12-3-08 Investor Presentation (final)

Athersys, Inc.

Forward Looking Statements

The statements and discussions contained in this presentation that are not historical facts constitute forward‐looking statements, which can be identified by the use of forward‐looking words such as “believes,” “expects,” “may,” “intends,” “anticipates,” “plans,” “estimates” and analogous or similar  expressions intended to identify forward‐looking statements. These forward‐looking statements and  estimates as to future performance, estimates as to future valuations and other statements contained  herein regarding matters that are not historical facts, are only predictions, and that actual events or  results may differ materially. We cannot assure or guarantee you that any future results described in  this presentation will be achieved, and actual results could vary materially from those reflected in such  forward‐looking statements. Information  contained  in  this  presentation  has  been  compiled  from  sources  believed  to  be  credible  and  reliable.  However,  we  cannot  guarantee  such  credibility  and  reliability.  The  forecasts  and  projections  of  events  contained  herein  are  based  upon  subjective valuations,  analyses  and  personal  opinions. This  presentation  shall  not  constitute  an  offer  to  sell  or  the  solicitation  of  an  offer  to  buy  any  securities.  Such  an  offer  or  solicitation,  if  made,  will  only  be made  pursuant  to  an  offering  memorandum and definitive subscription documents. 2

Company Highlights Emerging clinical portfolio of “best‐in‐class” product candidates and technologies Multiple clinical stage programs in development , strong preclinical pipeline Focus on biologics (MultiStem ) and pharmaceuticals (for CNS /metabolic  related indications including obesity, cognition and others) Multiple clinical trials initiated with MultiStem Highly standardized “Off‐the‐shelf” cell therapy product, produced at scale Administered without tissue matching or immune suppression Multiple disease indications in development ‐ multiple mechanisms of benefit Frost & Sullivan Product Innovation of the Year Award – 10/29/08 Public company with strong cash position NASDAQ: ATHX   $65 MM financing completed in June ‘07 3

Business Strategy Develop a portfolio of potential of potential best in class opportunities Maintain lean operational infrastructure / modest core burn Cost effective portfolio diversification + focused core competencies

Using a “Fast Follower” strategy in multiple areas, “Early Mover” in others Reduces risk and development cost   Leverage prior knowledge, validation, development efforts of others to  produce a better, safer and/or more convenient product Multiple potential advantages to being “best but not first” in certain areas (but  also leveraging “early mover” opportunity in areas where it makes sense)

Portfolio based approach enables development & partnering flexibility Advance programs as resources allow Evaluate partnering opportunities as we advance 4

Obesity Program

5

Obesity Market Opportunity Clinical Landscape Growing, global health epidemic contributing to heart disease, diabetes, cancer and stroke Estimated 30% of Americans are clinically obese (BMI > 30); an additional ~30% are  overweight (BMI > 25) Economic cost in U.S. alone is estimated at $117 billion annually True blockbuster potential for safe and effective therapies

Therapeutic Landscape Increasing recognition of obesity as serious medical condition No highly effective & safe drug therapies currently on market – few in clinical trials, recent  additional attrition due to “demise” of CB‐1 antagonist class Several targets are well known but have not been effectively exploited to date Large potential market, patient variability (efficacy and tolerability) creates room for  multiple players and MOA’s

6

Obesity Program – Overview of 5HT2c Agonists 5HT2c (serotonin) receptor agonists suppress appetite & cause weight loss  Mechanism extensively validated in humans (e.g. fenfluramine, dexfenfluramine  recognized as highly effective weight loss agents)…but… These non‐selective agents also activate the 5HT2b receptor in the heart and cause  cardiovascular toxicity (valvular hypertrophy = valvular regurgitation/heart murmur) Selective 5HT2c agonists (i.e. that do not stimulate 5HT2b) believed to be safe Selectivity relative to 5HT2a important to limiting CNS related side effects

Portfolio of potent and selective compounds established ATHX‐105 has been the lead  ‐ Multiple Phase I trials completed in U.K. (good safety & tolerability profile observed) ‐ Excellent regional absorption seen in recent clinical study (important for development of  modified release formulation) ‐ Currently on partial clinical hold – have met with FDA, resolved several issues, but  significant issue remains – could result in suspension or termination of further development ‐ Intend to provide further update on program this quarter after completion of ongoing  work, analysis of results and dialogue with FDA 7

