Appendixi

APPENDIX I. PARAMETERS IN THE ORIGINAL MODEL

Parameters for entities: Name FasL:Fas procaspase-8 DISC FasL:Fas:DISC caspase-8 BID BID C terminal cytochrome c Apaf-1 dATP complex A procaspase-9 complex B caspase-9 procaspase-3 DFF DFF40 DFF45 fragment n19 n20 oligomer of DFF40 DNA DNA fragment Fas ligand Fas ligand trimer cas9:pro3 caspase-3 cas8:DISC cas8:pro8 cas8:BID cas9:pro9 cas3:pro3 cas8:pro3 cas3:DFF DFF:DNA BID C terminal in mitochondrion cytochrome c in mitochondrion Apaf1:dATP FADD

Variable m3 m5 m6 m7 m8 m11 m13 m16 m17 m18 m20 m21 m22 m23 m25 m30 m32 m33 m34 m35 m36 m37 m39 m1 m2 m26 m27 m9 m10 m12 m24 m28 m29 m31 m38 m14 m15 m19 m4

Initial concentration 0 39.039 60.961 0 0 100 0 0 39.039 39.039 0 100 0 0 100 100 0 0 0 0 0 100 0 600 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60.961 39.039

Parameters for transitions:

Name n100 n101 n102 n103 n104 n105 n106 n107 n108 n109 n110 n111 n112 n113 n114 n115 n116 n39 n40 n41 n42 n43 n44 n45 n46 n47 n48 n49 n50 n51 n52 n53 n54 n55 n56 n57 n58 n59

reaction rate m25/200 m28/200 m29/200 0.5 m30/200 m31/200 0.5 m37/200 m38/200 m14/10 m15/200 m15/25 m14/200 m17*m18/5000 m19/200 m32/200 0.5 m3*m6/10000 m4*m5/5000 m7*10 m9*10 m8*m11/2500 m13/25 m16*m19/10000 m20*m21/10000 m22*10 m24*10 m23*m25/2500 m28*10 m31*10 m33/200 m34/200 m35/200 m32/20 m38*10 and m2/10 m8*m25/2500

n60 n61 n62 n63 n64 n65 n66 n67 n68 n69 n70 n71 n72 n73 n74 n75 n76 n77 n78 n79 n80 n81 n82 n83 n84 n85 n86 n87 n88 n89 n90 n91 n92 n93 n94 n95 n96 n97 n98 n99

m26*10 m8/200 m8*m5/80000 m8*m6/80000 m10*10 m12*10 m23*m21/80000 m27*m25/80000 m29*10 m27*m30/2500 m36/200 m36*m37/2500 m27/200 m23/200 m1/200 m2/200 m5/200 m4/200 m3/200 m6/200 m7/200 m9/200 m10/200 m11/200 m12/200 0.5 0.5 m13/200 0.5 0.5 m16/200 m17/200 m18/200 m20/200 m22/200 m24/200 m21/200 0.5 m26/200 0.5

Parameters for arcs: Name

rate of the corresponding species

threshold

a125 a124 a123 a122 a120 a121 a119 a118 a117 a116 a115 a114 a113 a112 a111 a110 a109 a108 a107 a106 a105 a104 a103 a102 a101 a100 a99 a98 a97 a96 a95 a94 a93 a92 a91 a90 a89 a88 a87 a86 a85 a84

a125 a124 a123 a122 a120 a121 a119 a118 a117 a116 a115 a114 a113 a112 a111 a110 a109 a108 a107 a106 a105 a104 a103 a102 a101 a100 a99 a98 a97 a96 a95 a94 a93 a92 a91 a90 a89 a88 a87 a86 a85 a84

a125 0.000001 0.000001 a122 1 1 0.000001 a118 0.000001 0.000001 a115 0.000001 0.000001 0.000001 a111 0.000001 0.000001 a108 0.000001 0.000001 0.000001 a104 0.000001 a102 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 a94 a93 0.000001 a91 a90 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001

a83 a82 a81 a80 a79 a78 a77 a76 a74 a75 a73 a72 a70 a71 a69 a68 a67 a65 a66 a64 a62 a63 a61 a60 a59 a58 a57 a55 a56 a54 a52 a53 a51 a50 a49 a48 a46 a47 a45 a44 a43 a42 a41 a40 a39

a83 a82 a81 a80 a79 a78 a77 a76 a74 a75 a73 a72 a70 a71 a69 a68 a67 a65 a66 a64 a62 a63 a61 a60 a59 a58 a57 a55 a56 a54 a52 a53 a51 a50 a49 a48 a46 a47 a45 a44 m1 3.0*m1 a41 a40 a39

0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 a76 0.000001 1 0.000001 a72 0.000001 1 a69 0.000001 a67 0.000001 1 a64 0.000001 1 a61 0.000001 a59 0.000001 a57 1 0.000001 a54 1 0.000001 0.000001 a50 0.000001 a48 0 0.000001 a45 0.000001 0.000001 0.000001 a41 0.000001 a39

a38 a37 a36 a35 a31 a32 a33 a34 a30 a29 a28 a27 a25 a26 a24 a23 a22 a21 a20 a18 a19 a17 a15 a16 a14 a13 a12 a10 a11 a9 a8 a7 a6 a5 a4 a3 a2 a0 a1

a38 a37 a36 a35 a31 a32 a33 a34 a30 a29 a28 a27 a25 a26 a24 a23 a22 a21 a20 a18 a19 a17 a15 a16 a14 a13 a12 a10 a11 a9 a8 a7 a6 a5 a4 a3 a2 a0 a1

10 0.000001 0.000001 0.000001 a31 a32 a33 a34 0.000001 a29 0.000001 a27 0.000001 1 a24 0.000001 a22 0.000001 a20 10 0.000001 a17 10 10 a14 1 a12 1 0.000001 a9 0.000001 a7 0.000001 a5 0.000001 0.000001 a2 10 0.000001

Overview of the model structure