1. Glutamat - Pada penyakit ini salah satu neurotransmitter yang berubah adalah glutaman. Kita ketahui glutamat memiliki 2 reseptor NMDA dan AMPA - Pada penyakit huntington, reseptor NMDA terlalu terangsang sehingga menimbulkan hipersensitivitas hal ini disebabkan akibat peningkatan glutamat yang dilepaskan oleh afferent korteks dan menurunnya uptake glutamat oleh sel glial - Aktivasi reseptor NMDA yang persisten juga menyebabkan masuknya Ca2 +
yang berkepanjangan, yang selanjutnya menghasilkan peningkatan Ca2 + intraseluler sehingga menyebabkan neurotransmissi yang berlebihan muncullah gejala dari penyakit huntington ini 2. Merusak axonal transport - Protein huntingtin normal memfasilitasi aksonal transport dengan bersifat sebagai penyangga antara muatan, mikrotubulus, dan motor protein seperti dinein atau kinesin, pada penyakit ini adanya pengulangan trinukleotida CAG mengakibatkan terganggunya ikatan kinesin dengan mikrotubulus sehingga mengganggu transportasi aksonal yang akan mengakibatkan disfungsi motorik 3. Disfungsi neuroglia - Astrosit merupakan salah neuroglia yang berfungsi untuk menguptake
neurotransmitter glutamat ekstraseluler sehingga dapat mencegah terjadinya eksitotoksisitas. Pada pasien yang mengidap penyakit Huntington jumlah astrosit akan menurun karena mutasi protein huntingtin yang merusak fenotip relatif terhadap ekspresi dari sel neuron sehingga terus mengakibatkan proses eksitasi