La caída del gobierno de Gálvez a principios de 1838 marco como ya se ha dicho, la declinación del liberalismo y el inicio del dominio político de los conservadores en Guatemala, y todo esto se acentuó por la anexión con México a consecuencia que los conservadores y los liberales adoptaron posiciones opuestas a la anexión con México. En fondo de todas estas contiendas existían las diferencias ideológicas de los dirigentes de los partidos que a su vez representaban a los intereses de las clases sociales en pugna. Las familias aristocratiza eran las que formaban parte del bando conservador, mientras las otras se adscribían al liberalismo.
Por el transcurso de 100 años la Universidad de San Carlos había prevalecido con ideas aristocráticas y el tomismo, pero a fines del siglo XVII., el racionalismo y la ilustración empezó a penetrar en las aulas, lo mismo que el ideario republicano, fuentes de las cuales se nutrieron muchos procederse de la independencia centroamericana. Se podría decir que la reforma de Gálvez de implantar la academia de estudios para sustituir a sus funciones a la USAC, no fue una medida radical, que eliminara la influencia religiosa de la institución. En consecuencia el dominio liberal fue relativo en Guatemala entre 1821 y 1838 año que duro el gobierno de Gálvez, esto no significa olvidar se aplicaron medidas aticlereciales, cuando fueron establecidas las autoridades del gobierno bajo la autorización de Francisco Morazán. Por supuesto que eso hechos no pueden ser ocultados en la relación y el análisis del proceso histórico, pues algunas luces brillaron en ese entonces por las obras de artistas e intelectuales destacados del periodo, especialmente en el campo de letras, pintura música, artes escénicas e historia.
Es mas a pesar del confesionalismo imperante en la educación y del apego de esta al dogma religioso, en la universidad conservadora se domaron figuras con ideologías liberales entre ellas esta Justo Rufino Barrios, quien se titulo como notario de la pontificia Universidad de san Carlos durante el régimen conservador. Muerto Rafael Carrera su sucesor Vicente Cerna no pudo prolongar el dominio del conservatismo que cayo en 1871 por el movimiento dirigido por miguel garcía granados y barrios e inicio el movimiento del liberalismo que duro asta mediados del siglo XX, las modalidades que en el ramo educativo y específicamente en la universidad se adoptaron a partir de 1840 denotan la marca impuesta por el partido conservador, y constituye una experiencia importante para la vida de la institución.
RESTABLECIMIENTO DE LA UNIVERSIDAD Y ESTATUTOS PARA SU FUNCIONAMIENTO. EL MODELO INICIAL DE LA UNIVERSIDAD DEL CONSERVATISMO. 1840 La nueva regulación se dio el 5 de noviembre de 1840 cambiando a la institución de una Escuela de Enseñanza a una Universidad. Los preceptos más importantes de esta reforma fueron tres: 1. Se restablece la antigua Universidad de Guatemala con todas las prerrogativas y privilegios que gozaba en un principio. 2. Son patronos de la Universidad aun San Carlos Barromeo y Santa Teresa de Jesús, celebrándose por decreto sus fiestas. 3. El gobierno del Estado tendría todas las atribuciones que establecía el antiguo régimen de la Universidad. Con esto se cambio el régimen del conservatismo con el que se intentaba usar la religión como una forma de apaciguar las ideas contrarias a las "buenas costumbres"; pero lo que realmente hacían era impedir el desarrollo amplio de todas las ideas y negar a los sectores populares la educación.
Ley Pavón reglamentaria de las Escuelas de Primeras Letras y Concordato de la Santa Sede. Efectos en el funcionamiento de la Universidad. (1852-1854) La Iglesia Católica tomo el control de la educación de país. Como tenían muy asegurado el Concordato, dictaron el Reglamento de “Ley Pavón”, por el señor Manuel Francisco Pavón, quien ocupaba el cargo de Ministro de Gobernación, Justicia y Negocios Eclesiásticos. Esta ley se decreto en 1,852 por el Presidente Carrera. En cada Iglesia debía haber por lo menos 2 escuelas de Letras Primarias. Muy expresivos del carácter eminentemente religioso que se otorgaba a la educación de la niñez eran los 2 prejuicios siguientes: A los niños: A las niñas: En el tiempo de Gálvez se establecía una educación primaria superior donde se enseñaba la gramática castellana, el dibujo lineal; elementos de historia y geografía con referencia a la República. La ley Pavón anuló los avances que se habían logrado anteriormente. Los Bachilleratos estaban a cargo de la Universidad y de institutos o colegios de orientación religiosa. Debido a tales imposiciones la Universidad conservadora dejo de cumplir con su misión fundamental de preservar, difundir y enseñar el saber.
