Tem um Style do photoshop que faz isso, mas vou te explicar como se faz manualmente. Crie um novo arquivo no photoshop de 720x480 e coloque o logo que você quer que seja a marca d´agua, nesse exemplo usei a marca DVD
selecione a camada do logo e vá em Blending Options
selecione Bevell and Emboss e faça os ajustes com está na imagem abaixo Style = Outer Bevel Depht = 151% Size = 3 px
feito os ajustes clique em OK, vá novamente em layers e mude Fill para o% e salve sua imagem como PSD mesmo
No Premiere, coloque a imagem na Timeline (video 2) e clique com o botão direito, vá em Video Options/Transparency
No Painel Transparency Settings escolha Alpha Channel
pronto, você já tem sua marca d´agua...