Laporan Praktikum Sistematika Mikrobia

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA KLASIFIKASI MIKROBIA DENGAN METODE KLASIFIKASI NUMERIK

Disusun Oleh : Nama : faradlina mufti NIM

: 07640002

Kelompok : 6 Asisten

: Lela susilowati, M,si

LABORATORIUM TERPADU PROGRAM STUDI BIOLOGI FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA 2009 KLASIFIKASI MIKROBIA DENGAN METODE KLASIFIKASI NUMERIK

I.

Tujuan praktikum :memperkenalkan dan mempraktekkan penggunaan Prosedur klasifikasi numerik fenetik dalam klasifikasi mikrobia.

II.

Prosedur kerja

Tabel 1. Unit Karakter

Unit Karakter

Morfologi koloni Bentuk Warna Tepi Elevasi Struktur Dalam Morfologi Sel Bentuk Motilitas Gram Susunan sel Karakter Fisiologis Kebutuhan O2 Pertumbuhan pada suhu 40C Pertumbuhan pada suhu 150C Pertumbuhan pada suhu 200C Pertumbuhan pada suhu 400C Pertumbuhan pada suhu 500C Pertumbuhan pada NaCl 5% Pertumbuhan pada NaCl 6,5 % Pertumbuhan pada NaCl 10 % Pertumbuhan pada NaCl 18 %

Pertumbuhan pada pH 3,5 Pertumbuhan pada pH 5,5 Pertumbuhan pada pH 8,0 Pertumbuhan pada pH 8,5 Pertumbuhan pada pH 9,5 Produksi gas Glukosa Manitol Laktosa Sukrosa Dekstrosa Ptoduksi asam Glukosa Manitol Laktosa Sukrosa Dekstrosa Karakter biokimiawi Katalase Pembentukan H2S Hidrolisis gelatin Hidrolisis pati Hidrolisis kasein

III.

Hasil pengamatan

Tabel 2. n dan t

Strain mikrobia (OTU)

Unit karakter

EC

BS

SA

A

B

Morfologi koloni Bentuk

+

+

+

+

+

Elevasi

+

-

-

+

+

Tepi

+

+

+

+

-

Warna

+

-

-

+

+

Struktur dalam

+

+

+

-

-

Bentuk

+

+

-

+

-

Reaksi gram

-

-

+

-

-

Susunan sel

+

-

-

+

+

Motillitas

-

-

-

-

-

Katalase

+

+

+

+

+

Pembentukan H2S

+

+

-

-

-

Morfologi sel

Karakter biokmiawi

Hidrolisis pati

+

+

+

+

+

Hidrolisis kasein

+

-

+

+

+

Penghasil gas

+

-

-

+

+

Glukosa

+

-

+

-

-

Laktosa

-

+

-

-

+

Sukrosa

-

-

-

-

+

Manitol

-

-

-

-

-

Dekstrosa

-

-

-

Glukosa

+

+

+

+

+

Laktosa

+

+

+

+

+

Sukrosa

+

+

+

+

+

Mannitol

+

+

+

+

+

Dekstrosa

+

+

+

+

+

Kebutuhan O2(NB) 48 jm

+

+

+

+

+

Pertumbuhan pada suhu 4oC

-

-

-

-

-

Pertumbuhan pada suhu 15OC

-

-

-

-

-

Pertumbuhan pada suhu 45OC

-

+

+

-

+

Pertumbuhan pada suhu 40OC

-

+

+

-

+

Pertumbuhan pada NaCl 3,5%

+

+

+

+

+

Pertumbuhan pada NaCl 6.5 %

+

+

+

+

+

Pertumbuhan pada NaCl 9%

+

+

+

+

+

Fermetasi KH

Penghasil asam

Karakter fisiologis

Pertumbuhan pada pH 3,5

-

-

-

-

Pertumbuhan pada pH 4

-

-

-

-

-

Pertumbuhan pada pH 8,0

+

+

+

+

+

Pertumbuhan pada pH 12

+

+

+

+

+

Keterangan : Strain (A)EC : Escherechia coli ATTC Strain (B)BS : Bacillus subtilis Strain (C)SA : Staphylococcus aureus ATCC Strain (D)A