Cognition & Wakefulness ‐ H3 Antagonist Program

Histamine H3 Receptor Extensively Studied – Multiple Potential Applications H3 Receptor Antagonists / Inverse Agonists result in elevated levels of histamine in  certain regions of the brain directly affecting cognitive tone Compounds improve wakefulness (e.g. Narcolepsy, EDS) and cognition (e.g. ADHD,  Alzheimer’s) May also have relevance in other indications (e.g. obesity, neuropathic pain) High quality portfolio of therapeutic compounds established Multiple compounds currently under evaluation in animal tox, efficacy studies  ‐ Potent, highly selective compounds developed by ATHX Intend to select a clinical candidate and one or more back‐up compounds this  quarter (pending successful completion of ongoing studies) 8

MultiStem®: Biologic  Product Platform

9

Historical Limitations to Stem Cell Therapy

Requirement for close Donor – Recipient tissue matching Necessary to avoid transplant rejection  Also needed to reduce incidence of Graft vs. Host Disease

Lack of ability to scale production of cells One donor for each recipient – logistically difficult and very costly Biological limitations of most cells prevent large scale production

Mechanistic focus has been primarily cell / tissue replacement Most cell types can produce limited repertoire  of more differentiated cells Goal has been to replace lost or damaged cells (e.g. HSC transplantation)

Safety Rejection, GVHD, Ectopic Tissue, Teratoma / Tumor formation 10

2008 – Pharma‐Biotech Arriving to Party …

November 2008 – Pfizer announces launch of ReGenerative Medicine  Centers – $100 million program to develop therapies, focused in Cambridge UK (brain /  sensory) and Cambridge MA (heart disease / diabetes)

November 2008 – Genzyme and Osiris announce partnership to  commercialize Prochymal and Chondrogen (MSC) – $130 million upfront, $1.25 billion in potential milestones – Osiris to commercialize in U.S.; Genzyme in RoW

July 2008 – GSK announces collaboration with Harvard Stem Cell  Institute – $25 million research partnership

June 2008 – Pfizer announces investment in EyeCyte – Treatment of eye diseases (e.g., diabetes‐retinopathy) with adult stem cell (EPC) 11

MultiStem®:  Best‐in‐Class Cell Therapy Product

“Off the shelf” administration No tissue matching needed Non‐immunogenic ‐ No immunosuppression required

Well defined, FDA‐approved manufacturing process in place (with Lonza) Banked product, highly characterized Large scale production / yield (100k’s to millions of doses possible from a single donor)

Multiple potential mechanisms of therapeutic benefit Dynamically responsive biologic therapy = a drug like therapy Therapeutic effect primarily factor mediated: anti‐inflammatory / immunomodulatory,     cytoprotective, trophic & growth factors, angiogenic / vasculogenic Direct cell replacement plays a minor role

Leading IP position for pluripotent, multifunctional non‐embryonic stem cells Multiple IND’s advanced in efficient, cost effective manner 12

Overview of MultiStem® Production Process

Lot Release & Product Characterization  Testing Sterility Potency Purity and Viability Stable Cytogenetics Absence of tumorigenic potential in vivo

13

MultiStem: Additional Safety Studies  ▲

GLP Toxicology and Clinical Pathology (2 week, 4 week) ƒ Studies indicate no evidence of acute toxicity or abnormal clinical pathology 

▲

Genetic Stability and Tumorigenicity Testing ƒ Karyotypic stability ƒ Clinical product tested in standard Nude mouse tumor models (both i.v. and s.c.)

▲

Long Term GLP Histopathology Analysis (one year for stroke) ƒ Extensive histopathology analysis of animals receiving clinical grade MultiStem indicates no evidence of tumorigenicity or ectopic tissue after one year ƒ No other abnormalities or other adverse events noted

▲

Immune Sensitization Analysis ƒ Single or repeat administration (5x) of MultiStem does not cause immune  sensitization or abnormal clinical pathology

▲

Gene Expression, Protein Expression and SNP Array Analysis ƒ No evidence of variability between working cell banks and production runs after  significant expansion of clinical grade cellular product 14

