197 equipos de las 204 federaciones miembros de la FIFA se inscribieron para participar en el torneo, de los cuales 32 participaron en la fase final. Las clasificatorias para la Copa Mundial se realizaron entre el 6 de septiembre de 2003 hasta el 15 de noviembre de 2005. Por primera vez, el campeón defensor (en este caso, Brasil) debió participar en el proceso clasificatorio. Alemania mantuvo su derecho de organizador y clasificó automáticamente. Los 31 cupos restantes se repartieron a las 6 confederaciones internacionales que realizaron distintos torneos clasificatorios: Finalmente, clasificaron 14 equipos de Europa, 4 de Norteamérica (incluyendo uno a través del repechaje con Asia), 4 de Sudamérica, 4 de Asia, 5 de África y uno de Oceanía (incluyendo uno a través del repechaje con Sudamérica). De los 32 equipos participantes, 8 se presentaron por primera vez en una fase final, aunque cabe destacar que República Checa y Serbia y Montenegro ya habían participado, como sucesores de facto de los seleccionados de Checoslovaquia y Yugoslavia, respectivamente. Para la realización del torneo, el 9 de diciembre de 2005 se realizó un sorteo que determinó la distribución de los equipos en los ocho grupos de primera ronda, en la ciudad de Leipzig.
Equipos participantes de la Copa Mundial Alemania
Costa Rica
Irán
República Checa
Angola
Croacia
Italia
Serbia y Montenegro
Arabia Saudita
Ecuador
Japón
Suecia
Argentina
España
México
Australia
Estados Unidos
Países Bajos
Trinidad y Tobago
Brasil
Francia
Paraguay
Togo
Corea del Sur
Ghana
Polonia
Túnez
Costa de Marfil
Inglaterra
Portugal
Ucrania
Suiza