Review Jurnal Spesieasi.docx

Review Jurnal Judul Jurnal Volume & Halaman Tahun Penulis Reviewer Tanggal

Speciation as a sieve for ancestral polymorphism Journal WILEY molecular ecology Vol. 26, Hal. 5362-5368 2017 Rafael F. Guerrero & Matthew W. Hahn Muhamad Helmi Eka Nugraha ( 4411417066 ) 23 januari 2019

Hasil Pada penelitian ini ditemukan penyaring polimorfisme dipengaruhi faktor-faktor seperti struktur populasi, kawin asortatif, introgresi, pemilihan latar belakang atau variasi mutasi dan rekombinasi tarif-kontribusi untuk heterogenitas di tingkat divergensi genom. Karena kompleksitas dari perbedaan distribusi, kesimpulan yang hanya mengandalkan outlier dapat menghasilkan hasil yang menyesatkan Bahkan, perbedaan biologis yang signifikan antara model spesiasi kadang-kadang tidak relevan dari sudut pandang teoritis. Oleh karena itu penulis menggunakan tingkatan saat polimorfisme sebagai wakil untuk tingkat leluhur dalam analisis model berbasis analisis juga akan menjadi titik awal yang berguna dalam mencoba untuk memahami penyebab variasi dalam tingkat divergensi. Akhirnya, analisis dari banyak populasi baru data genom yang diproduksi dapat menggali berbagai polimorfisme tersaring, yang bisa menyebabkan kita untuk mempertimbangkan kembali kelangkaan dari seleksi keseimbangan di luar adaptasi lokal. Pembahasan 1. introduction Seleksi dapat meningkatkan keragaman dengan mendukung pemeliharaan polimorfisme melalui over-dominasi, ketergantungan frekuensi dan seleksi heterogen. Namun demikian, polimorfisme seimbang dianggap langka di alam, dan lokus tersebut sering diabaikan sebagai kontributor utama genome-wide variasi dalam tingkat urutan keragaman dan perbedaan. kami berpendapat bahwa spesiasi dapat bertindak sebagai “saringan” yang akan mengungkapkan seleksi keseimbangan dengan menyortir leluhur polimorfisme seimbang merata di seluruh garis keturunan keturunan. polimorfisme leluhur mungkin juga bertanggung jawab untuk banyak puncak dari perbedaan genom antara taksa yang terkait erat, meniru pola yang dihasilkan oleh proses lainnya dan studi genom populasi pembaur (termasuk orang-orang dari aliran gen differen-esensial dan “pulau-pulau spesiasi”).

2. The Effect Of Balancing Selection On Genetic Diversity Penulis menyatakan bahwa potensi kesulitan dalam mendeteksi polimorfisme yang seimbang agak diringankan dalam kasus-kasus adaptasi lokal. Langkah-langkah diferensiasi antara populasi dapat digunakan sebagai wakil untuk perbedaan antara kelas alel. Selain itu, struktur penduduk yang sebenarnya dapat menurunkan tingkat rekombinasi yang efektif antara kelas alel memperburuk perbedaan mereka, sementara

seleksi spasial bervariasi

dilaporkan dalam populasi alami jauh lebih sering daripada bentuk-bentuk lain dari seleksi keseimbangan. sementara overdominasi dan frekuensi negatif ketergantungan terus dianggap langka, adaptasi lokal dianggap meresap, dan bahkan langkah pertama wajib di beberapa model spesiasi. 3. The Sieve: Ancestral Lineage Sorting After Speciation Penulis menyatakan bahwa keseimbangan seleksi bisa lebih mudah terdeteksi setelah spesiasi (sebagai polimorfisme disaring dengan ele-vated dXY) Dibandingkan nenek moyang ketika alel kausal tidak diketahui. Seleksi keseimbangan diharapkan menjadi dua kali lebih kuat pada dXY dari pada ppada lokus dengan alel dipertahankan pada frekuensi yang sama dalam leluhur, baik sebagai alel menjadi langka, efeknya lebih survive ketika frekuensi alel kecil adalah 10% di leluhur, peningkatan dXY diharapkan menjadi hampir enam kali lebih besar dari peningkatan p. Oleh karena itu, dengan memisahkan haplotipe yang relevan, spesiasi dapat secara dramatis meningkatkan kekuatan untuk menemukan lokus bawah seleksi keseimbangan. 4. Relevance of Sieved Polymorphisms During Recent Genomic Divergence Penulis menyatakan bahwa polimorfisme juga dapat disaring. Di antaranya, penyusunan ulang kromosom (misalnya, inversi, fusi) yang menarik khusus untuk peran mereka selama adaptasi lokal. Penyusunan ulang dapat berkembang dengan menangkap alel lokal yang telah beradaptasi. Selain itu, penyusunan ulang seimbang (terutama inversi) biasanya mencolok dalam data genom penduduk karena mereka biasanya menyebabkan penurunan dramatis dalam rekombinasi, yang pada gilirannya mengarah subdivisi populasi lebih kuat dibandingkan dengan polimorfisme seimbang. penyusunan ulang dianggap menjadi pemain kunci dalam penumpukan diferensiasi yang dapat mengakibatkan spesiasi. Beberapa inversi kromosom bahkan telah dikaitkan dengan proses spesiasi. Namun inversi pada adaptasi lokal dipertahankan sebagai polimorfisme dalam spesies atau polimorfisme trans-spesifik-tanpa terlibat dalam spesiasi. Pembalikan telah disaring setidaknya dua kali, sehingga perbandingan

antara spesies yang tetap untuk aturan alternatif menunjukkan peningkatan perbedaan di banyak megabases urutan. 5. Implications for Inferences from Population Genomic Studies Penulis menyatakan bahwa polimorfisme tersaring atau sumber lain dari varians dalam divergensi genomik dengan pulau-pulau spesiasi dapat mengacaukan dan menyebabkan kesimpulan yang keliru dengan menyatakan bahwa sejumlah besar variasi dalam perbedaan menyiratkan perbedaan dalam menghadapi aliran gen. Sampai batas tertentu kesimpulan ini mengikuti dari pengamatan dari Pulau Spesiasi yaitu jika ada lokus tahan terhadap aliran gen, maka berikut bahwa pasti ada aliran gen. Tapi kekeliruan sinyal ini juga dapat mempengaruhi metode untuk aliran gen yang berasumsi bahwa tidak ada seleksi. dan karena itu menafsirkan kelebihan varians diamati sebagai akibat migrasi. Baru-baru ini telah diakui bahwa pemodelan efek pilihan pada tingkat sampel polimorfisme penting dalam mengontrol kekeliruan positif tersebut. Implikasi di sini adalah bahwa variasi dalam tingkat leluhur polimorfisme juga harus dipertimbangkan, karena dapat menyebabkan kekeliruan kesimpulan aliran gen terkini dan pilihan saat ini (yaitu, label diayak daerah, yang mungkin sekarang, netral sebagai tahan terhadap aliran gen).