MultiStem: Multiple Potential Mechanisms of Benefit

OPEN Phase I Trial for HSC/BMT Support & GVHD Prophylaxis

OPEN Phase I Trial for AMI

15

Focused Product Development Approach o Chronic ischemia / CHF o Peripheral vascular disease

MultiStem®

Treatment  Acute/Ischemic  Injury

o Acute Myocardial Infarction 

o Traumatic brain injury & related o Other Neurological Indications o Other ischemic injury (e.g., kidney)

(Ph 1 initiated)

o Ischemic Stroke o Inflammatory bowel disease Immune System  Modulation

o HSC / Bone Marrow Transplant  Support /  GVHD (Ph 1 initiated)

o Transplantation o Diabetes (type 1) o Multiple Sclerosis o Other autoimmune disorders o Other Neurological Indications

Next generation  opportunities Other themes, e.g., protein deficiencies,  bone growth 16

16

Accelerating MultiStem Proof‐of‐Concept Path Proof‐of‐concept with cell‐therapy products – Standardized and scalable product manufacturing – Basic safety  in humans within desired dose ranges and delivery approaches •

Phase I studies (with potential for efficacy signals)

– Efficacy in humans •

Focus in near term on Phase I/II studies in indications with discreet endpoints / readouts over short  → showing of desired biological activity and benefit

– Further elucidation of mechanisms of benefit (from animal models, in vitro)  support  clinical findings

Fastest path likely infused product in immunomodulatory area – Leverage IND BB‐13507 (Evaluation of MTD of Single and Repeated Administration  of Allogeneic MultiStem in Patients with AL, CM and Myelodysplasia) – Treatment of (steroid refractory, or acute) GvHD •

Basically, same patient population with well‐defined shorter‐term endpoints; same sites

– Other immunomodulation indication(s):  exploit same therapeutic pathways, and  conditions with similar treatment approaches 17

MultiStem for Acute  Myocardial Infarction

18

MultiStem®:  Acute Myocardial Infarction

AMI remains a major area of need for improved therapies 865,000 heart attacks annually in the U.S. 156,000 deaths Significant incidence of progression to CHF

Local (catheter) delivery of MultiStem following heart attack Reduces inflammation‐related damage and promotes revascularization Also exploring administration via i.v. 

MultiStem demonstrated safe and effective in multiple pre‐clinical models IND approved, clinical trial initiated with co‐development partner (Angiotech)

19

Innovative Approach: Standardized Product + Efficient Local Delivery

Administration of bone marrow‐derived, allogeneic MultiStem cells to patients Standardized product (administered without matching or immunosuppressive agents) Reduces inflammation‐related damage and promotes revascularization

Targeted, local delivery in coronary arteries with transarterial catheter Administration of cell product into perivascular region Relative ease of use, comparable to standard angioplasty

Strong partners and leading investigational sites  Athersys and partner, Angiotech Pharmaceuticals Cleveland Clinic Foundation, Henry Ford Health System, University of Michigan &  others

20

Allogeneic MultiStem Delivers Functional Improvement in Pig          Models of Cardiovascular Ischemia

Transient ischemia, catheter delivery p-value < .005

P-value < .02

E je c tio n F ra c tio n %

60 55 50 45 40 35 30 25 20 Baseline

• •

1 Wk post-MI

4 Wk post MI

Consistent improvement across multiple functional parameters  with single dose administered post‐MI No observed safety issues 21

Transarterial Catheter Delivery Approach Mercator MedSystems, 510(k) approved MicroSyringe Infusion Catheter

• Site‐specific delivery into perivascular space and adventitia – Retain greater number of cells at/near injury site (reduce wash‐away of cells into bloodstream) – Relative ease‐of‐use

• Good cell viability, efficient ease of use 22

Phase I Clinical Protocol Summary ‐ AMI Phase I Study, open label, dose escalation STEMI, LVEF between 30‐45% Administration of MultiStem in coronary artery (via transarterial catheter)  delivered on day 2‐5 after Acute MI ‐ Three dose groups (6 patients each) plus 10‐patient registry cohort Multiple sites, largely regional

Objectives Primary endpoints: safety (arrhythmias, acute toxicity, hospitalization, death,  mechanical complication) Secondary endpoints: functionality measures (e.g. LVEF)

Strategy Provide safety foundation and information to enable design of meaningful  Phase II exploratory study (e.g., dose levels, delivery timing) 23

