Organc Chemistry

Part 2 Information Gathering, Information  Sources, Publishing, and Journals Primary and Secondary Literature

1

Chemical Information Sources The Gathering of Information and Classification:  a. The experiment …. the calculation … the measurements …      ⇒  Discovery      by definition, a discovery represents original information, i.e., information       that has not previously been published.   

b. The discovery is described by the discoverer

     (supervisor/student at university; director/research personnel/technician       working with a company, etc.)

     . by writing up as a manuscript and publishing as a journal paper       . by presenting at a conference and publishing as a conference paper 2       . if the discovery has commercial value, the discoverer may disclose

Chemical Information Sources (cont.) The details of the discovery (the original information) appear  in the journal, conference paper, patent, or dissertation  The information is in the Public Domain – the  information is  ‘public’ – it has been ‘published’! Primary Literature  is any vehicle – journal, conference paper, patent, or  dissertation – which is used for publication of original  information (that is, is the first to disclose the details  of the discovery, calculation, measurement, etc.) 3

Chemical Information Sources (cont.) Secondary Literature is any vehicle – review journal, monograph (book by a single  author), multigraph (book by multiple authors), treatise  (advanced treatment of a specialized topic), encyclopedia,  dictionary, textbook, handbook (of spectra, physical data,  etc.), bibliographies, indexing and abstracting services (e.g.  Chemical Abstracts) – for providing information which by  definition is not original.   • The objective of secondary literature is to repackage and  reorganize    the original information reported by researchers in the primary literature • Information in secondary literature is convenient to access, but may be   ‘out of date’!   4

PRIMARY LITERATURE ‘Full MS’ ­ Abstract, Introduction, Results and Discussion, and  Conclusion, full details of Experimental work, and References to  related work; MS may be very long – sometimes over 60 A4  typewritten pages! Supervisor and you decide to publish the work as soon as  possible; write MS giving a preliminary account of the work: ‘Preliminary MS’ ­ abbreviated Abstract, Introduction,  Discussion, Conclusion, minimal details of Experimental work,  some References to related work (usually 3–5 A4 pages). 5

Patents What is a patent?

an arrangement between the inventor and the  state such that the inventor receives a limited­time monopoly to  exploit the invention. Patents are the most important form of publication of industrial research.

In Chemistry processes, new chemical substance, or known chemical substances  including a new use, may be patented

6

Dissertations (or Thesis) Research results written into M.Sc., M.Phil. or Ph.D. thesis deposited in library At HKUST, Ph.D. thesis forwarded to University Microfilms International (UMI) for microfilming. Access online through Dissertation for abstracts, citations  from theses in US, Canada, Europe, other pats of the world. Dissertations are a major form of academic publications contain information, especially experimental detail not  reported elsewhere, or published in a journal, much later. 7

Technical Reports and Conference Papers Technical Reports • Usually from government or industry­funded research • often contain information before it is published in a journal  –  but not reviewed by referees (i.e. not ‘peer reviewed’). • some agencies (NASA, DOE) may place reports on the web.  • Abstracted by Chemical Abstracts. Conference Papers • Papers presented at a conference may be ‘published’  intact • usually no experimental details • usually not peer­reviewed • abstracted by Chemical Abstracts  8

SECONDARY LITERATURE Part of an article which includes similar or related areas  from other journal papers in a • Review journal • Monograph (book by a single author) • Multigraph (book by multiple authors) • Treatise (advanced treatment of a specialized topic) • Encyclopedia • And so on … 9

Reviews Valuable source of  information • Enhance knowledge of own area of research,    provides perspective, save time • Acquire familiarity with a new area of research Reviews in ­ journals (‘review journals’) ­ journals which also publish primary articles ­ monographs, multigraphs  

10

Other Sources Data Collections • Secondary literature containing data on specific topics arranged  for easy access  • Data may be evaluated by editor before entry – ‘added value’  Examples • Dictionaries and Handbooks: classical lists of definitions,  alphabetical list of compounds with data • Encyclopedias: relevant topics in alphabetical order, may be  too elementary for expert • Physical data collections: spectra, m.p., b.p., thermodynamic     parameters, etc.  • Reactions and syntheses guides • Analytical methods • Comprehensive treatises on specialist topics 11

Chemical Abstracts: http://www.cas.org/ Represents the most effective means of accessing and organizing  data – by providing abstracts of primary and secondary literature  papers – world’s largest collection of chemical information!

