Kompleksi bakrova (II) iona uglavnom su tetragonski, odnosno baziraju se na kvadratnoj koordinaciji s po jednim ligandom s jedne i druge strane kvadrata. Ta su dva liganda ili dalje ili bliže ionu bakra od onih četiriju u kvadratu pa je koordinacijski češći izduženi (npr. CuSO4 x 5 H2O) ili rjeđi spljošteni oktaedar(npr. K2CuF4) kod kojeg su dvije veze kraće a četiri dulje. Dopunski ligandi potječu iz otopine ili koordinacijske sfere susjednog kompleksa. Koja će se mogućnost ostvariti ovisi o prirodi liganda i energiji kristalne rešetke. Deformacija oktaedra u kompleksima Cu(II) može se tumačiti JahnTellerovim efektom, koji objašnjava da za nejednolike elektronske konfiguracije centralnog atoma geometrija kompleksa će se deformirati kako bi se uklonila degeneriranost daljnjim cijepanjem energetskih nivoa te se snižava energija centralnog iona što stabilizira kompleks. Granični rezultat efekta je potpuno udaljenje dvaju liganda u trans-položaju tj. kvadratna koordinacija (npr. kod (NH4)2(CuCl4)). Kvadratna koordinacija poznata je među kompleksima bakra(II) u kojima je svih pet atoma koplanarno, a u ovisno o ligandu, razlikuju se razmaci između njih i središnjeg metalnog iona. ''