key”.

-

Kemudia pilih “maintenance.”

-

Kemudian pilih “shutdown”.

-

Pilih “Yes” dan tunggu proses selesai

3. Menjalankan Pemeriksaan -

Masukkan cassete ke dalam “Filler”.

-

Tekan “Start Fill”.

-

Lampu indicator pada filler “ON”, tungg proses ± 2 menit dan bunyi alarm.

-

Ambil cassete dan pindahkan ke “Loader”.

-

Lampu indicator loader “ON”.

-

Tunggu hingga proses selesai

-

Ambil cassete dari Loader

71 Lampiran 11 (lanjutan)

2

1

Keterangan : 1. Filler 2. Loader

4. Melihat Hasil dan Cetak Hasil -

Pada menu utama pilih “Enter Isolate View”

-

Kemudian akan muncul tampilan sebagi berikut :

72

Lampiran 11 (lanjutan) -

Pilih date test di View by

-

Pilih show all di Filter by yang akan dilihat

-

Pilih tanggal dan no isolate

-

Untuk cetak hasil pilih gambar “Printer”

-

Pilih mode untuk cetak dan klik “Print All”, kemudian tekan “OK”.

73 Lampiran 12. Standar kekeruhan Card Identification No

Kartu

Umur Kultur

Densitas Inokulum (McFarland)

1

GN

18-24

0.50-0.63

2

GP

12-48

0.50-0.63

3

BCL

18-24

1.80-2.20

4

YST

18-72

1.80-2.20

5

CBC

18-24

2.70-3.30

6

NH

18-24

2.70-3.30

7

ANC

b. Corynebacteria 18-24 c. Anaerobic 18-72

2.70-3.30

74 Lampiran 13. Media Tumbuh dalam Identfikasi Bakteri dengan Vitek 2 compact No.

Nama Media

Komposisi

1.

Triptic Soy Agar (TSA)

2.

Blood Agar

3.

MR-VP

- Pepton from casein 15 g/l - Pepton from soymeal 5 g/l - Sodium chloride 5 g/l - Agar-agar 15 g/l - Nutrient substrate 20,0 g/l - Sodium chloride 5,0 g/l - Agar-agar 15 g/l - Peptone from meat 7.0 - D(+)glucose 5.0 - Phosphate buffer 5.0.

75 Lampiran 14. GN well Card Identification

76 Lampiran 14 (Lanjutan)

77 Lampiran 15. Hasil Identifikasi dengan Vitek 2 Compact