CAtraído por la música, como sus otros hermanos, recibió formación musical y de composición de su padre, quien debido a su carácter infantil y juguetón solía decir (en broma) de él, tal como contó su medio hermano paterno Friedemann a su biógrafo: "El más pequeño seguramente se abrirá paso en la vida por sus tonterías" o "Mi Christian es tonto, por eso algún día tendrá fortuna en el mundo". Él, por su parte, solía llamar a su padre "viejo peluca" en referencia a su apego por las formas musicales ya anticuadas en su época (cánones, fugas, contrapunto...); en alguna ocasión, ya adulto, él mismo reconoció que (debido a su complejidad) no estaba capacitado para interpretar mucho de lo que su padre había escrito. A la muerte de su padre, en 1750, se quedó en Leipzig con su madre Anna Magdalena Bach y sus hermanas pequeñas: en la herencia recibió de su padre tres claves con pedales. Ese mismo año partió a Berlín para completar su formación musical en casa de su medio hermano berlinés, Carl Philipp Emanuel.