Suppression Subtractive Hybridization 2

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Hibridização Subtractiva Supressiva (“Suppression Subtractive Hybridization”-SSH) foi desenvolvido por Diatchenko et al (1996) e Gurskaya (1996) para gerar uma biblioteca de cDNA subtraído.

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Este método baseia-se em uma técnica conhecida como reacção de PCR supressiva, a qual combina a normalização e a subtracção de cDNAs em um único procedimento.

www.evrogen.com/products/Mint/Mint.shtml

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É uma técnica que permite comparar duas populações de mRNA e obter clones de genes que estão a ser expressos diferencialmente em dois tecidos.

www.pac.dfo-mpo.gc.ca/.../pages/pmdoy_e.htm

Aumentar a abundância de cDNAs diferencialmente expressos e simplificar a análise dos cDNAs subtraídos da biblioteca.

www.rbej.com/content/4/1/12

RNA mensageiro

cDNA

Digestão com RsaI

Ligação dos adaptadores

Subtracção

Adaptado de Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:6025–6030.

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Apesar de ter sido inicialmente desenvolvida para identificar genes relacionados com doenças humanas a Hibridização Supressiva Subtractiva possui outras aplicações; permitindo identificar genes diferencialmente expressos nos mais diversos organismos. Exemplos: Isolamento de genes diferencialmente expressos em vários tipos de cancro (Bangur et al., 2002). Identificação de genes induzidos na resposta à infecção de plantas por patógenos (Santos et al.,2003). Identificação e isolamento de genes induzidos pelo stresse biótico e abiótico (Mahalingam et al.,2003). Detecção das diferenças no conteúdo gênico entre membros de uma espécie bacteriana (Akopyants et al.,1998).

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Permite a detecção de transcritos pouco abundantes.

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Requer um único ciclo de subtracção dos cDNAs e a sua normalização .

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Permite um enriquecimento dos cDNAs diferencialmente expressos superior a 1000 vezes.

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Pode ser aplicada em screening diferencial de uma grande quantidade de bibliotecas subtractivas.

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Permite a comparação entre apenas duas amostras.

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Pode gerar clones falsos positivos.

www.btinfo.blogspot.com

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Akopyants N, Fradkov A, Diatchenko L, Hill JE, Siebert PD, Lukyanov SA, Sverdlov ED & Berg DE. PCR-based subtractive hybridization and differences in gene content among strains of Helycobacter pylore. Proceeding of National Academy of Sciences of the United States of America, v.95, p. 13108-13113, 1998. Bangur CS, Switzer A, Fan L, Marton MJ, Meyer MR, Wang T. (2002). Identification of genes over-expressed in small cell lung carcinoma using suppression subtractive hybridization and cDNA microarray expression analysis. Oncogene. 21:3814-3825.

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Diatchenko, L.,. Lau Y.-F. C, Campbell A. P., Chenchik A., Mogadam F., Huang B., Lukyanov S., Lukyanov K., Gurskaya N., Sverdlov E. D. and Siebert P. D.. 1996. Suppression subtractive hybridization: a method for generating differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:6025–6030

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Gurskaya, N. G., Diatchenko L., Chenchik A., Siebert P. D., Khaspekov G. L., Lukyanov K. A., Vagner L. L., Ermolaeva O. D, Lukyanov S. A., and Sverdlov E. D.. 1996. Equalizing cDNA subtraction based on selective suppression of polymerase chain reaction: cloning of Jurkat cell transcripts induced by phytohemaglutinin and phorbol 12-myristate 13-acetate. Anal. Biochem. 240:90–97.

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Mahalingam R, Gomez-Buitrago A, Eckardt N, Shah N, Guevara-Garcia A, Day P, Raina R & Fedoroff NV. Caracterization the stress/defence transcriptome of Arabidopsis. Genome Biology, v.4, n.3, p. 1-14, 2003.

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Santos CV Dos, Delavault P, Letousey P & Thalouarn P. Identification by suppression subtractive hybridization and expression analysis of Arabidopsis thaliana putative defence genes during Orobanche ramose infection. Physiological and Molecular Plant Pathology, v.62, p.297-303, 2003.

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http:www.btinfo.blogspot.com http:www.evrogen.com/products/Mint/Mint.shtml

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http://www-rbej.com/content/figures/1477-7827-4-12-4.gif

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http:www. sci.pac.dfo-mpo.gc.ca/shelldis/pages/pmdoy e.htm