[lk] Isolasi Dna Hewan 2019-dikonversi.docx

Lembar Kerja Praktikum Biologi Molekuler 2019 Nama :Elsa Dara Maylani NPM : 1606875466 Kelompok : 1 siang (C)

1. Perhatikan tahapan kerja pertama dan kedua dalam isolasi DNA dari sampel darah! a. Mengapa pada tahapan tersebut proses pelisisan sel darah menggunakan campuran Proteinase-K dan Lysis buffer? (15 poin)  Proteinase K berfungsi untuk melisiskan membran pada sel darah serta mendegradasi protein globular maupun rantai polipeptida dalam komponen sel (Khosravinia & Ramesha 2007: 2). Sedangkan Lysis buffer berfungsi untuk melisiskan atau menghancurkan sel dengan cara melarutkan fosfolipid dan komponen protein sehingga membrane sel mengalami kerusakan, namun tetap menjaga struktur DNA selama proses pelisisan sel sehingga memudahkan dalam menghilangkan protein, mencegah aktivitas enzim pendegradasi DNA dan mencegah perubahan sruktur molekul DNA (Iqbal dkk 2016: 17) b. Jika Lysis buffer terdiri dari Tris dan EDTA, apa fungsi masing-masing zat tersebut? (20 poin)  EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat magnesium. Ion ini berfungsi untuk mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat.  Tris berperan dalam mengatur pH agar tetap stabil selama pelisisan sel. larutan ini memiliki pKa 8,1 yang sangat efektif menjaga rentang pH 7-9 yang merupakan rentang pH netral sehingga sering digunakan sebagai buffer biologis. c. Mengapa perlu dilakukan inkubasi pada suhu 56 oC? (10 poin) 

Karena tris buffer mempunyai temperatur yang sensitif sehingga harus bekerja pada temperatur yang tepat untuk menghindari inakurasi dalam menstabilisasi range pH selama pelisisan sel berlangsung. selain itu dapat mempercepat reaksi yang berlangsun antara reagen dan sampel sel serta dapat membantu dalam mengoptimalkan pemecahan protein dengan menggunakan proteinase K 2. Apa fungsi penambahan ethanol 96% dalam proses isolasi DNA dari sampel darah? (10 poin) Ethanol 96% berfungsi untuk membantu presipitasi DNA serta larutan ini tidak banyak mengandung kadar air sehingga hasil ekstraksi lebih kental dan murni sehingga mempermudah untuk proses identifikasi (Swintari dkk 2016: 1) 3. Elution buffer a. Apa fungsi elution buffer? (10 poin)  elution buffer berfungsi untu proses pemurnian DNA dengan mengikat pengotor selain DNA agar DNA terpisah sempurna dari pengotor (Cahyani dkk 2016: 6). b. Jika komposisi elution buffer adalah 10 mM Tris-Cl, pH 9.0, 0.1 mM EDTA, apakah proses penyimpanan DNA bisa digantikan oleh air? (15 poin)  Selama ekstraksi DNA penggunaan 10mM Tris pada pH 9 umumnya di aplikasikan sebab DNA cenderung sedikit lebih stabil pada pH basa dan lebih mudah larut dalam larutan buffer basa dibandingkan air. bBuffer lebih baik digunakan untuk menjaga kondisi stabilitas DNA dalam jangka waktu panjang. Apabila dilakukan proses penyimpanan dalam air, diperoleh range buffer pH DNA yang lebih lemah karena turut berperan

sebagai agen chelatir ion yang mengakivasi enzim pendegradasi DNA seperti nuklease. Penyimpanan sampel dalam air untuk jangka waktu lama cenderung mengikat karbon dioksida udara, sehingga larutan menjadi asam dan air hanya menjaga range buffer umumnya dari pH 4-5 c. Pada umumnya, konsentrasi EDTA pada TE buffer/elution buffer 10x atau 100x lebih rendah daripada Tris. Perkirakan mengapa konsentrasi EDTA dibuat lebih rendah jika dikaitkan dengan fungsinya. (20 poin)  EDTA berperan sebagai chelator ion logam seperti Mg2+ dimana ion tersebut berperan dalam proses aktivasi enzim pendegradasi DNA seperti DNAse. Jika konsentrasi EDTA lebih besar sebagai agen chelator ion metal tersebut dalam DNA selama proses preservsi akan terakumulasi lebih banyak dan akan mengganggu ketika dilakukan proses PCR sebagai Mg 2+ turut dibutuhkan sebagai kofaktor bagi DNA polimerase Daftar Acuan : Biology.stackexchange.com. Diakses pada 5 maret 2019. Pk 10. 50 WIB Bitesizebio.com. Diakses pada 5 maret 2019. Pk 09.45 WIB Cahyani, I.J dkk. 2016. ISOLASI DNA TOTAL BAKTERI Bacillus sp. ENDOFIT KELAPA SAWIT. https://repository.unri.ac.id/bitstream/handle/123456789/8689/untuk%20repo%20ika%20%282 %29.pdf?sequence=1&isAllowed=y. Diakses pada 4 maret 2019. Pk 23:36 WIB Iqbal, M., Ibnu, D.B., & Nia, K. 2016. Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA Untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan 7(1): 54—65. Khosravinia, H. & Ramesha, K. P. 2007. Influence of EDTA and magnesium on DNA extraction from blood samples and specificity of polymerase chain reaction. African Journal of Biotechnology 6 (3): 184—187. Swintari, N.W. dkk. 2016. AKTIVITAS KOMBINASI EKSTRAK ETANOL DAUN SIRSAK (Annona muricate L.) DAN DAUN PEGAGAN (Centella asiatica L.Urb) TERHADAP KELARUTAN KALSIUM BATU GINJAL SECARA IN VITRO. Journal of Pharmacy 3 (1) : 34—42. Sciencing.com. Diakses pada 5 maret 2019. Pk 08.50 WIB