Ley Pavón reglamentaria de las Escuelas de Primeras Letras y Concordato de la Santa Sede. Efectos en el funcionamiento de la Universidad. (1852-1854) En los gobiernos consevardores la educación sufrió modificaciones, pero faltaba asegurar a estos de manera radical los principios mas adecuados para conservar la moral Cristiana a la niñez y juventud. Comienza a negociar con la santa sede del concordato que además de poner en las manos de la iglesia católica el sistema educativo, vincular estrictamente el regimen guatemalteco con la autoridad pontificia. Es así como se dicto el reglamento de las escuelas de primeras letras llamado ley Pavón, obra del señor Francisco Pavón, que en el año 1852 ocupaba el cargo de ministro de gobernación, negocios y justicia eclesiástica. La educación Universitaria también tenia que estar bajo los jerarcas y ministros de la iglesia sujeta a toda doctrina de la iglesia católica, la ley pavón fue decretada en 1852 por el presidente Carrera.
La ley era: Que el fundamento de toda buena enseñanza, consiste en el aprendizaje de la doctrina de nuestra religión y que a la juventud se le inculque desde los primeros años, y del respeto que deben de tener a sus padres, a sus mayores y a sus funcionarios cuya protección y beneficencia deben los pueblos su bienestar. En cada parroquia se debían establecer dos escuelas una para niños y otra para niñas, debían ser personas de religiosidad, costumbres puras instrucción suficiente, de carácter moderado y trato cortes. Estas escuelas corrían a cargo de los municipios de vecinos feligreses y del gobierno conforme a sus necesidades, cada escuela tenia un santo patrono la ley de pavón fue derogada en 1872.
Resulto en consecuencia, que las carreras profesionales impartidas por la Universidades, llegaran alumnos nutridos de latín, filosofía, tomista y doctrina católica, pero en escaso o nulo conocimiento de la historia patria, geografía nacional, economía, encías de la naturaleza y otros saberse útiles actualizado. Los dirigentes que surgieron durante la Reforma Liberal de 1871-1885, fueron más que todo producto de su autoformación en algunas disciplinas sociales, más que exponentes de un saber adquirido en las aulas de la Universidad Conservadora. La serie de sucesos ocurridos a partir de 1851, que reafirmaron el poder político y militar de Rafael Carrera, aunados a ala decidida protección y apoyo que dicho caudillo prestaba a la alta jerarquía de la Iglesia Católica, fueron elementos favorables para que los dirigentes del conservatismo consumaran el acto final de asegurar a perpetuidad su permanencia en el ejecutivo de la Nación. El servilismo fomentando por el Partido Conservador hacia Rafael Carrera, se ratifico con las reformas introducidas al Acta Constitutiva de 1855 que establecieron la presidencia vitalicia de dicho gobernante. No es ningún hecho casual, que el decreto de reformas lleve, entre otras, la firma del Doctor Juan José de Aycinena en calidad de Vicepresidente de la Cámara de Representantes, ya que tal persona, además de ejercer la Rectoría Universitaria, siempre desempeño otras importantes funciones públicas en los gobiernos conservadores.
LA NACIONAL Y PONTIFICIA UNIVERSIDAD DE SAN CARLOS: Ultimo ajuste al modelo de la Universidad conservadora. 1855 Desde la restauración de la antigua Universidad de 1840, numerosas leyes y reglamentos sobre ella se vinieron dictando. En diversas publicaciones en esos tiempos, predomino la de “Pontificia Universidad de San Carlos de Guatemala”, sin el calificativo de “Real”, que dejo de usarse desde los primeros años republicanos. La ultima regulación importante contenida en el Decreto de Gobierno, 22 de septiembre de 1855, “Nacional y Pontificia Universidad de San Carlos de Guatemala, ultima denominación completa que se le aplica a la institución fundada desde fines del siglo XVII, y con la cual llego hasta ser transformada de manera más radical por los gobiernos liberales que se iniciaron a partir de 1871. La razón principal de la reforma estatutaria se evidencia al indicarse que el Arzobispo Metropolitano ha expresado la urgente necesidad de que se modifiquen los estudios de lo que se dedican al estado eclesiástico. De manera que, con esta terminante disposición, se hacía retroceder a la Universidad al Régimen que ciento sesenta y nueve años atrás le había otorgado por un monarca español.
Los cambios estatuarios en la Universidad fueron decisivos para conformar el modelo ideal a que aspiraban los ideológicos del gobierno conservador. En noviembre de 1855 el presidente Carrera en su Mensaje a la Cámara de Representantes hizo referencia a la nueva regulación de la Universidad, expresando que con ella se mejoraría notablemente.
D. Etapa final de la Universidad en el Régimen Conservador (1856-1871): Las nuevas regulaciones universitarias de 1855 no impidieron que se dictaran más regulaciones que complementaron las originales. En julio de 1856 el gobierno emitió un decreto que estableció que los empleados de la administración publica, las corporaciones civiles, (excluyendo a militares), y personas que obtuvieran beneficios eclesiásticos titulares deberían dar una contribución para los fondos de la Universidad. Los mensajes presidenciales sucesivos no contuvieron referencias importantes sobre la educación, ni en especial respecto a la Universidad, pues todo se desarrollaba dentro de la quietud impuesta en esos años por la presidencia vitalicia de Carrera.