12

EXAMPLES (FYI only; not to be taught in the class) Dictionaries, Catalogues, Encyclopedias, and Handbooks •

Compendium of Chemical Terminology 1997

ii.

Hawley's Condensed Chemical Dictionary  1997

iii. • • vi.

IUPAC recommended definitions and names

properties, containment, properties (incl. hazards), uses of inorganic, organic compounds

Concise Chemical and Technical Dictionary 1986 properties of compounds

Combined Chemical Dictionary (CD ROM)

over 456,000 compounds covering all areas of chemistry

Merck Index 1998  (2 vols)

primarily organic compounds, mainly drugs

Kirk­Othmer Encyclopedia of Chemical Technology 1990  chemical processes; industrially­important chemicals

vii. Ullmann’s Encyclopedia of Industrial Chemistry Index 1995 

English ed.; comprehensive information on industrial chemicals, safety, processes, etc.

viii. Encyclopedia of Analytical Science 1995 (10 vols) ix. x.

all aspects of analytical chemistry

Encyclopedia of Polymer Science and Engineering 1990 Polymer Encyclopedia 1990: CD version of ix 1990 preparation, properties of polymers and applications

‘Landolt­Bornstein’: Numerical Data and Functional  Relationships in Science and Technology 1987 

physicochemical data in nuclear, atomic physics, crystal and solid state physics

13

Handbook:  tabulated data and property sets CRC Handbook of Physical Properties of Organic Chemicals 1997  physical properties  ii. CRC Handbook of Chemical Synonyms and Trade Names  iii. CRC Handbook of Chemistry and Physics tables of physical and chemical data  iv. CRC Handbook of Laboratory Safety vi. CRC Handbook of Laser Science and Technology data on optical properties of materials, laser properties viii. CRC Handbook of Organic Analytical Reagents chemical tests, analysis and reagents •

…and many others in Library! 14

Comprehensive Chemistry Series Pergamon (now Elsevier): multivolume series i.

Comprehensive Coordination Chemistry

the synthesis, reactions, properties and applications of coordination compounds

iii. Comprehensive Heterocyclic Chemistry v.

the structure, reactions, synthesis, and uses of heterocyclic compounds 

Comprehensive Medicinal Chemistry

rational design, mechanistic study, and therapeutic applications of chemical  compounds 

vii. Comprehensive Organic Chemistry

synthesis and reactions of organic compounds

ix. Comprehensive Organic Synthesis

selectivity, strategy and efficiency in organic chemistry

xi. Comprehensive Organometallic Chemistry

synthesis, reactions, and structures of organometallic compounds 

xiii. Comprehensive Polymer Science

the synthesis, characterization, reactions and applications of polymers

Rodd's Chemistry of Carbon Compounds: a Modern Comprehensive Treatise reviews of classes of organic compounds; good on reactions and biochemicals 15

Reactions and Syntheses Guides i.

Organic Reactions annual publication with comprehensive critical reviews on  important synthetic methods; includes actual experimental  examples  • Organic Synthesis and Inorganic Syntheses annual publication with independently tested procedures  (two laboratories) for synthesis of organic, organometallic,  and inorganic compounds v. Fieser and Fiesers’ Reagents for Organic Synthesis alphabetical presentation of reagents vii. Compendium of Organic Synthetic Methods organic functional group transformations; synthetic  methods in form of reactions  Journal: Methods in Organic Synthesis

16