Los signos y símbolos ayudan a manifestar la unidad y la comunión en la fraternidad. Tiene en el centro el logotipo con el símbolo de cada comunidad. Cada símbolo parte del centro y quiere expresar que al centro está Jesús (en lengua hebrea) Cristo (en lengua griega), y con Jesús María su Mamá. El color del centro de la bandera es blanco. El blanco que se puede separar en los siete colores. El blanco indica la pureza, honestidad de vida y transparencia de intenciones a ejemplo de Jesús y María. Los seis colores con el blanco son los colores del arco iris y quieren expresar la alianza que toda Iglesia Joven y entre todos los jóvenes debería existir con, por y en Jesús muerto y resucitado. Las grandes alianzas se realizaron entre Dios y el hombre durante la historia de la salvación: con Adán y Eva, con Noé, Abrahán, Moisés, etc. hasta llegar a Jesús “nueva y eterna alianza”. El significado de los colores de las banderas de cada comunidad
El verde, es el de la comunidad de Jerusalén y desea expresar la ayuda que cada uno recibe y dona a los demás para que se puedan superar las dificultades y los sufrimientos sean físicos que morales, no tanto sufriendo, sino ofreciéndolos a Jesús que en el camino hacia la cruz y en la misma cruz supo ofrecer al Padre con el amor sublime que derramó a cada uno de nosotros como perdón.
El azul es el de la comunidad de Antioquia y debería expresar la armonía interior y exterior de todos los integrantes de la comunidad y por ellos en toda Iglesia Joven, que rebosando de la paz y el gozo comunican y contagian a los demás como empampándoos del amor de Jesús.
El rojo es el de la comunidad de Roma y simboliza la comunión de todos los bienes, materiales y personales: “todo lo ponían en común y a nadie le faltaba nada” de todos los integrantes de la comunidad a ejemplo del diácono Lorenzo que en Roma vive e impulsa el evangelio del amor, en el servicio, amando a todos los pobres. Esta comunión de los bienes realizados con las obras de caridad, se vuelven ríos de agua viva donde le fe se da a conocer y se desarrolla en el corazón de los cristianos que viven en la constante persecución en Roma por más de trescientos años.
El naranja es el de la comunidad de Efeso y simboliza el testimonio de vida que la comunidad ofrece a todos los integrantes de Iglesia Joven. Testimonio que se vuelve fuerza interior, tenacidad, constancia y empuje para que la evangelización llegue a cada joven, en cada ambiente y con todos los medios.
El morado es el de la comunidad de Corinto y debería manifestar en los jóvenes de esa comunidad el valor y el compromiso de la preparación y el estudio serio y de calidad, llevado con la sabiduría e inteligencia de Dios para llegar a ser auténticos comunicadores de su Palabra y del Evangelio de Jesús.
El amarillo es el de la comunidad de Tesalónica y representa la intensidad y perseverancia en la formación espiritual, manifestada en la participación y vivencia en los sacramentos de la Iglesia. Ese fuego y calor será lo que los jóvenes de la comunidad sabrán comunicar a todos los demás de Iglesia Joven en el camino de crecimiento y acompañamiento hacia la opción vocacional para que cada joven pueda encontrar en la Iglesia y en la sociedad donde y como vivir la vida cristiana como discípulo y apóstol de Jesús.