Article 25 Presentation

Что такое молекулярные машины ? I would propose the denition that molecular machine is a naturally occurring molecular device (macromolecular complex) that involves the transformation of chemical or electrochemical energy into directional molecular motion (Spirin A.S (2002) Ribosome as a molecular machine FEBS letters 514 2-10 ) 3. DNA and RNA polymerases 4. Ribosomes 5. Intracellular transport systems of microtubules 6. Myofibrils 7. Flagella and cilia

Функционирование рибосомы, как молекулярной машины обеспечивается структурой рибосомной РНК Экспериментально показано, что РНК в растворе формирует компактные глобулы за счет ближних и дальних взаимодействий

Схема конформационных переходов молекулы высокополимерной РНК в растворе, как функция ионной силы РН раствора

Именно третичный фолд узнаётся соответствующими лигандами. Фолдинг меняется даже при незначительных изменениях внешних условий. Самые сильные перестройки наблюдаются в местах контактов рибосомных субъединиц. При связывании лиганда происходит стабилизация определённой конформации (фиттинг). Как химические, так и физические изменения могут релаксировать стабилизированную конформацию.

Гипотеза locked-unlocked состояний рибосомы. Открытое состояние: акцептирование лиганда, внутрисубъединичные перемещения субстратов и выход продуктов. Закрытое состояние: фиксация и иммобилизация лиганда для точного узнавания, ориентации и последующей химической реакции. Транслокация рибосомы делает её менее компактной.

What is a Maxwellian Demon?

In 1871, James Clerk Maxwell (Scottish physicist, biography at St Andrews) proposed a thought experiment. A wall separates two compartments filled with gas. A little "demon" sits by a tiny trapdoor in the wall. It looks at oncoming gas molecules, and depending on their speeds it opens or closes the trapdoor. The object of the game is to eventually collect all the molecules faster than average on one side, and the slower ones on the other side.