Delivery of MultiStem in AMI patient

5 sec

30 sec

60 sec

Delivery, retention of cells in area of ischemic damage Vessel patency Rapid, efficient procedure Well tolerated

24

MultiStem for Support of  Hematological Stem Cell Transplants

25

MultiStem®:  Transplantation (GvHD)

Frequent, potentially life threatening consequence of HSC / BM transplants Clear need for improved treatments beyond broad immunosuppression Limited treatment options for complications (e.g., GvHD) Other problems associated with conditioning regimen (e.g., GI function)

IV delivery of MultiStem in conjunction with HSC / BM transplant Reduction of GvHD impact and promotion of tissue regeneration and engraftment Potential for GvHD intervention

MultiStem demonstrated safe and effective in pre‐clinical models IND approved, clinical trial initiated

26

MultiStem® Immuno‐Privileged In Vitro

Mixed Lymphocyte Reaction Donor 1 Cells (Rare alloreactive Tcells in red)

MultiStem does not elicit In Vitro TCell Response in MLR Studies

Donor 2 Cells

Mixture

Allogeneic Tcell controls

Recognition of allogeneic cells causes T-cell activation and proliferation Proliferation measurable by increase DNA synthesis

Self to self

T-cells don’t react to MultiStem (MAPC)

27

MultiStem® Immunosuppress Alloreactive T Cells

MultiStem (like MSC) Exhibits  Immunosuppressive Effects On MLR  (human)

Dose Dependent Suppression of Allogeneic T Cell  Response in MLR (Lewis rat) 180,000

3H-thymidine counts

160,000 140,000

None

0.03x10^5

120,000

0.06x10^5

0.125x10^5

100,000

0.25x10^5

0.5x10^5

1x10^5

2x10^5

80,000 60,000 40,000 20,000 0 R (Lewis )+ S (DA)

MAPC (MultiStem)   Suppresses Immune  Response

R (Lewis )

No responder or s tim ulator

Dose Dependent  Effect

28

MultiStem® Does Not Induce Immune Response in vivo

Serial administration of MultiStem does not result in detectable allo‐ antibody or T cell sensitization response ‐ Serial administration is safe ‐ Positive control = splenocytes (which do elicit alloreactivity)

Allogeneic or xenogeneic MultiStem do not require  immunosuppression for benefit in acute MI or stroke (e.g. human into  rodent) FDA review of pre‐clinical data approved use of single universal donor  in multiple indications

29

MultiStem Provides Survival Advantage in Rat Acute GvHD Model 

Design Survival

•

•

Rats sublethally irradiated and injected  with bone marrow cells and T‐cells  from different rat strain → creating  Graft vs. Host immune response MultiStem administered I.V. at day 1,  or at days 1 and 8 

100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% No treatment

30%

Results • •

Treatment, day 1

20%

Treatment days 1+8

10%

MultiStem provides significant survival  benefit versus animals receiving no  treatment Benefits observable for other GvHD indicators (body weight, activity,  posture, fur texture, skin)

0% 0

2

4

6

8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34

Days Significant survival advantage in MultiStem treated animals

30

Gut Pathology in Rat Acute GVHD Model

Day 15 Pathology, Multi‐treatment Group

GVHD, MultiStem Treated GVHD, PBS Control  Treated

Substantially less gastro‐intestinal damage in MultiStem‐treated  animals

31

Phase I Clinical Protocol Summary – Transplantation / GvHD

Phase I study, open label, dose escalation Patients (leukemia, myelodysplasia) undergoing PBSC / bone marrow transplantation Administration of MultiStem intravenously ‐ Two treatment arms: Single dose co‐administered with transplant, multiple doses  administered over first 30 days ‐ Continual reassessment methodology

Objectives Primary endpoints: safety: maximum tolerated dose based on composite of DLTs and  AEs through 30 days Secondary endpoints: incidence and severity of GVHD, survival, infection

Strategy Provide safety foundation to allow for (a) prophylactic treatment and intervention for  GVHD, and (b) single and multiple dose treatment approaches  32

Opportunities in Other Autoimmune Disease

Treating emergent or chronic autoimmune disease Immunomodulatory activity of MultiStem for GVHD is mechanistically similar  to biological conditions for other autoimmune conditions Rapid clinical entry is possible (leveraging off of existing pre‐clinical and  clinical data) Manufacturing capability already in place