: Strain

Strain (E)B

: Strain

Perhitungan indeks similaritas SSM strain AB

: a = 18; b= 5; c=3; d= 8 maka nilai SSM = 76,4

SSM strain AD

: a = 21; b= 2 ; c= 1; d= 19 maka nilai SSM = 91,1

SSM strain AC

: a = 18; b= 5; c=2; d= 9 maka nilai SSM = 79,4

SSM strain AE

: a = 19; b= 4; c=3; d= 8 maka nilai SSM = 79,4

SSM strain BC

: a = 19; b= 2; c=1; d= 12 maka nilai SSM = 91,1

SSM strain BD

: a = 16; b= 5; c=6; d= 7 maka nilai SSM = 67,6

SSM strain BE

: a = 15; b= 6; c=7; d= 6 maka nilai SSM = 82,3

SSM strain CD

: a = 16; b= 4; c=6; d= 8 maka nilai SSM = 70,5

SSM strain CE

: a = 16; b= 4; c=6; d= 8 maka nilai SSM = 70,5

SSM strain DE

: a = 19; b= 3; c= 3; d= 9 maka nili SSM = 82,3

Tabel 3. Matriks simililaritas(%) berdasarkan perhitungan SSM

OTU

Strain A

100

Strain B Strain C

76,4

100

79,4

91,1

100

91,1

67,6

70,5

100

79,4

61,7

70,5

82,3

100

A

B

C

D

E

Strain D Strain C Strain E

Tabel 4. Analisis pengklasteran Clustering analisis dengan metode UPGMA (Average lingkage) Similaritas (%)

Strain

100

ABCDE

91,1

(AD) (BC) E

85,25

(ADE) (BC)

71,01

(ABCDE)

C. Kontrusksi dendogram

A D E B C 71,1

D. Analisis kofenetik korelasi 1.Matrik similaritas original (X) Tabel 5. Matrik similaritas original

OTU

82,25

91,1

Strain A

100

Strain B Strain C

76,4

100

79,4

91,1

100

91,1

67,6

70,5

100

79,4

61,7

70,5

82,3

100

A

B

C

D

E

Strain D Strain C Strain E

Tabel 6. Matrik similaritas dari dendogram (Y) 100

76,4

100

79,4

91,1

100

91,1

67,6

70,5

A B C D

100

E 79,4

61,7

A

B

70,5

82,25

100

C

D

E

Tabel 7. Analisis kofenetik korelasi SSM

X

Y

X2

Y2

XY

AB

76,4

71,02

5638,96

5043,8

5425,9

AC

79,4

71,02

6304,36

5043,8

5638,9

AD

91,1

91,1

8299,21

8299,21

8299,21

AE

79,4

82,25

6304,36

6765,06

6037,15

BC

91,1

91,1

8299,21

8299,21

8299,21

BD

67,6

71,02

4569,76

5043,8

4800,9

BE

61,7

71,02

3806,89

5043,8

4381,19

CD

70,5

71,02

4970,25

5043,8

5006,9

CE

70,5

82,25

4970,06

6765,06

5798,6

DE

82,3

82,25

6765,06

6765,06

6765,06

Jumlah

769,95

784,05

60126,28

62112,6

60453,02

Koefisien Korelasi (r) koefisien korelasi (r)= nXY-XYnX2-X2).(nY2-(Y)2)

= (10.60453,02)-(769,95.784,05)(10(60128,28)-(592823)². (10(62112,6)-614734,4)² = 850,918459,8(6391,6) = 850,9154071657,68 = 850,9173553,34 = 0,1157X100% = 11,57 %

Berdasarkan hasi kofenetik bahwa dendogramnya di tolak karena hasilnya kurang dari 60%.

IV.

