1. Fauna Asiatis Fauna Asiatis menempati bagian barat Indonesia sampai Selat Makassar dan Selat Lombok. Beberapa jenis fauna Asiatis antara lain:
a. Gajah (Elephas maximus) terdapat di seluruh Sumatera dan menghuni hutan hujan dataran rendah.
b. Badak. Di Indonesia terdapat 2 jenis badak, yaitu: Badak Jawa (Rhinocerus sondaicus) yang beratnya bisa mencapai sekitar 2 ton. Badak Jawa bercula 1. Badak Sumatera (Dicerorhinus sumatrensis) yang beratnya mencapai sekitar 1 ton, merupakan badak terkecil yang masih hidup, serta mempunyai tonjolan kecil selain cula sehingga terkesan bercula 2.
c.Banteng hanya terdapat di Jawa dan di Kalimantan dalam jumlah sedikit.
d. Kerbau Liar terdapat di Minangkabau dan Jawa. e. Harimau Sumatera (Panthera tigris). Pada mulanya ada 3 jenis harimau di Indonesia, yaitu harimau Bali, harimau Jawa, dan harimau Sumatera. Namun kini tinggal harimau Sumatra saja yang masih hidup.
f. Macan Tutul (Panthera pardus). Saat ini hanya terdapat di Jawa menghuni kawasan perlindungan dan sedikit sekali yang secara liar hidup di hutan.
g. Beruang Madu (Helarctos malayanus) terdapat di Sumatra dan Kalimantan.
h. Orang Utan (Pongo pyomaeus) terdapat di Sumatera dan Kalimantan.
i. Bekantan (Nasalis larvatus) hanya terdapat di Kalimantan. j. Siamang (Hylobates klossi) terdapat di Sumatera, Kalimantan, dan Jawa.
k. Elang Jawa (Spizaetus bartelsi) yang merupakan inspirasi dari lambang negara Indonesia, yaitu Garuda.
l. Curik Bali (Leucopasar rothschildi) merupakan burung endemik di Bali yang menghuni hutan musim ujung barat Laut Bali.
m. Merak (Pavo muticus) hanya terdapat di Jawa. Populasi terbesar di Jawa terdapat di 3 taman nasional, yaitu di Ujung Kulon, Alas Purwo, dan Baluran.
n. Burung Rangkong yang biasanya menempati pohon-pohon besar seperti beringin di hutan Sumatera dan Kalimantan.
o. Pesut Mahakam merupakan sejenis ikan air tawar yang habitatnya hanya terdapat di Sungai Mahakam, Kalimantan.
p. Ikan Arwana (Scleropages formosus) merupakan salah satu jenis ikan purba. Habitat ikan Arwana adalah di sungai dan danau. 2. Fauna Peralihan Fauna tipe peralihan menempati wilayah kepulauan Sulawesi, Nusa Tenggara, dan beberapa pulau kecil di perairan laut dalam. Dari segi jenis dan jumlah, boleh jadi fauna tipe ini tidak sebanyak fauna tipe Asia maupun Australia. Namun, di kawasan ini terdapat beberapa fauna tipe Asia dan Australia, serta terdapat pula fauna yang tidak terdapat di kawasan lain di dunia. Beberapa jenis fauna peralihan itu antara lain:
i. Anoa merupakan jenis kerbau tetapi kerdil dan merupakan hewan endemik di Sulawesi. Anoa dibedakan menjadi 2, yaitu anoa dataran rendah (Bubalus depresicornis) dan anoa gunung (Bubalus quarlesi).
ii. Babi Rusa (Babyrousa babyrussa) merupakan hewan endemik di Sulawesi, dimana hewan ini memiliki taring mencuat hingga menyerupai tanduk dan memiliki cula yang melengkung ke atas.
iii. Krabuku (Tarsius spectrum) lebih mirip kuskus daripada kera. Kepalanya mirip burung hantu hingga disebut juga kera hantu.
iv. Rangkong Sulawesi v. Burung Maleo (Macrocephalon maleo) hanya terdapat di Sulawesi. vi. Komodo (Varanus komodensis) merupakan binatang purba yang masih hidup dan hanya terdapat di pulau Komodo, Nusa Tenggara Barat. 3. Fauna Australia
Fauna Australia menempati wilayah Indonesia bagian Timur seperti Kepulauan di Papua dan Maluku. Pada umumnya, fauna tipe Australia berukuran tidak terlalu besar. Ciri yang paling khas di kawasan ini adalah mamalia berkantong. Di antara mamalia berkantong tersebut, beberapa jenis telah punah, yaitu beberapa jenis Walabi dan Bandikut. Beberapa jenis fauna Australia antara lain:
1. Kanguru Pohon. Ada 5 jenis kanguru pohon yang hidup di hutan-hutan Papua, yaitu: kanguru pohon wakera (Dendrologus inustus), kanguru pohon mbasio (Dendrologus mbasio), kanguru pohon nemena (Dendrologus ursinus), kanguru pohon ndomea (Dendrologus dorianus), kanguru pohon hias (Dendrologus goodfellowi)
2. Kuskus merupakan keluarga possum yaitu hewan berkantong khas Australia dan terdapat di Papua.
3. Burung Cendrawasih yang dominan terdapat di Papua dan beberapa di Maluku.
4. Kasuari 5. Landak Papua