En febrero de 1865 falleció el Doctor Juan José de Aycinena, quien fue la personalidad mas influyente en la Universidad desde 1840, y su Rector por prolongado espacio de tiempo. El 14 de abril de ese mismo año fallece el caudillo conservador Rafael Carrera. La muerte del presidente Carrera fue notificado al Rector interino de la Universidad en la misma fecha, informándole que el ministro de Relaciones Exteriores don Pedro de Aycinena, se había hecho cargo del gobierno en tanto fuera electo el nuevo mandatario. La Asamblea General eligió como presidente por cuatro años al mariscal Vicente Cerna, hombre de confianza de Carrera. En 1867 el Presidente informo a la Cámara de Representantes que, por cuenta de antiguas deudas que se tenía a la Universidad, el tesoro público destinaba la suma de Q15, 000.00 para la reconstrucción del salón de actos de su edificio que era uno de los mejores de la capital. A principios de 1871 se informó al Ejecutivo, que la Cámara de Representantes había nombrado una comisión integrada por los señores don Mariano Ospina, don Arcadio Estrada y don José Milla, para que examinaran el estado de la Universidad, y si lo creyeran conveniente, previa audiencia al Claustro, propusieran las reformas que necesitara aquel establecimiento.
La universidad estuvo sujeta a los estatus y constituciones que se le dieron cuando fue fundada a fines del siglo XVII, influencia religiosa la organización, funcionamiento, fines y contenidos educativos. Las santa sede, reforso a un mas esas condiciones y características que en el periodo destacaron hombres de letras como José batrez montufar, jose milla y Vidaurre, Juan dieguez solaverri. En los campos de la historia, la literatura y el derecho no puede ser ignorada una figura como Antonio jose de irisarri. Las artes escénicas también comenzaron a desarrollarse contribuyo la erección del que inicialmente se llamo teatro carrera, luego nacional y posteriormente colon que fue inaugurado en 1859, las instituciones educativas como la universidad de san Carlos en colegio trientino y otros desarrollaron sus labores en un ambiente de orden y moderación, pero ceñidos al dogma. Esto impidió, como ya se ha dicho anteriormente, que pudiera formarse dirigentes sociales que hicieran avanzar al país en su sistema político. El doctor Jaén jose aycinena, quien condujo al claustro como un instrumento fiel a sus ideas y propósitos, por el tiempo mas prolongado que un individuo a desempeñado la rectoría universitaria. Indudablemte, el doctor aycinena sirvió a la auniveridad con esfuerzo y dedicación logrando que subsistiera en periodos difíciles, gracias a la influencia que tuvo en los gobiernos del conservatismo. Su condición de jerarca religioso le llevo sin embargo a imponer un sistema casi monástico en la entidad educativa, al restablecer reglamentaciones que ya eran obsoletas, y por ende inadecuadas para el progreso universitario.
Algunas figuras del liberalismo, como el doctor ramón Salazar, quien vivió en su juventud durante los fíales del periodo conservador haya dejado un testimonio sumamente critico sobre la cultura y la educación en esos tiempos. Salazar refiere por ejemplo, que en la pontificia universidad se enseñaba las ciencias teológicas y las escolásticas, a.C. como el derecho romano y las ciencias medicas, igualmente la filosofía y el latín. Los estudiantes: “Teníamos la cabeza llena de latinajos y nos encontrábamos ayunos de todo conocimiento positivos ignorábamos la historia de nuestro país, y no teníamos sino conocimientos muy superficiales de geografía, gramática y matemática”. Menciona que el acto de graduación de los bachilleres estaba rodeado de una gran solemnidad. El examen lo describe como una especie de pugilato intelectual, entre el sustentante y las replicas, en el que se lanzaban silogismos a mansalva. “el acto duraba una hora, pasaba la cual el sustentante iba a arrodillarse ante el señor rector y a prestar el juramento en latín, quedando así incorporado a la orden de bachilleres”.
Indica ademasen oposición de titulo de bachiller, en aquel tiempo solo había tres carreras el clérigo, abogado y medico. Santo tomas de Aquino eminencia de la filosofía señalo las limitaciones de la física y de la química les enseñaban teóricamente sin ningún aparato. La figura universitaria del periodo conservador destacada fue el doctor Juan José de aycinena rector de la universidad por largos años obispo de trajanopolis decano del colegio de abogados vicepresidente de la cámara de representantes ministro y consejero del estado, en medicina y cirugía también hubo algunos excelentes profesionales pero falto aún actualización de esos estudios para que estuvieran con los adelantos científicos logrados en Francia. La formación farmacéutica tuvo grande limitaciones , la ingeniería civil no llego a desarrollarse durante el conservativismo a lo sumo se formaron agri mensores la ciencias sociales fueron ignoradas por la universidad. El triunfo del liberalismo en 1871, y la caida del regimen de Vicente serna produjo la declinación del modelo universidad conservadora instaurado en 1840.