Multiple indications possible  Wide range of autoimmune conditions with unmet medical need as potential  therapeutic targets for MultiStem I.V. delivery Other potential benefits to help address tissue damage

33

MultiStem for Ischemic Stroke

34

MultiStem®:  Ischemic Stroke

Substantial unmet need in the treatment of Ischemic Stroke Over 700,000 strokes annually in U.S., and ~80%+ ischemic strokes Substantial functional loss and rehabilitation and follow‐up care costs  Limited treatment options, tPA must be administered within 3 – 4.5 hrs of stroke

IV delivery of MultiStem 48 hours (+/‐) following Ischemic Stroke Broad potential treatment window Benefit trophic‐factor mediated: reduce inflammation, stimulate revascularization,  override processes of cell / tissue decline & contribute to tissue regeneration

MultiStem demonstrated safe and effective in pre‐clinical models IND filing planned for 2H, 2008

35

Animal Models of Cerebral Ischemia MCA Occlusion

MCA Ligation

36

Pre‐Clinical Experimental Approach

Key results • Immunosuppression not required for safe improvement to  neurological function

Experimental approach 1. Immunosuppression (+/‐) with allo‐/  xenogeneic cells, intracranial delivery 2. Route of administration: viability of IV‐ delivery

• Significant functional improvement (locomoter, neurological)  statistically over control • Comparable improvement in locomotor or neurological  function observed among animals receiving cells at 1, 2 or 7  days

3. Delivery window: 1‐7 days post‐stroke

• Dose response observed with IV‐infused cells, as measured by  neurological improvement

4. Dose escalation

• Engrafted cells display neuronal markers in neonatal model • No abnormal tissues or abnormal pathology observed in  animals kept on study for 1 year post cell transplantation

37

Single Dose of Human MultiStem Provides Robust, Durable Improvement  in Rodent Model of Ischemic Stroke  Bederson Composite Score of Neurological Function, IV-delivery of MultiStem day 2 post-stroke

• Dose response – Therapeutic benefit proportional to dose delivered

2.5 2

• Treatment timing – Improvement whether delivery at day 1, 2 or 7

1.5 1 0.5

0.4 units 4 units 10 units 1 units 20 units 2 units 10 units non-viable cells (control)

Day 56

Day 42

Day 28

Day 14

PostStroke

0 Baseline

Mean Neurological Score

3

38

MultiStem Program Highlights Broad MultiStem product platform for cell‐based therapy initiating clinical trials Standardized, off‐the‐shelf product (a product, not a procedure) First truly scalable manufacturing platform for cell therapy Strong IP position

2008 Focus: Initiating clinical development activities Ischemic injury: AMI (possibly ischemic stroke) Immunomodulation and tissue damage: Bone Marrow / HSC Transplantation / GvHD

Potential for broad development program Other neurological indications, autoimmune disease, other areas Single “master file” approach = highly efficient development Progress will be based on validation in appropriate models, collaboration with experts 39

Financials & Milestones

40

Summary Financial Data $ Thousands

Nine months ended September 30, 2008

Revenues

$2,846

Operating expenses

(17,048)

Interest income and other, net

923

Net loss

(13,279)

Net Cash Use in Operating Activities

(12,536)

Cash and Investments

34,716

Debt

0 41

Athersys – Key Milestones 2007 √ √ √ √ √

Begin ATHX‐105 Phase I study IND approval for MultiStem ‐ HSC transplant support / GvHD IND approval for MultiStem ‐ AMI NASDAQ listing and share registration Evaluate H3 antagonist compounds for multiple indications

2008 √ √ √ √ √ □ □ □

Review/evaluate ATHX‐105 Phase I top line results Submit ATHX‐105 Phase II plan to FDA Complete additional ATHX‐105 clinical studies re: safety, regional drug absorption Launch MultiStem GVHD / Oncology Support Phase I clinical trial Launch MultiStem AMI Phase I clinical trial Resolve Partial Clinical Hold with FDA Complete further pre‐clinical studies for H3 antagonist program/select candidate IND Approval for MultiStem ‐ Stroke (Initiate trial depending on resource  availability) 

42

Athersys, Inc.