Pembahasan Taksospecies merupakan dua strain dianggap dalam satu kelompok species yang sama

karena memiliki indeks similaritas ≥70 % Berdasarkan analisa data dapat diketahui bahwa dari kelima strain tersebut mempunyai perbedaan yang dari berbagai unit uji karakter. Jika dilihat dari hasil tabel analisa pengklasteran pada similaritas 100% strain A(Esherichia coli), B(Bacillus subtilis),C( Staphylococcus aureus),D( Aeromonas) dan E ( BS2) masih terpisah artinya kelima strain tersebut tidak terdapat persamaan yang siginifikan. Persamaan disini adalah persamaan dalam hal unit karakter yang telah di ujikan antara lain ; morfologi Dapat diketahui dari tabel,bahwa antara strain A dengan D (Escherechia coli dengan Aeromonas) dan strain B dengan C(Bacillus subtilis dengan Staphylococcus aureus) pada prosentase

91,1%

indeks

similaritas

bergabung.

Jika

mengacu

pada

konsep

taksospecies,strain tersebut dapat dikatakan bahwa strain tersebut dianggap satu kelompok species. Kemudian pada prosentase 82,25% indeks similaritas antara strain A( Escherichia coli), D (aeromonas ) dan E (Bs2 ) seperti halnya diatas, jika mengacu konsep taksospecies dari ketiga strain tersebut dapat dianggap satu species. Sedangkna strarin B(Bacillus subtilis) dan strain C( Staphylococus) masih belum bergabung, sehingga dari sini dapat diartikan bahwa dari kedua strain tersebut mempunyai pebedaan yang mencolok. Namun pada presentase 71,1% strain A,B,C,D, dan E dapat mengelompok. Sehingga jika berdasarkan konsep taksopsecies strain A,B,C,D dan E dapat dianggap satu kelompok species. Namun jika, setelah dilakukan analisis kofenetik korelasi. Dimana analisis ini bertujuan untuk mengevaluasi dendogram. Sementara dendogram itu sendiri dipeoleh dari hasil analisis pengklasteran. Diperoleh hasil 11,57 %, padahal syarat untuk dendogram diterima jika hasil koefisien korelasinya sebesar ≥ 60%. Sehingga dapat disimpulkan bahwa untuk dendogram tidak diterima karena prosentasenya kurang dari 60 %. Jika mengacu pada nama strain yang di isolasi, misal pada strain A dengan D (Escherechia coli dengan Aeromonas

) maka untuk dua species tersebut merupakan

mempunyai perbedaan yang mencolok. Jika dilihat dari genusnya. Untuk strain A genusnya Escherechia,sedangkan untuk strain D genusnya Aeromonas. Sehingga dari sini dapat diketahui bahwa antara tidak terjadi hubungan korelasi positif antara hasil pengklasteran dan species/ isolat. Hal ini disebabkan oleh faktor human erorr. Artinya disini banyak terjadi kesalahan dalam pengamatan.

Kesimpulan Diperoleh hasil 11,57 %, padahal syarat untuk dendogram diterima jika hasil koefisien korelasinya sebesar ≥ 60%. Sehingga dapat disimpulkan bahwa untuk dendogram tidak diterima karena prosentasenya kurang dari 60 %.

DAFTAR PUSTAKA Brown, A. E. 2005. Benson’s Microbiological Aplication complate Version Laboratory Manual

in Gonoral Microbiology Ninth

Edition. McGraw Hill Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020 Harly, J. P. 2005. Laboratory Exorcises in Microbiology sixth Edition. McGraw Hill Companies, inc, 1211, Avence of the Amonical. New York. Ny 10020. Loy, B. W. 1994. Annalisis Mikrobia Di Lahro . Jakarta : PT Raja Grafindo Persada.

Priest, F & B. Austin. 1993. Modern Bacterial Taxonomy Second Edition. Champman dan Hall. London. Waluyo. 2008. Teknik Dan Metode Dasar Dalam Mikrobiologi. Malang : UMM Press. http//www.mikrobiologi umum.com diunduh tgl.21 November 2009