Elektroforesis Hasil Pcr.docx

Amalia Yushardian Putri 230110170044 Perikanan A ELEKTROFORESIS HASIL PCR Elektroforesis merupakan suatu metode pemisahan molekul yang menggunakan medan listrik (elektro) sebagai penggerak molekul dari matriks penyangga berpori (foresis). Metode ini sangat umum digunakan untuk memisahkan molekul yang bermuatan atau dibuat bermuatan (Fatchiyah, 2011). Teknik ini dapat digunakan untuk memanfaatkan muatan listrik yang ada pada molekul misalnya DNA yang bersifat negatif. Molekul yang dapat dipisahkan antara lain DNA, RNA, atau protein. Jika suatu molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui suatu medium, misalnya gel agarosa, kemudian dialiri aurs listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya, maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub positif (Yuwono, T., 2005). Elektroforesis DNA umumnya menggunakan metode elektroforesis gel agarosa (Karp, 2008). Elektroforesis DNA dilakukan misalnya untuk menganalisis fragmen-fragmen DNA hasil pemotongan dengan enzim restriksi. Fragmen molekul DNA yang telah dipotong-potong dapat ditentukan ukurannya dengan cara membuat gel agarosa, yaitu bahan semi-padat berupa polisakarida yang diekstraksi dari rumput laut. Gel agarosa dibuat dengan melarutkannya dalam suatu buffer. Agar dapat larut dengan baik, pelarutannya dibantu dengan pemanasan hingga gel agarosa dalam keadaan cair sehingga mudah dituang ke atas lempeng, dan sebelum mendingin dibuat sumuran dengan menggunakan perspex menyerupai sisir yang ditancapkan pada salah satu ujung gel yang masih cair. Sehingga ketika gel memadat, terbentuklah sumuran-sumuran kecil. Kedalam sumuran inilah nantinya molekul DNA dimasukkan (Yuwono, T., 2005). Agarosa merupakan polisakarida yang terdiri dari unit agarobiosa. Konsentrasi agarosa yang biasa digunakan antara 1-3%. Ukuran pori gel bergantung pada konsentrasi agarose, semakin tinggi konsentrasi agarosa maka semakin kecil ukuran pori. Sebaliknya, semakin rendah konsentrasi agarosa maka semakin besar ukuran pori. Agarosa juga mengandung sulfat, semakin rendah konsentrasi sulfat maka semakin murni agarosa. Keuntungan menggunakan agarosa adalah agarosa leleh pada suhu yang rendah (62-65°) (Wilson & Walker, 2010).

Amalia Yushardian Putri 230110170044 Perikanan A Poliakrilamid terbentuk dari polimerisasi monomer akrilamid dengan adanya N,N’-metilen-bisakrilamid. Monomer akrilamid terpolimerisasi pada kepala ke ekor membentuk rantai. Konsentrasi gel akrilamid yang rendah memiliki ukuran pori yang besar sedangkan konsentrasi gel akrilamid yang tinngu memiliki ukuran pori yang kecil. Konsentrasi gel akrilamid yang rendah juga digunakan untuk pemisahan DNA (Wilson & Walker, 2010). Hasil dari elektroforesis dapat diamati dengan sinar ultraviolet, yang nantinya akan tampak seperti pita-pita pada gel. Pitapita tersebut adalah molekul DNA yang bergerak sepanjang gel setelah dielektroforesis. Teknik elektroforesis DNA sudah berkembang sehingga analisis molekul DNA tidak hanya dapat dilakukan dengan prinsip elektroforesis liniear. Bebeapa teknik yang sudah dikembangkan misalnya teknik pulse field gel electrophoresis (PFGE), orthogonal field alternation gel electrophoresis (OFAGE), transverse alternating field eletrophoresis (TAFE), dan lain-lain (Yuwono, T., 2005) Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk memisahkan molekul-molekul. Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-protein. Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan poliakrilamida sebagai gel media. Dalam elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam danfase bergerak (eluen). Fase diam berfungsi "menyaring" objek yang akan dipisah, sementara fase bergerak berfungsi membawa objek yang akan dipisah. Sering kali ditambahkan larutan penyangga pada fase bergerak untuk menjaga kestabilan objek elektroforesis gel. Elektroda positif dan negatif diletakkan pada masing-masing ujungaparat elektroforesis gel. Zat yang akan dielektroforesis dimuat pada kolom (disebut well) pada sisi elektroda negatif. Apabila aliran listrik diberikan, terjadi aliran elektron dan zat objekakan bergerak dari elektroda negatif ke arah sisi elektroda positif. Kecepatan pergerakan ini berbeda-beda tergantung dari muatan dan berat molekul DNA. Elektroforesis gel secara luas digunakan untuk memperkirakan ukuran fragmen DNA, misalnya dalam pemetaan pembatasan DNA kloning. Metode ini

Amalia Yushardian Putri 230110170044 Perikanan A juga digunakan dalam diagnosis genetika molekuler atau sidik jari genetik melalui analisis PCR. Elektroforesis gel agarosa juga digunakan untuk menyelesaikan DNA melingkar dengan perbedaan superkoil topologi, dan untuk menyelesaikan fragmen yang berbeda karena sintesis DNA. Selain menyediakan media yang tepat untuk analisis ukuran fragmen, gel memungkinkan pemurnian fragmen DNA.

Amalia Yushardian Putri 230110170044 Perikanan A DAFTAR PUSTAKA

Degen, H., A. Deufel, D. Eisel, S. Grunewald-Janho, & J. Keesey. 2006. PCR Application Manual. Third Edition. Roche Diagnotics GmbH, Mannheim. Germany. Wilson, K. & John M. W. 1994.Principles and Techniques of Practical Biochemistry.UK : Cambridge University Press Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta. Erlangga.