H74216068_nichita Larasati(review).docx

Nichita Larasati H74216068

Judul Identification of Fish in Semilabeo Genus Using Morphological Taxonomy and Molecular Biology Methods

Latar belakang Ikan dalam keluarga genus Semilabeo dikenal sebagai ikan air tawar khusus di Vietnam Utara adalah bernilai sangat ekonomis dan lezat. Namun dalam beberapa tahun terakhir ini produksi mereka menurun secara signifikan karena eksploitasi berlebihan. Banyak ikan genus Semilabeo ini telah terdaftar dalam resiko bahaya tinggi di the wild (VU). Sampai saat ini studi tentabg identifikasi dengan deskripsi morfologis telah dilaporkan. Di Genus semilabeo, studi tentang urutan protein analisis diselidiki oleh Zheng, Yang, dan Chen (2012). Namun, penelitian tentang identifikasi oleh metode biologi molekuler masih terbatas. Baru-baru ini, metode menggunakan morfologi taksonomi dan biologi molekuler untuk identifikasi hewan air biasanya dikombinasikan dalam urutan untuk meningkatkan akurasi analisis dan reliabilitas. Di studi ini, penanda molekuler dan perangkat lunak yang bermanfaat dengan keandalan yang tinggi telah banyak diterapkan. Beberapa gen terletak di DNA mitokondria (mtDNA) telah dikenal sebagai Barcode DNA dalam hal identifikasi seperti Cytochrme c oxidase subunit 1 (COI), Sitokrom b dan 16-an rRNA. Di antara mereka, COI adalah penggunaan paling umum untuk identifikasi banyak orang spesies hewan

Tujuan Untuk memberikan informasi guna membangun program pemuliaan serta berkontribusi untuk konservasi sumber daya genetik spesies yang berharga ini.

Metode penelitian Identifikasi ikan dilakukan dengan menggunakan dua metode, yaitu analisis biologi morfologi dan molekuler. Identifikasi ikan menggunakan analisis morfologi Pengamatan ikan, indeks morfologi (mm), berat badan (g) dan klasifikasi telah sesuai dengan metode yang dijelaskan oleh Rainboth (1996), Nguyen Van Hao et al. (1993), Dinh, dkk. (2013). Identifikasi Ikan Menggunakan Biologi Molekuler Ekstraksi DNA, Amplifikasi Gen COI Menggunakan PCR, Mengurutkan COI, Analisis Urutan COI, Hubungan filogenetik, Jarak Genetik dan Identifikasi ID.

Pembahasan Analisis taksonomi morfologis Terdapat 30 sampel dikelompokkan menjadi 2 spesies berbeda dalam genus Semilabeo. Sampel ikan yang dikumpulkan di Phu Tho dan Ha Giang adalah Semilabeo notabilis tetapi ikan dikumpulkan dari garis RIA1 adalah Semilabeo obscurus. Penampilan ikan ini dalam 2 kelompok sangat serupa di beberapa titik namun, kedua spesies berbeda jumlah sisik di sekitar sirip ekor, warna garis di sepanjang tubuh dan sirip punggung. Dalam S. Notabilis spesies, jumlah sisik di sekitar sirip ekor adalah 16-18 dan warna garis di sepanjang tubuh itu sangat jelas. Di sisi lain, pada spesies S. obscurus, jumlah timbangan di sekitar sirip ekor adalah 20-22 dan tidak ada garis di sepanjang tubuh muncul dan garis di belakang sirip punggung cekung. Menurut beberapa peneliti, lingkungan adalah faktor utama yang mempengaruhi perbedaan morfologis antara populasi. Analisis Biologi Molekuler Ekstraksi DNA dan Reaksi PCR Hasil untuk memeriksa DNA disajikan pada gel agarosa dan pita-pita tajam dan total DNA berkualitas baik untuk reaksi PCR (Gambar tidak ditampilkan). Reaksi PCR dilakukan untuk memperkuat gen COI menggunakan kondisi optimal. Produk PCR menunjukkan pita gen yang ditargetkan jelas pada gel. Ukuran produk yang diperkuat berkisar antara 600-700 bp yang ada di kisaran ukuran yang diharapkan dilaporkan oleh Badhul et al. (2012). Analisis Urutan COI Hasil analisis urutan COI menunjukkan perbedaan yang jelas antara urutan sampel dikumpulkan di Phu Tho dan Ha Giang dan sampel dikumpulkan dari RIA1. Perbedaan ini mungkin disebabkan oleh penggantian mutasi terjadi pada kelompok yang bisa menyebabkan perbedaan fenotipik pada ikan yang dikumpulkan dari RIA1 dibandingkan dengan yang ada di kelompok lain. Urutan COI dari sampel dikumpulkan di provinsi Ha Giang dan Phu Tho homolog hingga 99-100% dengan Semilabeo notabilis. Sedangkan, ikan yang dikumpulkan dari RIA1 memiliki kesamaan tinggi dalam urutan nukleotida dengan Semilabeo obscurus. Genetic Distances Secara keseluruhan, jarak genetik antara tiga kelompok berkisar dari 0,000 hingga 0,042. Ini mengindikasikan bahwa ikan ini kemungkinan besar termasuk dalam genus yang sama tetapi dalam spesies yang berbeda. Selain itu, jarak genetik yang rendah (≤ 0,002) antara dua kelompok (Phu Tho dan Ha Giang) menunjukkan hubungan genetik yang erat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 30 sampel dalam penelitian ini dikelompokkan menjadi dua kelompok dua spesies dari NCBI. Kelompok pertama (I) termasuk 20 sampel dari dua populasi dikumpulkan di Phu Tho dan Ha Giang, kode dari PT1 ke PT10 dan HG1 ke HG10 sejalan dengan Semilabeo notabilis (Peters, 1881) sedangkan kelompok kedua (II) adalah Semilabeo obscurus (Lin, 1981) dengan 10 sampel yang dikumpulkan dari RIA1, dikodekan dari VTS1 ke VTS10.

Kesimpulan Hasil dari jurnal ini menunjukkan bahwa 20 sampel ikan dikumpulkan di Ha Giang, Phu Tho adalah Semilabeo notabilis (Peters, 1881) dan 10 ikan lainnya yang dikumpulkan dari RIA1 adalah Semilabeo obscurus (Lin, 1881) menggunakan morfologi metode taksonomi. Temuan yang sama ditemukan di metode molekuler menggunakan analisis urutan gen COI. Hasilnya dapat mendukung berbagai studi tentang ini spesies di masa depan.